В самом деле, воцарение царевича Дмитрия избавило оставшихся в живых двух братьев Романовых от тяжелой ссылки и сделало их вновь знатными людьми в государстве. Иван Романов возведен был в боярское звание, а Филарет получил сан ростовского митрополита. Несколько лет он провел в своей епархии в Ростове. Здесь узнал он о смерти первого Самозванца, о воцарении Василия Шуйского и о появлении второго Лжедмитрия, прозванного в народе «тушинским вором». Этот новый претендент на русский престол набрал при помощи поляков большое войско, подступил к Москве и начал осаду.
Когда русские города из ненависти к Шуйскому один за другим стали признавать Тушинского вора, Филарет некоторое время удерживал Ростов в повиновении московскому правительству. Вор узнал об этом, приказал достать Филарета и привезти в свой стан. 11 октября 1608 г. переславцы с некоторыми из тушинцев напали врасплох на Ростов. Филарет облачился в архиерейские одежды и стал в церкви с народом. Когда переславцы ворвались в церковь, Филарет начал уговаривать их не отступать от законной присяги.
Но переславцы не послушались, перебили множество людей, надругались над святынями, сорвали с митрополита святительские одежды, надели на него сермягу, покрыли ему голову татарской шапкой и повезли в Тушино, в насмешку посадив с ним какую-то женщину. Лжедмитрий, впрочем, принял его с почетом и даже нарек патриархом. Филарет должен был из Тушино рассылать грамоты по своему патриаршеству, то есть по областям, признававшим Самозванца. «Филарет, — писал позже Аврамий Палицын, — был разумен, не склонялся ни направо, ни налево». Он отправлял богослужение и поминал Тушинского вора Дмитрием. Патриарх Гермоген, строгий к другим изменникам, старался оправдать Филарета и в своих воззваниях к народу писал о ростовском митрополите, что тот не своей волею, а по нужде находится в Тушине, и не порицал его за это, а молил за него Бога. В конце 1609 г. тушинский стан стал разваливаться, а сам вор бежал в Калугу. Филарет некоторое время оставался с поляками, а после низложения Шуйского летом 1610 г. отправился в Москву. Во время переговоров с Жолкевским он поддерживал патриарха и очень неодобрительно относился к избранию на русский престол королевича Владислава, но мнение его не было принято в расчет А короткое время спустя Филарет, по просьбе бояр и по благословению Гермогена, вместе с князем Василием Голицыным был поставлен во главе большого русского посольства. Послы должны были ехать под Смоленск и уговариваться с Сигизмундом о том, чтобы тот отправил своего сына на московский престол. Здесь-то Филарету и предстояло выдержать трудный подвиг.
Сначала поляки приняли русское посольство очень любезно, но потом стали требовать, чтобы послы от себя приказали смолянам сдать их город королю. Споры об этом продолжались долгое время. Филарет с товарищами доказывал, что это противно заключенному договору, а более всего указывал на то, что посольство не имеет права поступать так без совета с патриархом и со всею русскою землей. Никакие принуждения и угрозы поляков не заставили посольство исполнить волю короля; Филарет более всего призывал своих товарищей быть стойкими. Тогда поляки перестали совещаться с послами и на их глазах возобновили приступы к Смоленску. В феврале 1611 г. паны получили от московских бояр грамоту, в которой послам приказывалось сдать Смоленск и присягать на имя короля вместе с сыном. Послы, однако, отказались ее исполнять. «Эта грамота писана без патриаршего согласия, — сказал Филарет, — хотя бы мне смерть принять, я без патриаршей грамоты о крестном целовании на королевское имя никакими мерами ничего не буду делать». 26 марта канцлер Лев Сапега, узнав о том, что города русской земли по призыву Прокопия Ляпунова ополчаются против поляков, приказал взять послов под стражу. В апреле их отправили в Польшу, все имущество пограбили, а слуг перебили. Несколько лет Филарет прожил в доме Сапеги на положении пленника. Между тем в России происходили бурные события По призыву нижегородского старосты Кузьмы Минина начало формироваться новое ополчение, во главе которого встал князь Дмитрий Пожарский. Летом 1612 г. ополчение взяло Москву. Польский гарнизон, заключенный в Кремле, не выдержав голода, капитулировал. По призыву вождей ополчения в Москве собрался Земский собор и в начале 1613 г. избрал в цари шестнадцатилетнего сына Филарета — Михаила Федоровича Романова.