Так как стоянка у Акры была плоха, Сидней Смит сделал попытку овладеть Хайфой. На рассвете 26 марта он отправил 400 человек на баркасах, которые высадились, вступили в город, но были атакованы французами и с потерями удалились, оставив баркас «Тигр» в качестве трофея.
Следующий месяц оказался также неудачным для Сиднея Смита. Под Акру он собрал, кроме двух кораблей, фрегат и 10 посыльных судов. При этом коммодор снял блокаду Александрии. Воспользовавшись этим, контр?адмирал Перрэ с 3 фрегатами 15 апреля оставил порт и прибыл в Яффу с осадными орудиями, скрытно выгрузил их на берег недалеко от крейсирующей английской эскадры и в течение месяца действовал на коммуникациях, захватывая суда с войсками и грузами и тем препятствуя доставке подкреплений в Акру. Сидней Смит, занятый вопросами обороны на суше, так и не смог помешать французским фрегатам. Тем не менее упорная оборона Акры, прибытие родосской армии, а более сведения о событиях во Франции, достигшие Бонапарта, побудили генерала 20 мая снять осаду крепости.
Энергичный Сидней Смит реагировал на любую деятельность французов. Этим воспользовались французские солдаты, которым платили за найденные ядра. Они специально демонстрировали сооружение укреплений или другие активные действия, вызывая пальбу с английских кораблей, а потом собирали и сдавали в артиллерийский парк ядра по 5 су за штуку.
Отступление французских войск от Акры привело Сиднея Смита к мысли, что Александрию легко взять. Он убедил турецкого вице?адмирала и сераскира, что 25 тысяч войск, которыми они располагали, достаточно для этой операции, ибо полагал, что французские войска при штурме и в обратном переходе через пустыню понесли большие потери. Кроме высадки десанта по суше стягивались конные отряды, но они были разбиты еще на подступах к цели.
12 июля 1799 года 13 линейных кораблей, 9 фрегатов, 30 канонерских лодок, 90 транспортов англо?турецкого флота с турецкими войсками прибыли на Абукирский рейд. 14 июля визирь Мустафа?паша высадил десант и 17 июля овладел фортом Абукир, орудия которого господствовали над рейдом. Однако Бонапарт, узнавший о появлении эскадры у Абукира, выдвинул войска. Они перекрыли выход с перешейка, соединявшего полуостров и материк. Французы изгнали турецкие канонерки, вошедшие в озеро Мадия.
В этой операции Сидней Смит выступал как советник визиря Мустафа?паши, хотя и не разбирался в сухопутных действиях. В Абукирском сражении 25 июля турецкие войска были разбиты и понесли большие потери. Сам Сидней Смит чуть не был взят в плен и едва успел бежать на шлюпке. Визирь Мустафа попал в плен. 2 августа капитулировали после упорного сопротивления защитники форта Абукир.
Порта обвинила в гибельном предприятии Сиднея Смита. Наполеон объяснил эту бессмысленную попытку незнанием военного дела коммодором, который пытался овладеть Египтом с помощью войск, уступавших по подготовке и оснащению французским. Он считал, что не менее бессмысленной и гибельной явилась через месяц попытка Сиднея Смита высадить у Дамиетты дивизию янычар, но отмечал дипломатическое умение коммодора, который вел впоследствии успешные переговоры с Клебером в Эль?Арише.
24 января 1800 года после франко?турецких переговоров в Эль?Арише было решено, что французская армия покидает Египет на своих и турецких судах. Сидней Смит участвовал в них и поддерживал французов. Однако Томара предупреждал Ушакова, что, возможно, этот договор — ловушка с целью уничтожения французских войск при возвращении турецкими силами. С другой стороны, и англичане подозревали французов в возможном обмане. 14 мая 1800 года в рапорте Павлу I Ушаков сообщил, что перестрелки французов с турками в Египте привели к деморализации и бегству турецкой армии и договор считался разорванным. Из Лондона прибыло сообщение, что никто не уполномочивал Сиднея Смита вести переговоры, однако британское правительство согласно выпустить французскую армию из Египта и снабдить перевозящие ее суда паспортами, заменяющими конвой.
В 1801 году Сидней Смит участвовал в высадке английской армии Аберкромби в Египте, начатой в марте и приведшей к капитуляции Александрии 2 сентября.
Очевидно, эту разнообразную, но направленную на пользу Британской империи деятельность высоко оценили в Лондоне. В 1830 году Сидней Смит был назначен главнокомандующим английскими морскими силами.
Скончался он в 1840 году, окруженный уважением.