Александр I и австрийский император Франц требовали от Кутузова защищать Вену, но он отказался это делать, так как армия не имела достаточно сил. Перед ним стояла задача сохранить войска во что бы то ни стало.
Дабы избежать окружения, Кутузов решил отвести армию, и 13 октября двинулся из Браунау к Ольмюцу, ведя арьергардные бои и отражая удары французов с флангов. Наполеон дал Кутузову возможность перейти на левый берег Дуная и взорвать за собой мост. Но на этот же берег за Кутузовым успел перейти корпус генерала Мортье. В результате французы оказались против русской армии без поддержки главных сил. Французский корпус был разгромлен, и только героизм французских солдат и личное мужество спасли Мортье от плена.
20 ноября 1805 года в районе Аустерлица произошло сражение между русской и французской армиями. План сражения был составлен австрийцем генералом Вейротером, руководил сражением сам Александр I, Кутузов же являлся лишь номинальным главнокомандующим. Расчет Александра I был прост: в случае победы он заслуживал славы, но в случае поражения за это должен был отвечать Кутузов. Аустерлиц для русской армии закончился поражением.
14 декабря 1805 года Австрия заключила с Наполеоном невыгодный для себя мир. Выполняя условия перемирия, Кутузов занялся выведением русских войск с территории Австрии.
24 февраля 1806 года Александр I пожаловал Кутузова орденом Св. Владимира 1-й степени, но Михаил Илларионович понимал, что результат сражения лишил его расположения императора. Александр направил Кутузова в Киев, на должность генерал-губернатора, а в 1808 году на русско-турецкую войну, командиром корпуса Молдавской армии, где главнокомандующим был генерал-фельдмаршал А.А. Прозоровский. После неудачного штурма Браилова отношения между Кутузовым и Прозоровским обострились. Главнокомандующий обвинил в неудаче подчиненных, Кутузов же видел причины в неумелых действиях самого Прозоровского. Последний добился удаления Кутузова из армии. Михаил Илларионович был назначен литовским военным губернатором и 16 июня 1809 года отправился в Вильно.
Через две недели Прозоровский умер, а командующим Молдавской армией стал П.И. Багратион. Однако кампания 1809 года не принесла положительных результатов. Новым командующим был назначен граф Н.М. Каменский II, отличившийся в только что закончившейся шведской войне. Вскоре он тяжело заболел, и тогда Александр I назначил командующим Кутузова.
Назначение не обрадовало старого полководца, но 1 апреля Кутузов вступил в командование армией. Изучив положение дел, оставленных ему предшественниками, Кутузов решил не ограничиваться обороной Дуная, а наступать от Рущука. Слабость Молдавской армии полководец видел в раздробленности войск. Поэтому он решил уничтожить крепости Никополь и Силистрию, взорвав их, а у Рущука планировал собрать 35 батальонов пехоты. Его план войны с Турцией состоял в том, чтобы не действовать против неприятеля всей массой сил. Отряды русских могли вести боевые действия в одиночку, не имея между собой никакого сообщения Кутузов также отмечал что «всякое новое действие приводит турок в такое смятение», что нельзя угадать, какие они допустят ошибки. Успех, по мнению Кутузова, зависел не от многолюдности, «но от расторопности и бдительности командующего генерала».
Для осуществления этого плана Кутузову было необходимо иметь точные сведения о намерениях визиря и исключить возможность вторжения 20-тысячной армии Исмаил-бея в Малую Валахию. Для решения этих важных задач Кутузов проявил исключительную изобретательность и дипломатический талант. В результате ему стал известен план ближайших военных действий, намеченных великим визирем – направить главные силы к Рущуку, захватить крепость и двинуться в Валахию.
В сражении у Рущука 15-тысячная армия Кутузова нанесла сокрушительное поражение 60-тысячной армии визиря. За эту победу Михаил Илларионович был награжден портретом Александра I.
Но визирь не хотел сдаваться так просто. Он начал укреплять свой лагерь. Кутузов же тем временем оставил Рущук и увел войска на левый берег Дуная.
Визирь воспринял этот факт как победу над русскими, чего и добивался Кутузов, надеясь, что турки потеряют бдительность. И ему удалось заманить визиря в ловушку, а затем окружить с суши и воды. В результате надежно запертые на левом берегу турки несли ужасные потери. Начиналась зима, много людей в армии визиря погибло от холода и болезней, из-за отсутствия продуктов стали есть лошадей. Турецкая армия была вынуждена сдаться.