Премьера «Аэлиты», состоявшаяся в Москве осенью 1924 года, наделала много шума. Как это часто бывало с фильмами Протазанова, критика сердилась, а публика штурмовала кассы.
Попробовав свои силы в фантастике, Яков Александрович обратился к жанру политического детектива. Фильм «Его призыв» (1925) был приурочен к первой годовщине смерти В. И. Ленина. В финале происходит митинг, во время которого рабочие и крестьяне клялись продолжать дело Ильича. «Работу Протазанова можно смело назвать первой художественной картиной о Ленине», — писал в 1948 году Всеволод Пудовкин.
После фильма «Его призыв» Протазанов снимает весёлую, жизнерадостную комедию «Закройщик из Торжка» (1925), в которой блистали И. Ильинский, А. Кторов, О. Жизнева. В этой и последующих комедиях Протазанова — «Процесс о трёх миллионах» (1926), «Дон Диего и Пелагея» (1927), «Праздник святого Йоргена» (1930) — сочетаются лукавая усмешка и сатирическая оценка, тонкий лиризм и непосредственность интонации.
Отдав должное жанру комедии, Протазанов ищет новую тему — современную, политически точную, и находит её в рассказе «Сорок первый» Бориса Лавренёва.
Действие происходит в районе Каспийского моря в годы Гражданской войны. Девушка-снайпер из Красной армии (Ада Войцик) оказалась на уединённом острове вместе с белым офицером (Коваль-Самборский), в которого она влюбилась и которому суждено стать её сорок первой жертвой.
«Сорок первый» (1926) снимался в жарких Прикаспийских пустынях. Однако при съёмке последней сцены, проходящей в море, разыгрался шторм и стало холодно. Актёры могли простудиться, но отменить съёмку было невозможно: творческой группе уже следовало возвращаться в Москву. Протазанов показал коллективу пример. Тщательно отрепетировав сцену на суше, он входил вместе с актёрами в холодную каспийскую воду…
В феврале фильм «Сорок первый» был смонтирован и окончен. «В нашей кинокритике, — писал А. В. Луначарский, — господствует, например, мнение, что режиссёр Протазанов… очень хороший мастер, но не подходящий для нашего времени; однако после такой изумительной картины, как „Сорок первый“ (безусловно один из шедевров нашей кинематографии), этого уже никак сказать нельзя».
Протазанову скоро пятьдесят. Ему хочется жить в большом мире, снимать фильмы интересные и полезные. В его творчество входит классика. К двадцатипятилетию со дня смерти Чехова Протазанов выпустил альманах «Чины и люди», в который вошли «Хамелеон», «Смерть чиновника» и «Анна на шее».
Главную роль в «Хамелеоне» исполнил Иван Москвин. Протазанов всячески поощрял его эксперименты. Играя околоточного надзирателя Очумелова, знаменитый мхатовец преображался до неузнаваемости.
Последней немой картиной Протазанова стал «Праздник святого Йоргена» (1930). Следующий фильм «Томми» (1931) по повести Вс. Иванова «Бронепоезд 14–69» назывался звуковой кинопьесой. Но более запоминающейся стала его следующая работа — «Марионетки» (1934), в которой слились воедино две важные для режиссёра линии — интерес к острому, современному политическому фильму и многолетняя любовь к комедии.
Владимир Швейцер рассказал, как вместе с Протазановым писал сценарий этой картины. Работа шла в чётком ритме, с высокой организованностью, всю жизнь сопутствовавшей Протазанову. Днём писали. Вечерами гуляли, обсуждая написанное. Яков Александрович выступал строгим критиком сюжета, но горячим адвокатом актёра.
Всё это происходило летом 1933 года в Кисловодске, в маленьком домике над парком. Швейцер занимался литературными решениями эпизодов. Протазанов диктовал машинистке режиссёрскую разработку.
«Делает это он очень быстро и легко, — писал Швейцер. — У него абсолютная монтажная память, как у музыкантов бывает абсолютный слух. Он читает литературную запись эпизода, как ноты, слыша уже голоса актёров».
После «Марионеток» он снял комедию «О странностях любви» (1936) и незабываемую «Бесприданницу» (1936).
Протазанов видел Ларису Огудалову, героиню пьесы А. Островского, юной девушкой, непосредственной, впечатлительной, поэтому эту роль доверил студентке киноинститута Нине Алисовой, снимавшейся у него в фильме «О странностях любви». Этот выбор оспаривали многие, в том числе и Швейцер. Тогда никто не мог представить, что это исполнение роли окажется классическим.
Работая над фильмом, Протазанов стремился найти собственно кинематографические средства для воплощения замыслов драматурга. Так была найдена поразительная деталь в сцене знакомства Ларисы и Паратова (его играл Кторов).