После ремонта в Ливорно быстроходный «Агамемнон» атаковал и взял в двухдневном бою более сильный французский корабль «Са Ира». До конца 1795 года Нельсон крейсировал по Средиземному морю, охраняя судоходство, оказывая помощь союзникам и блокируя порты противников. Прибывший на смену Худу в 1796 году Джервис, которому понравился моряк, поручал ему самостоятельные операции, назначил на 74?пушечный корабль «Капитан» и произвел в коммодоры.
Нельсон особенно отличился в сражении 14 февраля у мыса Сан?Винсенти против испанской эскадры. Джервис поступил неожиданно. Он приказал британской линии разрезать неприятельский строй, чтобы разбить его по частям. Испанцы попытались восстановить линию. Однако тут вмешался Нельсон, который нарушил заповедь: не оставлять линию без приказа флагмана. Его «Капитан», третий от конца, сначала отошел от строя, затем круто повернул и, пройдя сквозь арьергард противника, вошел в разрыв вражеской линии. Некоторое время ему пришлось выдерживать бой против 7 неприятельских кораблей, в том числе 4 100?пушечных, пока не подошли еще три британских корабля. Из 4 взятых испанских кораблей 2 овладел Нельсон. Он сам участвовал в абордажной схватке. Уже через неделю Нельсон получил чин контр?адмирала синего флага и титул рыцаря ордена Бани, возводивший его в дворянское достоинство, тогда как сэр Джон Джервис благодаря ему стал графом Сан?Висенти. Особенно Нельсона радовала золотая медаль, которую получили старшие офицеры — участники сражения.
Позднее вместе со Средиземноморским флотом Нельсон, подняв флаг на корабле «Тезей», блокировал Кадис, дважды в июле 1797 года обстреливал ночами порт из пушек и мортир и даже участвовал в рукопашной схватке. Временами моряка «заносило». Он задумал высадить под прикрытием огня артиллерии десант на остров Тенерифе и захватить стоявшее в гавани судно с золотом из Мексики. Но расчет на внезапность не оправдался, экспедиция не удалась, а Нельсон лишился руки, раздробленной пулей.
Павший духом моряк считал, что однорукий адмирал не нужен флоту. Но в Англии его встретили как героя. Уже в конце 1797 года, воспрянув духом и окрепнув, Нельсон обратился в адмиралтейство за назначением, а в апреле следующего года поднял флаг на линейном корабле «Вэнгард» и отправился с эскадрой на Средиземное море, где в Тулоне французы накапливали корабли. Моряку следовало выяснить их намерения.
Шторм разбросал корабли эскадры, что позволило французскому флоту оставить Тулон незамеченным. Наскоро отремонтировав корабли, получив от графа Сан?Висенти подкрепления и приказ уничтожить неприятельский флот, контр?адмирал приступил к поискам, пока не узнал, что французский флот в Александрии и 1 августа появился перед мысом Абукир, где стояли корабли Брюэса. Нельсон, найдя противника, решил атаковать немедленно, не дожидаясь отставших кораблей. Он заявил командирам кораблей: «Завтра в это время я заслужу или титул лорда, или Вестминстерское аббатство».
Уверенный в победе, Нельсон атаковал, несмотря на малочисленность флота и приближающуюся ночь. Свои корабли он приказал обозначить для распознавания во тьме четырьмя фонарями. Французский флагман, хотя и обсуждал недавно с Наполеоном Бонапартом неудобства стоянки на открытом рейде, принял бой, не меняя строя. Он рассчитывал на близость отмелей и береговые батареи. Английскому флотоводцу помогла необычная тактика. Его корабли обошли часть неприятельских с двух сторон. Вскоре был выведен из строя передовой корабль, через два часа из строя вышла половина эскадры.
В ходе Абукирского сражения Нельсон, раненный осколком в голову, был уверен, что умирает, однако на перевязочном пункте потребовал, чтобы перевязали тех, кто поступил ранее. Ранение оказалось неопасным, и флотоводец смог диктовать донесение о бое, а затем поднялся на палубу и наблюдал взрыв неприятельского флагманского корабля «Ориан». К утру от французского флота уцелели два корабля и два фрегата, ушедшие в море. Английская эскадра из?за повреждений не могла их преследовать.
Победа при Абукире разрушила планы генерала Бонапарта удержать Египет и развернуть наступление на Индию. Нельсон стал национальным героем, пэром Англии, бароном Нила и Бернем?Торпа, получил пожизненную пенсию — 2000 фунтов в год, был произведен в контр?адмиралы красного флага. Свои поздравления и подарки прислали союзные монархи, а Ост?Индская компания за избавление Индии от вторжения выдала ему 10000 фунтов. Командир одного корабля эскадры, своеобразно выражая свое уважение, преподнес флагману дубовый гроб, изготовленный из обломка мачты «Ориана». Позднее Нельсон возил гроб с собой на корабле; он и стал его последним пристанищем.