Кирос и его люди оставались на Новых Гебридах тридцать пять дней. Затем решено было следовать на юг вдоль берегов открытого „континента“. Но, как только вышли из бухты, начался шторм. Корабль Торреса вернулся в бухту и встал на якорь. Кирос был болен и не мог подняться на палубу, а его кормчий не решился приблизиться к порту и направил „Капитану“ к островам Санта-Крус, у которых условлено было встретиться в случае, если корабли потеряют друг друга в океане. Безуспешно прождав там некоторое время Торреса, Кирос решил плыть назад и, описав большую дугу, в конце ноября прибыл в Акапулько. Торрес, думая, что Кирос тоже возвратится в бухту, ждал его некоторое время; не дождавшись, он решил продолжать плавание самостоятельно. Он поплыл на юго-запад, затем на север и попал в район островов у восточной оконечности Новой Гвинеи. Огибая Новую Гвинею с юга, он открыл пролив, отделяющий ее от Австралии и изобилующий мелкими островками, который был потом назван проливом Торреса.
Остров Эспириту-Санто не отличался здоровым климатом. Моряки страдали от тропической лихорадки. В довершение всех бед 27 мая Кирос и многие его спутники жестоко отравились рыбой паргус и едва не отдали Богу душу.
В начале июня Кирос решил временно сняться с якоря и направиться на осмотр Южного материка. Однако из-за ветров и течений он не смог продвинуться в южном направлении. 8 июня Кирос дал приказ возвратиться в бухту Сантьяго-и-Сан-Фелипе.
Корабли Прадо-и-Товар покинули бухту и увели „Альмиранту“ и „Три волхва“. Прадо-и-Товар излагает ход событий таким образом: команда „Капитаны“ восстала, заперла в кормовой рубке Кироса и тайком вывела корабль из бухты.
К чести Кироса следует отметить, что за время долгого плавания в южных морях экспедиция не потеряла ни одного человека — случай беспримерный в истории испанских морских походов. 9 декабря следующего 1607 года Кирос въехал в Мадрид — и в городских воротах отдал нищему последний свой грош. На следующий день он начал новую битву, требуя от Совета по делам Индий снаряжения большой экспедиции для освоения Южной Земли Святого духа. Не десятки, а сотни писем и объяснительных записок отправил он в ближайшие два-три года в адрес всех высоких учреждений Испании. Он писал королю и папе, обивал пороги всех канцелярий Мадрида, не раз бывал в Эскуриале. Своей неугасимой верой он, как и прежде, покорял скептиков. Но Совет по делам Индий в 1608 году решил не снаряжать новой экспедиции. И вовсе не потому, что в Совете не верили Киросу. Мотивы были совсем иные. В Совете полагали, что новые открытия вредны. Они оттягивают из Испании людей, в то время когда в стране с каждым годом падает численность населения; они открывают новые пути врагам короля, они истощают казну его величества — и это в пору, когда нет ни денег, ни возможностей удержать то, что уже открыто… И все же, атакуя королевский Совет, Кирос в конце 1609 года добился некоторого успеха. Филипп III подписал указ вице-королю Перу, в котором последнему рекомендовалось снарядить к Южному материку экспедицию.
Кирос, однако, этим не удовлетворился. Ему хорошо были известны испанские порядки, и он знал, что колониальные власти в Перу такого рода рекомендации могли и не принимать во внимание.
В октябре 1614 года в Лиму был назначен новый вице-король. Кирос отправился с ним в Новый Совет в твердой уверенности, что счастье ему наконец улыбнулось. Весной 1615 года Кирос умер в Панаме. Смерть избавила его от последнего разочарования — вице-королю дано было секретное предписание: ни в коем случае не отправлять в Южное море новых экспедиций.
Луис де Торрес
На этом человеке долгое время лежало клеймо мятежника, бросившего своего капитана на произвол судьбы.
Сам Торрес оправдывался, говоря, что, напротив, это он оказался брошенным своим капитаном. По его словам, флагманское судно „Капитана“ ночью ушло:
„…не дав нам знать и без всяких сигналов… И хотя мы отправились на поиски и сделали все возможное, но найти ее не смогли. Ибо они (Кирос и его люди) пошли не по своему курсу и не с добрыми намерениями“.
Все эти версии чрезвычайно сомнительны. Из судовых журналов „Капитаны“ явствует, что это судно вышло из бухты только после того, как исчезли два других судна, и что Кирос несколько дней искал у входа в бухту „Альмиранту“ и „Трех волхвов“. Однако установить сейчас, кто кого бросил и кто кого не искал, совершенно невозможно. Факт тот, что после „безнадежных поисков“ Кирос принял решение идти в Акапулько, чтобы доставить испанским властям вести об открытии Южного материка. 23 декабря 1606 года он привел „Капитану“ в Акапулько.