На следующий год Сенявин — командир корабля «Святой Александр Невский». Четыре кампании он крейсерствовал в Черном море. В январе 1796 года Дмитрия Николаевича произвели в капитаны 1?го ранга и дали «под команду» 74?пушечный корабль «Святой Петр». Сенявин в составе эскадры Ф.Ф. Ушакова отправился на Средиземное море и участвовал во всех боевых действиях в Архипелаге. За взятие крепости Святой Мавры он получил орден Святой Анны 2?й степени. «Святой Петр» обстреливал одну из батарей острова Видо при взятии Корфу. После возвращения эскадры на Родину Сенявин в 1800 году был произведен в капитаны генерал?майорского ранга и возглавлял Херсонское адмиралтейство и порт, затем получил чин контр?адмирала и переведен главным командиром порта в Севастополь.
В 1804 году Сенявина отозвали на Балтику и назначили командиром Ревельского порта. Контр?адмирал за отведенный ему небольшой срок организовал ремонт маяков, помещений некоторых мастерских. В 1805 году комиссия, обследовавшая порт, отметила значительное улучшение содержания казенных сооружений и запущенное состояние дома самого командира порта.
С началом войны против Франции осенью 1805 года Сенявин во главе эскадры отправился на защиту Ионических островов, прибыл на Корфу 18 января 1806 года и стал главнокомандующим всеми русскими силами в Средиземном море. Вице?адмирал активными действиями против французов помешал им захватить Бокка?ди?Катарро и Ионические острова.
После начала русско?турецкой войны вступили в боевые действия и русские силы на Средиземном море. По стратегическому плану Сенявину предстояло вместе с английской эскадрой Дакуорта прорваться к Константинополю через Дарданеллы, тогда как Черноморский флот должен был атаковать Босфор. Высаженными десантами следовало занять турецкую столицу. Однако планы эти так и не удалось осуществить. Черноморский флот оказался не готов к высадке десанта в Босфоре. Дакуорт с эскадрой, не дожидаясь Сенявина, прошел через Дарданеллы к Принцевым островам в 8 милях от Константинополя и потребовал сдать флот, морские запасы и проливы англичанам. Но пока он вел переговоры, турки установили батареи на берегах пролива. Англичане 17 февраля вырвались в Средиземное море с поврежденными кораблями и потерями.
Получив известие о начале войны с Турцией 30 января, 10 февраля Сенявин уже отправился к устью Дарданелл с 10 линейными кораблями. Остальные силы он оставил для обороны Которской области и Ионических островов. Прибыв в Эгейское море, флагман предложил провести новую атаку Дарданелл. Однако Дакуорт отказался от совместных предприятий с Сенявиным. Он рекомендовал вице?адмиралу блокировать Дарданеллы, заняв остров Тенедос вблизи устья пролива. Сам Дакуорт отправился к берегам Египта. Англичане рассчитывали, что русские моряки не выпустят турецкий флот, а они смогут тем временем спокойно овладеть Александрией.
Совет, собранный Сенявиным, решил приступить к ближней блокаде Дарданелл. 10 марта русские моряки взяли Тенедос у самого пролива. Вице?адмирал сам участвовал в десанте. Остров стал базой русских действий. С моря его прикрывала эскадра, высылавшая по два?три корабля к устью Дарданелл.
После взятия Тенедоса, чтобы разделить турецкие силы, Сенявин посылал отдельные отряды в набеги на турецкие порты. Флагман рассчитывал демонстративным ослаблением сил выманить турецкую эскадру и нанести ей удар. 7 мая турецкие корабли, наконец, вышли из пролива, чтобы вернуть Тенедос и ликвидировать блокаду, нарушавшую снабжение Константинополя продовольствием. Узнав о появлении турок, Сенявин выступил с главными силами к Имбросу, оставив гарнизону задачу удерживать остров против неприятельской атаки. 8 мая турки пытались высадиться на остров, но дважды были сброшены в море.
Из?за штиля и встречных ветров обогнуть Имброс, чтобы отрезать турецкий флот от Дарданелл, Сенявину не удалось. 10 мая для помощи изнемогавшему в борьбе с турками гарнизону Тенедоса Сенявин привел эскадру к острову. Турецкий флот был неподалеку, но Сеид?Али не намеревался атаковать, хотя и был на ветре. Когда около 13 часов направление ветра стало благоприятно русским, Сенявин приказал приготовиться к бою. Он заранее выделил резерв, поручив его командиру по сигналу или собственной инициативе действовать там, где это окажется удобно. После 18 часов русская эскадра, пользуясь засвежевшим ветром, преследовала турок, пытавшихся скрыться в Дарданеллы. Бой длился около двух часов, до темноты. Турецкие береговые батареи обстреливали перемешавшиеся корабли, поражая и своих. Русская эскадра так приблизилась к побережью, что попала даже под ружейный огонь.