В мае 1797 года батальон, которым командовал Барклай, был преобразован в 4-й егерский полк. На следующий год Барклай-де-Толли был произведен в полковники, а 24 мая 1799 года получил чин генерал-майора российских войск.
В начале кампании 1805 года полк Барклая-де-Толли входил во 2-ю армию Беннигсена, которая должна была двинуться для содействия главным силам союзников. Но по пути следования через Пруссию армию настигло известие о разгроме союзников при Аустерлице и о развале Третьей коалиции. Это привело к временной остановке боевых действий.
В сентябре 1806 года возникла Четвертая коалиция. В результате поражения прусской армии при Йене и Ауэрштадте главную роль в предстоящей кампании должна была играть армия Беннигсена, насчитывавшая 70 тысяч человек и 300 орудий. Полк Барклая был назначен в авангард.
Первое сражение кампании 1806—1807 годов произошло под Пултуском. Барклай лично водил своих егерей в контратаки, в ходе которых натиск французов был отбит на всех направлениях. За храбрость Барклай-де-Толли получил орден Св. Георгия 3-й степени.
На рассвете 25 января отряд Барклая подошел к Прейсиш-Эйлау. Здесь 26 января в 12 часов началось сражение. Бои шли на самих улицах города. Барклай лично повел в контратаку два гусарских полка, но в разгар боя был ранен артиллерийской гранатой, раздробившей ему руку. Вынесенный с боя он был отправлен для излечения в Кенигсберг, а затем далее в Мемель (Клайпеда). Здесь его дважды посетил император Александр I, и во время бесед Барклай изложил ему свое видение будущей войны с Наполеоном. Император наградил Барклая-де-Толли орденом Св. Анны 1-й и Владимира 2-й степеней, а 4-му егерскому полку за боевые успехи были пожалованы серебряные трубы.
Следующей военной кампанией для Михаила Богдановича стала русско-шведская война 1808—1809 годов. В мае 1808 года его корпус получили приказ двигаться в провинцию Саволакс. Под его командованием находилось пять пехотных и один кавалерийский полка, с тремя эскадронами драгун и тремя казачьими сотнями и ротой гвардейской артиллерии. Финны – уроженцы этих мест – сумели под командованием полковника (впоследствии – генерала) Ю. Сандельса организовать мощное партизанское движение, используя чрезвычайно выгодные условия местности. Барклай впервые столкнулся с тактикой, которую ему доведется применить в недалеком будущем.
7 июня корпусу Барклая удалось достичь Куопио, за которым находилось окруженное болотами озеро Калавеси. Совершив четыре трудных перехода, войска Барклая-де-Толли остановились у Рауталамби, где было получено известие об атаке постов у Куопио. Пришлось возвращаться с частью войск на помощь. Он подошел к Куопио в тот момент, когда Сандельс под покровом ночной темноты и тумана начал новую атаку города с трех сторон. Лишь на рассвете штурм города был отражен.
Осенью русские войска полностью захватили Финляндию, хотя до заключения мира было еще далеко. К зиме 1808/09 года в руководстве армии возобладала идея о том, что победить Швецию можно лишь высадившись на ее берег и создав угрозу ее столице.
Наступать предполагалось тремя корпусами. Барклай-де-Толли получил под командование Вазский корпус. Его войска проходили Ботнический залив в общем направлении на Умео на соединение с войсками графа Шувалова. Император прислал в Финляндию военного министра А.А. Аракчеева, предоставив ему самые широкие полномочия. Михаил Богданович не считал свои войска готовыми к началу военных действий – ощущалась острая нехватка личного состава, мало было пороха и патронов, а некоторые части еще не успели прийти в Вазу. Но переход корпуса через залив начался 7 марта 1809 года. Сам Барклай находился во втором эшелоне и делил тяготы похода со всеми его участниками. Солдаты шли через ледяные глыбы, нагроможденные одна на другую. Укрываться от снежных бурь было негде, поскольку на пустынных гранитных островах не было ничего живого. К утру 9 марта измученные солдаты достигли шведских берегов и вскоре подошли к Умео, куда уже прибыли пикеты казаков из русского авангарда. Город был сдан без боя – шведские войска покинули его, и вслед за ними в Умео вступили войска Вазского корпуса.
8 это время в Стокгольме произошел государственный переворот, в результате которого король Густав IV Адольф был свергнут с престола. Новый монарх сразу же высказался за заключение мира с Россией при условии, что русские войска покинут шведские берега.
15 марта войска Вазского корпуса двинулись в обратный путь. Все участники перехода через Ботнический залив были награждены особой медалью «За переход на шведский берег». Барклай-де-Толли получил орден Св. Александра Невского и чин генерала от инфантерии.