21 сентября показался, наконец, «Натуралист». Его командир терпеливо ждал «Географа» в заливе Шарк, куда Боден не явился, хотя и назначил его местом встречи. Офицеры «Натуралиста», воспользовавшись длительной стоянкой, составили самый подробный план побережья и острова Ротнест, а также реки Эйвон.
На острове Дёрк-Хартог капитан Гамелен обнаружил две оловянные тарелки с выгравированными надписями на голландском языке. Одна надпись сообщала о посещении 25 октября 1616 года судна «Эндрахт» из Амстердама, вторая — о пребывании в этих местах в 1697 году корабля «Гелвинк» под командованием капитана Фламинга.
Покинув Тимор 13 ноября 1801 года, французские моряки ровно через два месяца увидели южный берег этого острова. Болезнь продолжала свирепствовать с той же силой, и число ее жертв стало довольно значительным.
Оба корабля вошли в пролив д'Антркасто, не замеченный ни Тасманом, ни Куком, ни его спутником Фюрно, ни Марионом. Стоянка там имела целью пополнение запаса воды. Поэтому несколько шлюпок немедленно были посланы на ее поиски. Именно эту часть побережья стремились закартографировать гидрографы. Внесение исправлений и дополнение данных д'Антркасто задержало экспедицию Бодена до 5 февраля. Затем она приступила к изучению юго-восточного берега Тасмании.
У южного побережья Австралии произошла интересная встреча с кораблем «Инвестигейтор», за восемь месяцев до того вышедшим под командованием Флиндерса из Европы, чтобы более подробно исследовать берега Австралии. Флиндерс занимался этим уже три месяца. Как и французские моряки, он много натерпелся от ураганов и бурь; во время одной из последних бурь он потерял в Бассовом проливе шлюпку с восемью матросами и старшим офицером.
Тем временем цинга продолжала свирепствовать среди отважных исследователей. Больше половины матросов были не в силах нести службу. Из рулевых только двое оставались на ногах. К тому же в южном полушарии начиналась зима. Экипаж испытывал настоятельную потребность в отдыхе. Ближайшим подходящим местом для стоянки был Порт-Джексон; самый короткий путь до него лежал через Бассов пролив, но Боден, всегда избегавший проторенных дорог, решил по-иному и приказал обогнуть южную оконечность Тасмании.
20 мая бросили якорь в бухте Эдвенчер. Ходячих больных свезли на берег, где без труда набрали пресную воду. Плавание в этих бурных морях становилось уже невозможным, густой туман заволакивал все вокруг, и о близости берега предупреждал лишь оглушительный шум огромных валов, разбивавшихся о скалы. Больных становилось все больше. Ежедневно океан поглощал новую жертву. 4 июня осталось всего шесть человек, способных нести вахту.
17 июня заметили судно, с него французским мореплавателям сообщили, что «Натуралист», не дождавшись своего спутника в Порт-Джексоне, отправился на его поиски, что брошенную на произвол судьбы шлюпку подобрал английский корабль, и ее экипаж находится сейчас на «Натуралисте», и что «Географа» с величайшим нетерпением ждут в Порт-Джексоне, где приготовлены все средства помощи его команде.
В течение трех дней «Географ» находился в виду Порт-Джексона, но из-за слабости матросов не мог войти в бухту.
Наконец от берега отошла английская шлюпка и доставила на корабль необходимых для управления им людей и лоцмана.
Английские власти в Порт-Джексоне оказали французам сердечный прием, предоставили в распоряжение ученых все необходимое для продолжения исследований. Одновременно военные власти и частные граждане снабдили моряков свежей провизией, запасом продовольствия, медикаментами и т. п.
Здоровье моряков несколько восстановилось, но число матросов, способных продолжать плавание, оказалось настолько незначительным, что пришлось примириться с необходимостью отправить «Натуралиста» во Францию, предварительно забрав с него самых крепких людей. «Натуралиста» заменила шхуна «Казуарина», водоизмещением в тридцать тонн, командование которой было поручено Луи де Фрейсине. Маленькие размеры судна и неглубокая осадка делали его чрезвычайно ценным для плавания вдоль побережья.
Кроме подробного отчета о ходе экспедиции и о результатах всякого рода исследований, проведенных в течение двух кампаний, с «Натуралистом» отправили, по словам Перона, «более сорока тысяч чучел животных, собранных за истекшие два года в разных местах. Тридцать три больших ящика были заполнены этой коллекцией, самой многочисленной и богатой из всех, когда-либо привозившихся в Европу путешественниками; частично размещенная в доме, который я занимал вместе с Бельфеном, она вызывала восхищение всех образованных англичан, в особенности знаменитого естествоиспытателя Патерсона».