Перед самой войной Козинцев выпускает в Большом драматическом театре имени Горького «Короля Лира», а в 1944 году в Пушкинском — «Отелло». Декорации к спектаклям делал художник Н. Альтман. Музыку к «Королю Лиру» написал Шостакович, к «Отелло» — Г. Свиридов.
«На сцене было некое расширенное универсальное средневековье, поднятое до значения старой истории вообще, — писал о постановке „Короля Лира“ Н. Я. Берковский. — […] Спектакль Большого драматического театра даёт живописного, зрительного Шекспира и даёт весь мрак и ужас его трагедии».
В военные годы Козинцев выпускал короткометражные сюжеты «Боевых киносборников», поставил вместе с Траубергом фильм «Простые люди» (1945, выпуск на экран 1956). Пришлось работать в эвакуации в Алма-Ате. С кем он только тогда не трудился вместе: с Самуилом Яковлевичем Маршаком, Л. Арнштамом, В. Пудовкиным, Г. Раппапортом…
Послевоенные работы Козинцева — историко-биографические фильмы «Пирогов» (1947) и «Белинский» (1950, вып. 1953) против воли режиссёра подвергались бесконечным поправкам и переделкам. Авторский стиль и замысел нивелировались. Труд режиссёра становился бесцельным.
В начале 1950-х годов Козинцев перестал быть кинематографическим служащим и стал театральным «договорником». Академический театр драмы имени Пушкина поручил ему постановку «Гамлета».
Пожалуй, это были счастливейшие дни в жизни Козинцева. Вместе с семьёй он жил на небольшой даче в Комарово под Ленинградом. Григорий Михайлович просыпался в шесть часов утра и тихо, чтобы не разбудить жену и маленького сына, брался за работу. Он читал Шекспира и книги о Шекспире. Собирались главы собственной книги «Наш современник Вильям Шекспир», сразу же появились и контуры будущего фильма.
31 марта 1954 года, впервые после многих лет отсутствия в репертуаре, «Гамлет» был показан зрителям. Главную роль исполнял Б. Фрейндлих.
Премьера прошла с успехом, но, по признанию Козинцева, работа над «Гамлетом» для него только начиналась.
Однако судьба сделала неожиданный поворот. Сергей Васильев, ставший директором «Ленфильма», пригласил к себе Козинцева, с которым давно дружил, и объявил: «В план экранизации классики включён „Дон Кихот“. Ты должен снять этот фильм».
Так состоялось возвращение Козинцева в кино. Он записывает в дневнике: «„Дон Кихот“ — баллада о нищем… Как бы сделать этот фильм не просто реалистичным, но и поэтическим, народно-эпическим. А может быть, есть и моменты сгущения гротеска, буффонады и патетики».
Прежде чем приступить к съёмкам, почти полгода Козинцев ежедневно встречался с актёрами Черкасовым (Дон Кихот) и Толубеевым (Санчо Панса). Чтобы выстроить сцену, режиссёру приходилось исполнять остальные роли. Он даже рычал, когда дело доходило до льва. «Мы не репетировали будущих кадров (они омертвели бы до съёмки), а входили в духовный мир героев; создавали питательную среду ассоциаций; пробовали — в намётке — средства выражения».
Фильм «Дон Кихот» (1957) Козинцева получил высокую оценку во всём мире. Испанцы называли его самой испанской из всех многочисленных киноверсий этого романа.
В 1958 году Григорий Михайлович присутствует на премьерах фильма в Западном Берлине, ФРГ, Нидерландах, Бельгии. Он записывает в дневнике:
«Брюссель. 25. […] Кино. Неоновый вопль. Тошно уже от фотографий: шприц, воткнутый в ляжку. Слишком большое всё: груди, буквы, пистолеты. Рок-н-ролл. Девка в тигровом трико. Вокруг давка парней, обнажённых до пояса. Груди, мяса, ляжки, кулаки, мышцы.
Ненависть к такому кино. Как прекрасны старые камни Европы. Мудрость пражских часов».
Козинцев много ездил по миру. Возглавлял делегацию советских кинематографистов на Неделе советского кино в Англии. Посетил Мексику, затем, по приглашению фирмы «Юнайтед артистс», Голливуд. Участвовал в работе XIII Каннского фестиваля в качестве члена жюри («Жорж Сименон тогда был нашим председателем, моим соседом по столу был Генри Миллер — автор „Тропика Рака“»).
Последние годы жизни Козинцев отдал Шекспиру. Фильмы «Гамлет» (1964) и «Король Лир» (1971) стали событием в советском и мировом кинематографе.
Постановки «Гамлета» Козинцев добивался долгие годы. Высокие чиновники недоумевали: «В мире уже сняли шестнадцать „Гамлетов“, зачем ещё один?» Но министр культуры Е. Фурцева в конце концов разрешила запустить картину в производство, правда, поставила условие: фильм должен быть цветной.