Следственному комитету И. И. Пущин не давал пространных ответов, держался независимо и с достоинством, позволял себе "дерзкие замечания", холодно предлагал чиновникам "быть скромнее" в своем любопытстве, никого из товарищей не выдал. Верховный уголовный суд обвинил И. И. Пущина в том, что он "участвовал в умысле на цареубийство одобрением выбора лица, к тому предназначенного; участвовал в управлении Общества, принимал членов и давал поручения, лично действовал в мятеже и возбуждал нижних чинов".
Осужденного по первому разряду, его приговорили к смертной казни через отсечение головы, которую потом заменили ссылкой в каторжные работы сроком на 20 лет. Но прежде чем отправить в Сибирь, его заключили в Шлиссельбург.
30 июля 1826 года, с трудом выйдя из повозки, И. И. Пущин и А. Пестов увидели пустынный берег, массивные стены и толстые башни крепости. И. И. Пущина поместили в одну из камер Секретного дома, где он очень сдружился с оказавшимся по соседству Н. А. Бестужевым. Содержание арестованных в Шлиссельбурге было почти таким же строгим, как и в Алексеевской равелине: на прогулки их не выводили, общаться между собой не разрешали, и все же им удавалось даже "разговаривать". Отцу И. И. Пущин сообщал: "Мы дошли до такого совершенства, что могли говорить через стену знаками… для наших бесед и не нужно было лучшего языка".
В Шлиссельбурге И. И. Пущин пробыл до конца 1827 года, но родственники сумели договориться с комендантом крепости, и тот иногда передавал узнику письма, посылки, книги.
Иосиф Викторович Поджио на следствии показал, что вступил в тайное общество по предложению В. Л. Давыдова, так как был страстно влюблен в его племянницу Марию Андреевну Бороздину. Из опасения, что лишится расположения дяди и возможности видеться с ней в его доме, Поджио и вступил в общество, так как в доме сенатора А. Бороздина он бывал очень редко — всего 1–2 раза в год. У И. В. Поджио было много соперников, но он был хорош собой, восторжествовал над всеми и в 1825 году женился на Марии Андреевне против воли ее отца.
После подавления восстания его обвинили в "принадлежности к тайному обществу с знанием цели и знанием о приготовлении к мятежу, а также в умысле на цареубийство согласием и даже вызовом". Он был отнесен к четвертому разряду преступников и приговорен по лишении чинов и дворянства к ссылке в каторгу на 12 лет, а потом на поселение. В августе 1826 года срок каторги был сокращен ему до 8 лет.
Влиятельный сенатор А. Бороздин всячески стремился к тому, чтобы дочь его порвала все связи с мужем, но, как он ни старался, Мария Андреевна постоянно рвалась к мужу и очень сильно тосковала, не имея о нем никаких сведений. Когда некоторым женам декабристов разрешили отправиться за мужьями в ссылку, она тоже стала собираться в далекий путь, надеясь разыскать мужа в Сибири. И тогда влиятельный сенатор все свои связи употребил на то, чтобы разлучить дочь с мужем. Он добился аудиенции у Николая I, и император приказал вместо Сибири отправить И. В. Поджио в Шлиссельбург, но его матери и жене об этом не сообщать.
В октябре 1827 года И. В. Поджио доставили в крепость, где уже содержались А. Юшневский, В. Дивов, В. Кюхельбекер и другие. Тюремная азбука позволяла им перестукиваться, но потом стук прекратился, и И. В. Поджио остался один, не зная даже, что некоторое время в Шлиссельбурге находился и его брат Александр. Комендант крепости доносил в III Отделение, что узник "неотступно просит позволения писать к матери и к жене своей единственно о своем здоровье, воспитании детей своих и некоторых домашних распоряжениях, не объявляя отнюдь о месте пребывания своего". Ему отвечали, что хотя государственным преступникам, осужденным в каторжные работы, и дозволено получать письма, самим им писать запрещено. Лишь в январе 1829 году И. В. Поджио разрешили изредка писать жене и матери, но только о своем здоровье и домашних делах.
А Мария Андреевна еще в марте 1828 года обращалась к всесильному А. Х. Бенкендорфу с письменной просьбой открыть ей место пребывания мужа, так как она хочет отправиться к нему. В апреле ей было объявлено, что "еще не имеется положительного сведения о месте его пребывания". В августе того же года через III Отделение она обратилась уже к самому государю с прошением сообщить, где находится ее муж, чтобы она могла "соединясь с ним, исполнить до конца своей жизни… данную перед Богом клятву не оставлять его в несчастии и быть истинною матерью пятерых его сирот и нежнейшей дочерью престарелой его матери". Высочайшего ответа на прошение не последовало, и за все это время несчастной молодой женщине удалось только узнать, что в Сибири ее мужа нет. А где он, жив или умер — никто ей не мог сказать…