Преподавание в университете и гимназии «Педагогиум» при нем довольно скоро начали тяготить Ницше так же, как и уютная мещанская атмосфера Базеля. Его все чаще охватывали периоды меланхолической депрессии, спасение от которой он находил в дружбе с Вагнером, в дом которого Ницше стремился при любой представившейся возможности, благо от Базеля до Люцерна было всего два часа езды. Погружение в возвышенный мир искусства во время частых приездов в Трибшен, очаровательная жена Вагнера Козима разительно контрастировали с размеренным и скучным существованием Ницше в Базеле. Это вызывало у Ницше отвращение к филологии и науке вообще. В набросках того периода сомнения в науке выражены достаточно определенно «Цель науки — уничтожение мира… Доказано, что этот процесс происходил уже в Греции хотя сама греческая наука значит весьма мало. Задача искусства — уничтожить государство. И это также случилось в Греции. После этого наука разложила искусство».
В такой обстановке сообщение Вагнеров о предстоявшем вскоре их переезде в Байрейт по приглашению баварского короля подействовало на Ницше как удар грома. Рушилось его призрачное трибшенское счастье, а работа в Базеле теряла, казалось, всякий смысл. Но судьба как бы взамен Вагнера подарила ему нового верного друга. В апреле 1870 году в Базель приехал профессор теологии Франц Овербек, поселившийся в том же доме на Шютценграбен, где жил и Ницше. Их быстро сблизила общность интересов и, в частности, критическое отношение к христианской церкви, а также одинаковый взгляд на начавшуюся франко-германскую войну.
После болезни и возвращения в Базель Ницше начал посещать лекции выдающегося историка Якоба Буркхардта, полные скепсиса и пессимизма в отношении грядущего Ницше пересмотрел свое отношение к франко-германской войне и освободился от угара патриотизма. Теперь и он стал рассматривать Пруссию как в высшей степени опасную для культуры милитаристскую силу.
Не без влияния Буркхардта Ницше начал разрабатывать трагическое содержание истории в набросках к драме «Эмпедокл», посвященной сицилийскому философу, врачу и поэту V века до н. э. В них уже заметны явные элементы философии позднего Ницше. В эмпедокловском учении о переселении душ он нашел один из постулатов собственной теории вечного возвращения.
2 января 1872 года в книжных магазинах Лейпцига появилась книга Ницше «Рождение трагедии из духа музыки». Задумывалась она еще до франко-германской войны, а схематически очерчена в докладе «Греческая музыкальная драма», прочитанном в университете в январе 1870 года.
Посвященная Вагнеру, работа определяла те основы, на которых покоится рождение трагедии как произведения искусства. Античная и современная линии тесно переплетаются друг с другом в постоянном сопоставлении Диониса, Аполлона и Сократа с Вагнером и Шопенгауэром. Ницше обрушивался на один из главных постулатов христианской веры в вечное существование по милости Бога в потустороннем мире. Ему казалось абсурдом то, что смерть должна быть искуплением первородного греха Адама и Евы. Он высказал мысль о том, что чем сильнее воля к жизни, тем ужаснее страх смерти. И как можно жить, не думая о смерти, а зная о ее неумолимости и неизбежности, не бояться ее? Древние греки, чтобы выдержать такое понимание реальности, создали свою трагедию, в которой происходило как бы полное погружение человека в смерть.
Ницше твердо верил в то, что и наука имеет свои пределы. В исследовании отдельных явлений она, по его мнению, в конце концов непременно натыкается на то первоначало, которое уже невозможно познать рационально. И тогда наука переходит в искусство, а ее методы — в инстинкты жизни. Так что искусство неизбежно корректирует и дополняет науку. Это положение стало краеугольным камнем основ «философии жизни» Ницше.
В январе — марте 1872 года Ницше выступил с серией публичных докладов «О будущности наших учебных заведений», имея в виду не столько швейцарские, сколько прусские гимназии и университеты. Там впервые прозвучала одна из главных идей Ницше — необходимость воспитания истинной аристократии духа, элиты общества. По Ницше, прагматизм должен присутствовать не в классических гимназиях, а в реальных школах, честно обещающих дать практически полезные знания, а вовсе не какое-то «образование».
К весне 1873 года между Ницше и Вагнерам, переехавшим в Байрейт и занятым организацией знаменитых в будущем музыкальных фестивалей, наметилось пока еще едва заметное охлаждение. Чете Вагнеров были не по душе растущая склонность Ницше к полемическому пересмотру моральных устоев человечества и «шокирующая резкость» его суждений. Вагнер предпочитал видеть в базельском профессоре талантливого и яркого пропагандиста своих собственных воззрений. Но на такую роль Ницше согласиться не мог. И он еще не терял надежды, что Байрейт станет источником возрождения европейской культуры. Ницше замыслил серию памфлетов.