История понтификата Александра VI ограничивается почти исключительно борьбой клана Борджиа за власть в Италии. Для укрепления позиций запрещенных средств не было – в ход пускалось все – от убийства неугодных до выгодных браков. В мае 1494 года папа женит своего сына Джованни, князя де Сквиллаче и графа де Кариати, на Санчии де Калабр, принцессе неаполитанской. Последний брак вызвал неудовольствие французского короля Карла VIII, претендующего на власть над королевством неаполитанским. Осенью 1494 года французская армия перешла Альпы. Французы быстро заняли Милан, Флоренцию, где их приветствовал Савонарола – ярый противник Александра VI, и 3 декабря 1494 года французы вступили в Рим. Понтифик вступил в переговоры с французским королем, и 15 января 1495 года Карл и Александр заключили соглашение. «Капитулировавший» папа получил то, что хотел, то есть клятву повиновения и признание законности его избрания, а «победивший» Карл двинулся дальше на юг, чтобы короноваться как король Неаполя. В результате он все-таки не получил желаемую неаполитанскую инвеституру – что значит дипломатия Борджиа! Успехи французов вскоре вызвали сопротивление в итальянских городах, и в конце марта 1495 года была образована Венецианская лига, к которой сразу же присоединился и Александр VI. После поражения под Пармой французы были вынуждены отступить и с большим трудом вернулись обратно во Францию.
Борджиа торжествовали. Теперь для них стал другой основной вопрос – покончить с Савонаролой. Доминиканский монах продолжал клеймить в своих проповедях папский двор. Для борьбы с Савонаролой была призвана инквизиция. Враг клана Борджиа погиб на костре 23 мая 1498 года.
В последующие годы понтификата Александра VI самодержавным владыкой Центральной Италии фактически становится его сын – Чезаре. Он поочередно ликвидирует все, что оказывает сопротивление власти семьи Борджиа. Даже кардиналы не исключение, некоторые из них были убиты или отравлены по его приказу. Ответственность за эти кровавые преступления сына лежит в равной степени и на его отце. Но Чезаре не желает делить власть ни с кем, тщеславие доводит его и до ликвидации ближайших родственников. Он решает расправиться с братом Хуаном, которому отец готовит неаполитанское королевство и нанимает убийц. В июне 1497 года герцог Хуан Гандийский был заколот девятью ударами кинжала и сброшен в Тибр.
Смерть старшего сына потрясла Александра. Он повел энергичное расследование, арестовывая, пытая и казня своих политических противников, желая уверить и себя, и окружающих, что это убийство дело рук недругов рода Борджиа. Но тайное стало явным, и папа простил Чезаре, который вскоре сменил кардинальскую шапку на титул главнокомандующего папской армией.
Обожаемая дочь и сестра – Лукреция – тоже стала жертвой интересов Чезаре и отца. Ее замужества преследовали определенные цели, ставшие невыгодными браки быстро расторгались, чтобы уступить место новому «выгодному» жениху. Лукреция несколько раз покидала папский двор, уходя в монастырь или уезжая в отдаленные места, чтобы найти спокойствие. Но ее всегда возвращали в Рим, когда возникала необходимость решить очередные насущные задачи, в которых она могла бы быть использована в качестве козырной карты. Даже ее дети использовались в политических играх Борджиа. Только в последние годы жизни, потеряв отца и брата, она стала вести тот образ жизни, о котором мечтала, и даже снискала в Ферраре, где проживала с последним мужем, любовь и уважение жителей.
Делам церкви Александр VI уделял все меньше и меньше внимания, зато стал проявлять огромный интерес к делам политическим. Незадолго до своей кончины он опубликовал буллу, которая признавала за королями Испании и Португалии исключительное право на владение землями, добытыми в «заморских походах». Проведя демаркационную линию от Северного полюса до Южного, папа отдавал западную часть Испании, а восточную – Португалии. Сам же он при таком раскладе становился владыкой всего земного шара. В булле папа оговорил, что королям этих стран предоставляется право полной свободы в организации религиозной жизни на вновь приобретенных территориях.
Борджиа вошли в историю и как отравители, рядом с их именем часто ставится слово «яд». У Александра VI работала целая лаборатория по производству ядов, а средства для их изготовления привозились ему миссионерами из разных стран. Борджиа предпочитали яд без вкуса и запаха – так легче было дать его очередной жертве. Особенность его действия заключалась в том, что проявляется он не сразу, его можно подсыпать в еду или в питье. Яд широко использовался как при продвижении к папскому престолу, так и в дальнейшем для ликвидации противников. Каждый из семьи использовал яд особым способом. Известностью пользовалось вино, подаваемое в доме Борджиа гостям. Последствия давали о себе знать не сразу, а через неделю и даже больше. У жертвы начинали выпадать зубы и волосы, и человек умирал долго и мучительно. Кроме вина использовались и отравленные иглы, которые пускались в ход в толпе, и легкий укол был даже незаметен.