Летом 1658 г. наступила уже явная размолвка — царь несколько раз не пригласил патриарха на придворные праздники и сам не присутствовал на его богослужениях. Потом он послал к нему своего спальника князя Ромодановского с повелением, чтобы Никон больше не писался великим государем.
Уязвленный этим Никон отрекся от патриаршей кафедры, вероятно, рассчитывая. что кроткий и набожный царь испугается и поспешит примириться с первосвятителем. Отслужив литургию в Успенском соборе, он снял с себя мантию и ушел пешком на подворье Воскресенского монастыря. Там он пробыл два дня, быть может ожидая, что царь позовет его или захочет с ним объясниться, но Алексей хранил молчание. Тогда Никон, будто забыв о патриаршестве, стал деятельно заниматься каменными постройками в Воскресенском монастыре: копал пруды, разводил рыбу, строил мельницы, рассаживал сады и расчищал леса, во всем показывая пример рабочим и трудясь наравне с ними.
С отъездом Никона в Русской Церкви наступила смута. Вместо ушедшего со своего престола патриарха следовало избрать нового. Но поведение Никона не допускало этого. По прошествии некоторого времени он уже раскаивался в своем поспешном удалении и опять стал предъявлять претензии на патриаршество. «Я оставил святейший престол в Москве своею волею, — говорил он, — московским не зовусь и никогда зваться не буду; но патриаршества я не оставлял, и благодать Святого Духа от меня не отнята». Эти заявления Никона сильно смутили царя и должны были смутить многих, даже и не врагов Никона: теперь нельзя было приступить к избранию нового патриарха, не решив вопроса: в каком отношении он будет находиться к старому? Для рассмотрения этой проблемы в 1660 г. был созван собор русского духовенства. Большинство архиереев были против Никона и постановили лишить его сана, но меньшинство доказывало, что поместный собор не имеет такой власти над патриархом. Царь Алексей согласился с доводами меньшинства, и Никон сохранил сан. Но это так запутало дело, что оно могло быть разрешено только международным советом.
В начале 1666 г. в Москве собрался «великий собор», на котором присутствовало два греческих патриарха (Александрийский и Антиохийский) и 30 архиереев, русских и греческих, от всех главных церквей православного востока.
Суд над Никоном длился более полугода. Собор сначала ознакомился с делом в его отсутствие. Затем призвали самого Никона, чтобы выслушать его объяснения и оправдания. Никон сначала не хотел являться на судилище, не признавая над собой власти александрийского и антиохийского патриархов, потом, в декабре 1666 г., все же приехал в Москву, но держал себя гордо и неуступчиво: вступал в споры с обвинителями и самим царем, который в слезах и волнении жаловался собору на многолетние провинности патриарха. Собор единогласно осудил Никона, лишил его патриаршего сана и священства. Обращенный в простого инока, он был сослан в Ферапонтов монастырь близ Белого озера.
Здесь его несколько лет содержали с большой строгостью, почти как узника, но в 1671 г. Алексей велел снять стражу и позволил Никону жить без всякого стеснения. Тогда Никон отчасти примирился со своей судьбой, принимал от царя содержание и подарки, завел собственное хозяйство, читал книги и лечил больных. С годами он стал постепенно слабеть умом и телом, его стали занимать мелкие дрязги: он ссорился с монахами, постоянно был недоволен, ругался без толку и писал царю доносы. После смерти в 1676 г. Алексея Михайловича положение Никона ухудшилось — его перевели в Кирилле-Белозерский монастырь под надзор двух старцев, которые должны были постоянно жить с ним в келий и никого к нему не пускать. Только в 1681 г., уже тяжелобольного и дряхлого, Никона выпустили из заточения. По дороге в Москву на берегу Которосли он умер. Тело его привезли в Воскресенский монастырь и там похоронили. Царь Федор Алексеевич присутствовал при этом.
Никоновские преобразования оказали сильное влияние на общество. Следствием их стал великий раскол в Русской Православной Церкви, который быстро, словно пожар, распространился по всей России. К расколу как к знамени примкнули все недовольные светскими и духовными властями. Многие десятилетия эта жестокая религиозная и социальная распря оставалась главным мотивом внутренней русской истории.
Кузьма Минин — Дмитрий Пожарский
История второго ополчения в эпоху русской Смуты начала XVII века представляется явлением совершенно исключительным как в русской, так и мировой истории.