Летом и осенью 1939 года он продолжал жить в Хотимерже, но в июле 1940 года Ю. Фучик покинул свое тихое убежище и уехал в Прагу, где у него было много друзей, которые скрывали его от гестаповских ищеек. Он мало выходил на дому, отрастил бороду, чтобы никто не мог узнать его даже при случайной встрече. Так с первых дней подполья коренным образом изменилась жизнь Ю. Фучика: он, так любивший свободу и чувствовавший себя счастливым только среди людей, вынужден был замкнуться в четырех стенах и общаться только с несколькими верными друзьями.
В 1940 году антифашистское движение в Чехословакии приняло широкий размах: росло число случаев саботажа, чехи подрывали мосты, железнодорожные пути и поезда, все чаще вспыхивали забастовки рабочих, которые отказывались трудиться на оккупантов, и крестьян, бойкотировавших поставки своей продукции. Для руководства подпольной борьбой внутри страны был создан новый ЦК, с которым Ю. Фучик связался в декабре 1940 года. Он возглавил агитационную и издательскую работу партии.
Связавшись с людьми разных профессий — рабочими, учителями, служащими, железнодорожниками, художниками и т. д., Ю. Фучик собрал вокруг себя множество сотрудников. Он имел собственных корреспондентов не только в Праге, но и в Берлине, Турции, Швеции, Румынии, Швейцарии, получал из этих мест военную и политическую информацию. Фучик выпускал нелегальные газеты и журналы, среди народа распространялось много листовок. Пражское гестапо доносило своему берлинскому начальству: "Подрывные элементы так обнаглели, что раздают листовки прямо на центральных улицах".
Оккупационные власти, напуганные ростом народного сопротивления, решили потопить его в крови. В Прагу прибыл шеф германской политической полиции Р. Гейдрих, которому казалось, что марионеточное правительство Чехословакии недостаточно усердно помогает немцам. Он обвинил его в измене и ввел в городе осадное положение. За короткий срок были арестованы и казнены тысячи чешских коммунистов и антифашистов, видные общественные и военные деятели бывшей республики. В стране свирепствовали карательные отряды, военные суды тысячами подписывали смертные приговоры…
Ю. Фучик мечтал возобновить издание своего любимого журнала "Творба", который он с небольшими перерывами редактировал почти 10 лет. Первый номер журнала был уже готов к печати, но увидеть его Ю. Фучику не пришлось. Его выдал один из соратников — отважный и боевой товарищ, опаленный огнем войны, прошедший суровую школу подполья и два года протомившийся в концлагере. В какой-то момент он сломался, смалодушничал и, чтобы избежать пыток и спасти свою жизнь, выдал боевых товарищей и ближайших друзей.
Ю. Фучика повезли в тюрьму Панкрац и по дороге сильно избили. На первом допросе он отказался отвечать на вопросы, и его опять избили — до потери сознания. Так прошел его первый день в заключении, так прошли и остальные полтора года, что он провел в тюрьме Панкрац. Полтора года чудовищных пыток, издевательств и избиений, когда удары сыплются со всех сторон. Все время он ждал смерти, не имея ни малейшей надежды на освобождение. Однажды его избили так, что все были уверены, что он умрет. Врач уже выписал заключение о смерти, но Ю. Фучик выжил, хотя его жена Густа, заключенная этажом ниже, уже оплакивала мужа. Тюремный фельдшер, вынужденный порвать заключение о смерти, только качал головой. Ведь в тюрьме Панкрац обычно отправлялись на тот свет, а не воскресали из мертвых. И этим Ю. Фучик снова привлек к себе внимание тюремного начальства: надзиратели приходили посмотреть на него, невольно испытывая к этому необычному узнику уважение. Несколько раз они видели, как его на носилках несли к машине с вооруженным конвоем, ждавшей на дворе. Ю. Фучик был очень слаб, и каждый толчок машины вызывал у него обморок, но он никогда не падал духом и не чувствовал себя побежденным. Об этом свидетельствует хотя бы такой эпизод, рассказанный им в "Репортаже с петлей на шее":
Меня несут… по длинному коридору к выходу. Коридор полон народу. Сегодня четверг, и к заключенным за бельем приходят родственники. Все смотрят на нашу невеселую процессию, в глазах у людей — жалость и сострадание. Это мне не нравится.
Я поднимаю к голове руку и сжимаю ее в кулак. Может быть, люди в коридоре увидят и поймут, что я их приветствую. Это, разумеется, наивная попытка, но на большее я уже не способен, не хватает сил.