Сам Василий Шуйский полагал, что имеет все права на царский престол. Действительно, Шуйские принадлежали к княжескому роду, родоначальником которого считался варяг Рюрик, но к нему же принадлежали и все остальные русские князья. Больше прав на престол давало родство с прославленным князем Александром Невским. Но некоторые исследователи сомневались в том, что суздальские князья (к ним относились и Шуйские) произошли от сына Александра Невского Андрея. Так это было или иначе, но в официальном родословии князей Шуйских родоначальником назван Андрей Александрович.
Во время царствования Федора Ивановича, как сообщают разрядные книги, Василий Шуйский получил боярство и стал главой Московского судного приказа. Вскоре боярином стал и его брат Александр, а в 1586 году и Дмитрий. Их родственнику И.П. Шуйскому был дан в кормление Псков, а В.Ф. Скопину-Шуйскому – Каргополь в качестве награды за оборону Пскова от польского короля Стефана Батория.
В 1598 году царем стал Борис Годунов. Вскоре в Речи Посполитой появился «царевич Дмитрий», который заявлял, что он – спасшийся от наемных убийц, подосланных Борисом Годуновым, сын царя Ивана Грозного.
В начале июня 1605 года подстрекаемая эмиссарами Лжедмитрия толпа москвичей бросилась в Кремль громить Годуновых, и Шуйский ничего не предпринял для их защиты. Более того, по сообщениям иностранцев, именно Василий был повинен в свержении Годуновых. Выступая перед народом, он подтвердил версию о «чудесном спасении царевича», вместо которого наемные убийцы по ошибке зарезали поповского сына. Слова Шуйского настолько поразили толпу, что в гневе все бросились к царскому дворцу и стали его громить. Царь Федор, сын Бориса Годунова, с матерью и сестрой были схвачены и под охраной отведены на старый боярский двор, где вскоре Федор и царица Мария были задушены…
Публично подтвердив истинность «царевича Дмитрия», князь Василий отправился в его ставку в Тулу, чтобы лично засвидетельствовать тому свою преданность. Лжедмитрий охотно принял знатного боярина, поскольку надеялся с его помощью укрепить свою власть. Однако около самозванца уже прочно обосновались П.Ф. Басманов, В.М. Мосальский, мнимые родственники Нагие, братья Бучинские… Среди любимцев оказался даже юный племянник Василия М.В. Скопин-Шуйский.
Под звон колоколов Лжедмитрий I торжественно въехал в столицу и сел на «прародительский престол». Однако вскоре выяснилось, что новый государь нисколько не похож на прежних: он не уважал обычаев предков, самовольно присвоил себе императорский титул, перекраивал двор по своему усмотрению, во все вмешивался, всех обличал в невежестве, покровительствовал католикам и лютеранам и даже задумал объединение религий.
Все это побудило честолюбивого и коварного Василия начать подготовку заговора с целью свержения Лжедмитрия. На свою сторону он привлек не только родственников, но и представителей посада, с которыми имел традиционно крепкие связи. Но расширение числа заговорщиков привело к тому, что их замысел был раскрыт. Уже 20 июня 1605 года начались аресты и допросы под пытками. В.И. Шуйский как главный зачинщик крамолы был схвачен и приговорен боярским судом к смерти.
25 июня Василия вывели на Красную площадь, где уже была сооружена плаха. Ее окружало 8 тысяч вооруженных стрельцов во главе с П.Ф. Басмановым, который зачитал обвинительный приговор В последний момент смертная казнь была заменена Шуйскому ссылкой.
Но уже осенью 1605 года Шуйские снова были при дворе. Вошли они и в Совет светских лиц первого класса – так стали называться думные бояре. Однако князь Василий понимал, что при Лжедмитрий вряд ли его высокое положение прочно. Поэтому он вновь затеял заговор по свержению самозванца, привлекая только абсолютно надежных и проверенных людей. Одним из его наиболее доверенных лиц стал молодой окольничий и думный дворянин Михаил Игнатьевич Татищев Однажды заговорщики чуть было не выдали себя, когда на одном из пиров 20 апреля 1606 года рискнули покритиковать Лжедмитрия за употребление блюда из телятины, которая на Руси считалась нечистым мясом. На этот раз князь Василий отделался лишь испугом, Михаил же был выслан со двора.
Опасность нового разоблачения заставила князя Василия действовать быстро и решительно. Чашу терпения русских бояр переполнила свадьба самозванца и польской княжны Марины Мнишек, на которую прибыло множество знатных поляков, желавших занять при царе высокое место и потеснить родовое боярство. Свадебные пиры, непристойное поведение пьяных поляков, вызывавшее возмущение москвичей, и всеобщее недовольство тем, что русской царицей стала католичка, были сочтены заговорщиками самым подходящим временем для выступления.