Но испанцы вероломно нарушили и этот договор. Атауальпа оставался заложником Писарро в течение 8 месяцев. В это время он, правда, продолжал исполнять обязанности правителя империи, издавать указы, посылать гонцов. Он приказал вождям не препятствовать испанцам, проникавшим в отдаленные уголки страны и грабившим храмы. Сговорчивостью он надеялся купить свободу.
К середине 1533 года выкуп был собран. Комнату заполнили сказочно прекрасными золотыми изделиями. Многие из них представляли собой немалую художественную ценность, но для испанцев это был лишь дорогостоящий металл, и все было переплавлено в слитки. Пятая их часть была отправлена королю Испании, остальное разделили между собой конкистадоры, больше всего золота досталось, конечно, Писарро. И несмотря на это, Атауальпа был казнен.
Испанские власти в Панаме осудили казнь. Они считали, что Атауальпа должен был быть доставлен в Центральную Америку или Испанию. Король Карлос также писал Писарро о своем недовольстве насильственной смертью: Атауальпа был все же монархом, и казнь его подрывала веру в божественное происхождение власти.
Итак, покорение Перу началось с захвата и казни его владыки, сражения последовали позже. Во время 800-мильного марша по Великой дороге инков от Кахамарки до Куско отряд Писарро провел четыре сражения против армии Атауальпы. Инки сражались храбро, и какое-то количество захватчиков было убито. Но все же они не могли противостоять оружию и тактике испанцев. Большим тактическим преимуществом конкистадоров были их конные воины — до прихода европейцев в Америке не видели лошадей. Инки думали больше о том, как убить одно такое животное, преследовавшее их, чем десять пеших воинов. И почти на каждого убитого испанца приходились сотни убитых инков.
15 ноября 1533 года Писарро пришел за главным призом — он вступил в столицу инков Куско.
Чтобы закрепить завоеванное, Писарро возвысил одного из уцелевших сыновей Уайна Капаки — Манко, он был коронован в начале 1534 года. Конкистадоры надеялись, что новый Инка станет марионеткой в их руках и окажет помощь испанцам в порабощении своего народа.
Когда Писарро было уже далеко за пятьдесят, он по существу стал правителем, а лучше сказать, грабителем огромной страны. Сокровища Куско были захвачены, переплавлены и распределены между завоевателями. Золота и серебра оказалось даже больше, чем от выкупа Атауальпы. Писарро совсем не имел опыта в управлении государством. Давали себя знать возраст и пережитые тяготы. Чтобы заставить испанцев остаться в этой далекой стране, он выделил каждому офицеру в награду тысячу индейцев. Писарро приказал священнику Куско защищать интересы индейцев, а также издал указ, предусматривающий для испанцев наказания за надругательство над аборигенами. Но это мало помогало, индейцы вымирали катастрофически быстро. Приходило в упадок, так же как ирригационное хозяйство, и террасное земледелие инков.
Главную свою задачу Писарро видел в строительстве городов для испанцев. Он основал семь из них — и все семь сохранились до наших дней. Столицу решено было расположить на побережье, для поддержания морских связей с остальной частью Испанской Америки. Город появился в 1535 году на берегу реки Римак и первоначально носил название Сьюдад-де-лос-Рейес — «город королей». Однако сохранилось не столь претенциозное название, а искаженный топоним самой реки — Лима.
На склоне жизни Писарро занимался прокладкой улиц в городах, раздаривал дома своим друзьям. Индейцы выстроили и его личную резиденцию в испанском стиле, с патио — внутренним двориком, засаженным привезенными оливковыми и апельсиновыми деревьями.
Но спокойное время продолжалось недолго. Младшие братья Писарро и другие испанцы в Куско нарушили договор и оскорбили марионеточного правителя Манко. Взбешенный, он тайно мобилизовал свою армию и приготовил оружие. В апреле 1536 года Манко исчез из Куско и созвал своих вождей на встречу, где они поклялись изгнать ненавистных завоевателей из Перу. И уже в мае 190 испанцев в Куско оказались окруженными индейцами.
Восстание Манко продолжалось до декабря. Четыре экспедиции, посланные Писарро в поддержку своих братьев, потерпели поражение в горах, еще на подходах к Куско. Около 500 испанцев были убиты. И все-таки перуанцам не удалось освободить свою страну. Корабли с подкреплением прибыли из Центральной Америки, и блокада Куско была прорвана. Манко бежал в джунгли Амазонии, к священному городу Мачу-Пикчу, где и правил остатками своей империи вместе с тремя сыновьями в течение 35 лет.