В 1795 году капитан Смит командовал фрегатом «Диаманд» в отряде коммодора Д.Б. Уоррена и был послан последним для осмотра Бреста, ибо адмиралтейство получило известие об отплытии французской эскадры Виллари де Жуайеза. Уоррен особо напомнил Смиту, что ему нужны сведения разведки, а не геройские подвиги в бою. 4 января фрегат вошел в Брестский залив, лавируя между камнями. При встрече с неприятельским кораблем «Диаманд» поднял французский флаг. Так как корабль встал на якорь, английский фрегат последовал его примеру, но затем снялся и продолжил путь, миновав еще два вражеских судна. Смит постарался максимально приблизиться к рейду Бреста и убедился, что там нет кораблей. Выход оказался задачей более сложной из?за того, что сторожевой корвет поднял тревогу, видя необычное движение «Диаманда». Тогда Смит направился к стоявшему на якоре и ремонтировавшемуся линейному кораблю и завел разговор с его командиром по?французски. Он объяснил перемену курса тем, что хотел оказать помощь при ремонте. Командир французского корабля отказался от помощи. Смит думал о том, что огнем фрегата мог истребить французский экипаж. Но он имел приказ не вступать в бой, да и увести приз ему не удалось бы. Посему фрегат направился в море, и сторожевые суда уже не обращали на него внимания.
В 1797 году при помощи французского эмигранта Филиппе сэр Сидней Смит бежал из парижской тюрьмы Тампль, в которую он попал в период реакции фрюктидора 1797 года. В 1798 году вместе с братом Джемсом Спенсером Смитом, британским посланником в Константинополе, Уильям склонил Порту к союзу с Англией, чтобы изгнать французов из Египта.
Осенью 1798 года коммодор Смит командовал отрядом английских судов в восточной части Средиземного моря, сменив эскадру Нельсона. 25 декабря 1798 года Смит и его брат подписали текст оборонительного трактата, с которым Англия приступила к русско?турецкому союзу. Коммодор прибыл на 80?пушечном корабле «Тигр» и должен был вернуться в Александрию для командования эскадрой в турецких водах, но задержался в Константинополе. По его требованию Порта посылала в Египет войска и турецкую флотилию, а для постройки канонерских лодок по проекту Смита отправляла материалы на верфь в Будруме.
Нельсон собирался заменить крейсирующие у Египта суда меньшим количеством и предлагал Ушакову выслать по два корабля и два фрегата российских и турецких. 29 января Томара сообщал Ушакову, что Смит требует выслать корабли не к Александрии, а к восточной стороне Крита. Ранее Нельсон предлагал Ушакову снять осаду Корфу и идти для блокады Анконы. 1 марта 1799 года, уже после взятия Корфу, Ушаков жаловался Г.Г. Кушелеву, что его эскадру требуют в разные места: кто в Александрию, кто в Италию, Смит — к Кандии (Криту). 5 марта он в письме просил Томару, чтобы ему дали возможность самому принимать решения, и не разделять корабли, как требовал Сидней Смит. Адмирал писал: «Требования английских начальников морскими силами в напрасные развлечения нашей эскадры я почитаю — не что иное, как они малую дружбу к нам показывают, желают нас от всех настоящих дел отщепить и, просто сказать, ловить мух, а чтобы они вместо того вступили на те места, от которых нас отделить стараются. Корфу всегда им была приятна; себя они к ней прочили, а нас под разными и напрасными видами без нужд хотели отдалить или разделением нас привесть в несостояние». Он отмечал, что Смит достаточно силен и не нуждается в подкреплении, и заявлял, «…в учениках сир Сиднея Смита я не буду, а ему от меня что?либо занять не стыдно». Самому Сиднею Смиту Ушаков писал о взятии Корфу и о том, что у него есть важные задачи у берегов Италии, которые, как и недостаток провизии, не позволяют отправить суда на помощь англичанам.
В 1799 году Сидней Смит командовал эскадрой, помогавшей Джеззар?паше в обороне Сен?Жан?д'Акр.
В феврале французские войска начали наступление на Сирию и 6 марта овладели Яффой. Следующей целью армии стала сильная крепость Сен?Жан?д'Акр (Акра), которую нельзя было взять без помощи осадной артиллерии. Посему контр?адмирал Гантом приказал эскадрам из Дамиетты и Александрии доставить пушки в Яффу. Первая прибыла 12 марта. 16 марта наполеоновская армия заняла Хайфу, которая стала базой снабжения. Однако 17 марта на рейд Сен?Жан?д'Акра из Константинополя пришли 80?пушечные корабли «Тигр» и «Тезей» коммодора сэра Сиднея Смита. 19 марта, когда в районе Хайфы появились 16 французских судов с осадными орудиями для обстрела Акры и командовавший ими капитан 2?го ранга Юделэ, не решившись войти в порт, попытался уйти в море, англичане погнались за ними. Части судов удалось уйти во Францию. 22 марта Сидней Смит привел захваченные им 6 судов с французскими пушками, которые усилили оборону Акры вместо того, чтобы служить ее взятию Без тяжелой артиллерии крепость, к которой французы подошли 19 марта, в этом месяце взять не удалось, что затянуло кампанию. Смит 26 марта ушел в море, чтобы не присутствовать при капитуляции Акры, но после неудачного штурма в ночь на 6 апреля прибыл на рейд и усилил гарнизон артиллеристами и трофейными орудиями, взятыми на французских судах.