Бывший боярский слуга и расстрига Отрепьев, оказавшись на гребне народного выступления против Годунова, попытался сыграть роль казацкого атамана и народного вождя. Именно это и позволило авантюристу, явившемуся в подходящий момент, воспользоваться движением в корыстных целях.
Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно формировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. Самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Войско Лжедмитрия тем не менее было наголову разбито царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 года. При энергичном преследовании воеводы могли бы захватить самозванца или изгнать его из пределов страны, но они медлили и топтались на месте. Бояре не предали Бориса, но им пришлось действовать среди враждебного населения, восставшего против крепостнического государства. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. Полки были утомлены длительной кампанией, и дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости решилась судьба династии.
Обуреваемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь тайных убийц. Позже он приказал привезти в Москву мать Дмитрия и выпытывал у нее правду: жив ли царевич или его давно нет на свете.
13 апреля 1605 года Борис скоропостижно умер в Кремлевском дворце. Передавали, будто он из малодушия принял яд. Находившийся при особе царя во дворце Яков Маржарет засвидетельствовал, что причиной смерти Бориса явился апоплексический удар.
Незадолго до кончины Годунов решил доверить командование армией любимому воеводе Петру Басманову, отличившемуся в первой кампании против самозванца. Молодому и не слишком знатному воеводе предназначалась роль спасителя династии. Последующие события показали, что Борис допустил роковой просчет.
Между тем Лжедмитрий медленно продвигался к Москве, посылая вперед гонцов с письмами к столичным жителям. Когда разнесся слух о приближении «истинного» царя, Москва «загудела как пчелиный улей»: кто спешил домой за оружием, кто готовился встречать «сына» Грозного Федор Годунов, его мать и верные им бояре, «полумертвые от страха, затворились в Кремле» и усилили стражу. Военные меры имели своей целью «обуздать народ», ибо, по словам очевидцев, «в Москве более страшились жителей, нежели неприятеля или сторонников Димитрия».
1 июня посланцы Лжедмитрия Гаврила Пушкин и Наум Плещеев прибыли в Красное село, богатое торговое место в окрестностях столицы. Их появление послужило толчком к давно назревавшему восстанию. Красносельцы двинулись в столицу, где к ним присоединились москвичи. Толпа смела стражу, проникла в Китай-город и заполнила Красную площадь. Годуновы выслали против толпы стрельцов, но они оказались бессильны справиться с народом. С Лобного места Гаврила Пушкин прочитал «прелестные грамоты» самозванца с обещанием многих милостей всему столичному населению — от бояр до «черных людей».
Годуновы могли засесть в Кремле «в осаде», что не раз спасало Бориса. Но их противники позаботились о том, чтобы крепостные ворота не были заперты. Вышедшие к народу бояре одни открыто, а другие тайно агитировали против Федора Борисовича. Бывший опекун Дмитрия, Богдан Вельский всенародно поклялся, что сам спас сына Грозного, и его слова положили конец колебаниям толпы. Народ ворвался в Кремль и принялся громить дворы Годуновых. Посадские люди разнесли дворы многих состоятельных людей и торговцев, нажившихся на голоде.
Водворившись в Кремле, Богдан Вельский пытался править именем Дмитрия. Но самозванцу он казался слишком опасной фигурой. Свергнутая царица была сестрой Вельского, и Отрепьев не мог поручить ему казнь семьи Бориса Годунова. Вельский вынужден был уступить место боярину Василию Голицыну, присланному в Москву самозванцем.
Лжедмитрий медлил и откладывал въезд в Москву до той поры, пока не убрал все препятствия со своего пути. Его посланцы арестовали патриарха Иова и с позором сослали его в монастырь. Иова устранили не только за преданность Годуновым. Отрепьева беспокоило другое. В бытность дьяконом самозванец служил патриарху и был хорошо ему известен. После низложения Иова князь Василий Голицын со стрельцами явился на подворье к Годуновым и велел задушить царевича Федора Борисовича и его мать. Бояре не оставили в покое прах Бориса. Они извлекли его труп из Архангельского собора и закопали вместе с останками жены и сына на заброшенном кладбище за городом.