Как педагог Пирс всегда делал ставку на небольшую группу избранных, наиболее одаренных слушателей, которые могли легко схватывать разбрасываемые им намеки и самостоятельно развивать их дальше. Он, видимо, совсем не интересовался основной массой рядовых студентов. Эта же черта проявлялась и в его общении с людьми. Еще в доме своего отца Пирс с детства привык встречаться с наиболее видными учеными и другими знаменитостями того времени.
В последствии не без доли тщеславия он вспоминал, что «все ведущие ученые, в особенности астрономы и физики, посещали наш дом», и подробно перечислял именитых друзей его семьи. Пирс хорошо себя чувствовал только среди тех, кого он считал в интеллектуальном отношении по меньшей мере равными себе. И в личных отношениях, и в научной работе он ориентировался на своего рода духовную аристократию. Сочетание академического аристократизма и бостонского снобизма не было случайной и незначительной чертой характера Пирса, но особенностью всего его подхода к научной работе, тесно связанного с пониманием природы и задач научного познания вообще.
В частности, Пирс не разделял традиционного представления о назначении университета как учреждения, целью которого должно быть обучение студентов. В статье, написанной в 1891 году, Пирс определял университет как «объединение людей для научных занятий», для выработки методов научных исследований и открытий. Задача университета, по мысли Пирса, должна состоять не в сообщении студентам определенной суммы сведений, а в развитии у них способности самостоятельно решать проблемы, выдвигаемые жизнью. Подобные взгляды воспринимались администрацией университетов чуть ли не как покушение на самые устои университетской жизни.
Потеряв надежду на получение профессуры, Пирс продолжал службу в Береговом и геодезическом управлении, посвящая свободное время разработке своих логических и философских идей. После получения небольшого наследства он в 1891 году вышел в отставку и поселился в маленьком городке Милфорде, где и провел почти в полном уединении последние двадцать лет своей жизни.
В конце 1890-х годов Пирс был уже далек от своих прагматистских идей двадцатилетней давности. Но именно в это время с легкой руки Джемса прагматизм почти мгновенно вошел в моду, о прагматизме заговорили философские журналы, число сторонников прагматизма начало быстро увеличиваться, и Пирс неожиданно для себя оказался если и не главой, то во всяком случае признанным основоположником философского направления.
Новоиспеченные прагматисты не только подняли на щит старые идеи Пирса, но и по-своему истолковали их. Как замечает Мерфи, «Пирс оказался теперь в невыносимой интеллектуальной ситуации.
Когда в 1898 году Джемс прочитал свою калифорнийскую речь, Пирс был в американской философии забытым человеком и находился в отчаянно трудном материальном положении. Всегда верный Джемс снова пришел к нему на помощь в час жестокой нужды и дал ему шансы не только на известность, но и на деньги, которые эта известность могла принести посредством статей и лекций. Поэтому по финансовым и личным мотивам Пирс не мог отказаться от прагматистской доктрины, но не мог и честно и безоговорочно принять ее».
Правда, Пирс скоро понял, что прагматизм может сыграть большую политическую и идеологическую роль. В письме к Джемсу в ноябре 1902 году он писал: «Вы чувствуете так же, как и я, что значение прагматизма не ограничивается философией. В настоящее время страна находится в постоянной опасности, о чем мне нет нужды распространяться». Термин «прагматизм» означает направление в философской мысли, которое считает, что философия должна иметь практическую направленность. Ценность или отсутствие ценности мышления ставится в зависимость от того, является ли оно действием, служит ли оно действию, жизненной практике (прагматизм как философия успеха).
Кто был изобретателем термина «прагматизм» — не знал точно даже сам Пирс. Так, в письме к Джемсу от 10 ноября 1900 году он писал «Кто произвел на свет термин «прагматизм», я или Вы? Где он впервые появился в печати? Что Вы понимаете под ним?»
Джемс отвечал: «Вы изобрели «прагматизм», за что я отдал Вам должное в лекции, озаглавленной «Философские понятия и практические результаты», две копии которой я послал Вам года два тому назад».
Главные принципы прагматизма развиты Пирсом в статьях «Как сделать наши идеи ясными» (1876), «Закрепление верования» (1877). Предпосылка теории прагматизма — понятие веры Пирс считает, что наши верования не должны зависеть от человеческого произвола, а должны определяться внешним фактором, а именно методом науки, который является последним и самым надежным способом достижения и закрепления верования. Пирс известен в истории философии как создатель теории значения.