В 1898 году Николай II поддержал проект Витте разрешить крестьянам переселение в Сибирь, несмотря на противодействие землевладельцев, боявшихся, что это удорожит труд по обработке помещичьей земли. Теперь сами помещики настаивали на переселении как способе оттянуть жадные крестьянские руки от их земель. Понятие частной собственности на землю было слабо развито в России, ни общинное владение землей, ни принудительное ее отчуждение при освобождении крестьян этого чувства воспитать не могли. Витте склонялся к плану дальнейшего отчуждения — и часть землевладельцев, напуганная «красным петухом», ухватилась за это как за шанс получить хотя бы компенсацию. Но как только революционная волна спала — они первыми бросились на Витте. Тот пожертвовал министром земледелия Н.Н.Кутлером, но Витте это не спасло. Вопрос, допускать или нет в Думе дебаты о принудительном отчуждении, стал последней каплей в его столкновении с царем, и на его место был 24 апреля 1906 года назначен лояльный бюрократ И.Л.Горемыкин, «оловянный чиновник, отличающийся от тысячи подобных своими большими баками».
По новым Основным законам, Россия получила две законодательные палаты: нижнюю — Государственную Думу, и верхнюю — преобразованный Государственный Совет, состоявший частью из выборных, частью из назначенных царем членов. 27 апреля 1906 года в Георгиевском зале Зимнего дворца, в присутствии членов обеих палат, министров, членов императорской фамилии, Николай II открыл первое законодательное собрание России, которое всего полтора года назад поклялся никогда не допустить. «Я приветствую в лице вашем тех лучших людей, которых я повелел возлюбленным моим подданным выбрать от себя», — сказал царь. «Их лица дышали какою-то непонятной мне ненавистью против всех нас», — в ужасе отозвалась о «лучших людях» императрица-мать. А министр двора барон Фредерикс нашел, что «депутаты скорее похожи на стаю преступников, ожидающих сигнала, чтобы зарезать всех сидящих на правительственной скамье».
Крестьянское большинство Думы жаждало обсуждать вопрос о земле. Первым же правительственным законопроектом, внесенным на обсуждение, было представление о кредите на прачечную и оранжерею — это вызвало раздражение и насмешки. После двух с половиной месяцев напряженных дебатов и закулисных переговоров о создании министерства из «общественных деятелей» царь распустил Думу и назначил новые выборы. Взятый «на затычку» И.Л.Горемыкин был уволен в отставку, а председателем Совета министров назначен П.А.Столыпин, сохранивший и пост министра внутренних дел.
Вторая Дума — уже без царского приветствия — открылась 20 февраля 1907 года, оказалась по своему составу еще более радикальной и 3 июня при помощи полицейской провокации распущена. Одновременно было распубликовано новое «Положение о выборах», менявшее и без того цензовый избирательный закон, чтобы предоставить большинство крупным землевладельцам, а также урезать долю нерусских. Изменение закона не было проведено с согласия законодательных палат, т. е. было государственным переворотом сверху.
Организатору третьеиюньского переворота Петру Аркадьевичу Столыпину шел сорок пятый год, когда он возглавил правительство взбаламученной империи. Крайне не любивший его Витте пишет, однако, что «по темпераменту Столыпин был государственный человек, и если бы у него был соответствующий ум, соответствующее образование и опыт, то он был бы вполне государственным человеком». Относительно опыта это было верно, Витте занимал министерские посты с 1892 года, Столыпин же только губернаторские с 1902-го, учиться управлять охваченной анархией страной он должен был на самом высоком административном посту, имея за спиной нерешительного и коварного царя.
Витте потому особенно не любил Столыпина, что тот проводил во многом его политику, только, по мнению Витте, гораздо хуже, чем это бы делал он сам. Оба они были чужаками для петербургской бюрократии, и их возвышения — своего рода исторические мутации: Витте на пост министра был возведен с частной службы волей Александра III, Столыпин с поста провинциального губернатора — безволием Николая II, искавшего «сильного человека». Их догосударственный опыт был разный: Витте связан был с промышленниками, Столыпин — с землевладельцами.
Все в России знают, что «столыпинский галстук» — это висельная петля, что «столыпинский вагон» — в нем я трижды проехал из Москвы в Сибирь — вагон для перевозки заключенных, но о «столыпинской реформе» если и имеют представление, то смутное. Между тем Столыпин понимал, что России необходима сильная власть не чтобы заморозить страну, но чтобы провести необходимые реформы. В отличие от Плеве, душившего революцию без веры во внутренние силы монархии, Столыпин верил в свое дело. Кроме проведенной им земельной реформы, он составил обширный проект преобразований — в 1911 году проект был передан царю и таинственно исчез, что, может быть, показывает отношение Николая II к реформам.