Рачковский после беседы с Мануйловым сделал вывод, что перед ним человек несомненно способный и что при опытном руководстве из него может получиться полезный агент…
В июле 1897 года Мануйлов был переведен на службу в министерство внутренних дел и откомандирован для занятий в департамент духовных дел, директором коего был А. Н. Мосолов. Мануйлов в это время был не только чиновником; он считался еще и журналистом и тесно сотрудничал с петербургским охранным отделением.
В Петербурге Мануйлов недолго занимался духовными делами. Ему было предложено отправиться в Рим, получить аккредитацию при папском дворе и заняться тайным наблюдением за прибывающими из России священнослужителями римско-католической церкви.
Иван Федорович не только следил, но и вел в Риме светский образ жизни. Местной публике он был известен как завсегдатай и большой ценитель итальянской оперы и балета, много путешествовал по Италии, посетил Сицилию. Неаполь. Весь сентябрь 1890 года провел в игорных домах Монако, где ему очень везло. Его постоянно сопровождали отставной поручик Казимир Дроецкий и 17-летняя полячка Зося. Его часто видели на художественных выставках, в литературных салонах.
Донесения Мануйлова в Департамент полиции изобилуют именами, точными адресами, подтверждаются приложением различных документов, писем, записок, визитных карточек, копий.
Мануйлов не принадлежал к числу тех агентов, которые вели себя тихо; его всегда сопровождали громкие скандалы.
«Из агентурных сведений из Рима, от 4 сентября 1901 г., усматривается, что на собрании русских и польских социал-демократов было решено сделать дипломатическому агенту при римской курии Мануйлову, шпиону и начальнику заграничной полицейской агентуры, публичный по всей Европе скандал посредством издания о нем особой книги».
В первой половине 1904 года в Департамент полиции поступил из Рима ряд жалоб двух агентов Мануйлова, Семанюка и Котовича, на неаккуратный расчет с ними Мануйлова, будто бы делавшего за границей массу долгов и производившего «гнусности»; жалобщики угрожали разоблачениями в печати и парламенте относительно деятельности русской политической полиции в Италии.
«В это же время в Риме возникла оживленная газетная полемика по поводу деятельности тайной полиции в Риме По этому поводу министерство иностранных дел высказало пожелание, чтобы впредь функции агента по духовным делам при императорской миссии в Ватикане и заведование русской тайной полицией в Риме не совмещались бы в одном лице Мануйлова. По этому поводу Департамент полиции ответил министерству, что вся газетная полемика возникла на почве ложных сообщений в прессу, сделанных Котовичем и Семанюком, и что все нападки прессы лишены оснований, ибо Мануйлов никаких действий по розыску в Риме не предпринимал и никаких поручений в этом смысле не получал и даже проживает уже два года в Париже».
Департамент на этот раз солгал, ибо Мануйлов как раз, помимо духовной функции, выполнял и политическую. О Мануйлове писали все итальянские газеты, и он действительно должен был бежать из Рима. Иван Федорович возвел в практику не доплачивать состоявшим у него на службе шпионам и агентам. Обманутые им агенты — немцы, французы, итальянцы, голландцы и т. д. — обличали его в прессе, жаловались в суд, обращались в департамент и к министру, пытались расправиться с ним. Но Мануйлов был неисправим.
В ноябре 1902 года в римской судебной хронике появилось сообщение, которое в обществе связывали с именем Мануйлова. Это дело об убийстве русской подданной молодой полячки Зоей Ольшевской на почве ревности 27-летним поручиком Казимиром Дроецким, которому покровительствовал Мануйлов.
Возникшие в Италии обстоятельства принудили Мануйлова покинуть страну, но нисколько не повредили его карьере, наоборот, ему стали давать очень деликатные поручения.
В августе 1903 года министр внутренних дел В К. Плеве санкционировал командировку Мануйлова в Париж на полгода для установления ближайших сношений с иностранными журналистами. В деньгах Мануйлов не нуждался, его труд щедро оплачивался. Он много писал в «Новое время» и «Вечернее время»
В Париже Иван Федорович жил на широкую ногу. Он регулярно посещал казино. Его часто видели в обществе высокой стройной блондинки. Мануйлов много путешествовал по Франции, знакомился с ее старинными городами, увлекался архитектурой, приобретал в салонах картины французских художников.