Свой проект он зачитал в кафедральном соборе Флоренции. Раздраженный папа Александр VI отлучил Савонаролу от церкви. Однако тот объявил это отлучение ничтожным, так как оно противно соборным постановлениям, и сразу же издал в свою защиту книгу «Триумф веры». Он послал королям Испании и Англии письма, в которых умолял их в интересах церкви созвать вселенский собор для низложения верховного понтифика, недостойного занимать святой престол. Для переговоров с французским королем Карлом VIII, приближавшимся к Пизе, Савонарола отправился сам. Король прекрасно знал, каким влиянием пользуется монах не только в самой Флоренции, но и за ее пределами, и потому встретил делегацию с почетом. При встрече с монархом Савонарола вдохновенно говорил и о том, что короли — орудие в руках Господа.
Он послал тебя, чтобы освободить Италию от страданий и чтобы поднять церковь, поверженную в прах. Но если ты забудешь милосердие и справедливость, если не будешь уважать свободу, жизнь и честь населения, то гнев Божий испепелит тебя…
Никто другой не осмелился бы так говорить с королем, которого признала уже вся Северная Италия. Но Карл VIII выслушал Савонаролу с глубоким почтением и торжественно обещал принести на землю Италии милость и справедливость.
По проекту Савонаролы во Флоренции был учрежден «Великий Совет», в состав которого вошли все правоспособные граждане, достигшие 29 лет и предки которых когда-либо занимали почетные выборные должности. В «Великий Совет» вошли 3200 человек: они разделились на три группы, каждая из которых по очереди заседала шесть месяцев. Кроме того, в состав «Великого Совета» вошли еще 60 человек, лично правоспособных, но не имевших заслуженных предков, и 24 юноши, достигшие 24-летнего возраста. Затем был создан «Совет восьмидесяти», члены которого избирались среди наиболее почетных граждан не моложе 40 лет. Этот совет играл роль верховной палаты, просматривал и окончательно утверждал законы, выработанные «Великим Советом». Даже по этой краткой схеме видно, что во Флоренции вводилось конституционное самоуправление.
Еще до первых выборов в оба совета Савонарола убедил старейшин, в руках которых оставалась власть, объявить полную амнистию всем заключенным, кроме совершивших тяжкие преступления. Из мрачных казематов были выпущены сотни людей, заточенных туда по проискам врагов, и это еще больше подняло авторитет Савонаролы. Но одновременно усилилась и злоба его врагов, которые в новом порядке правления не видели для себя ничего хорошего.
Особенно разозлились монахи различных орденов, и больше всего францисканцы. Раньше они видели в настоятеле монастыря Святого Марка только неприятного конкурента, обличавшего в своих проповедях и личным примером их тунеядство. Теперь же они лишались многих льгот, захваченных без всякого на то права. К монахам присоединились и некоторые представители духовенства, за которыми пошли и приверженцы Медичи.
Савонарола хотел превратить Флоренцию в «Божью республику» и потому главным своим долгом считал нравственное очищение людей. Одну из причин существующего разврата он видел в книгах и картинах, отличавшихся античной пластичностью. В своих проповедях он требовал сжечь их, и на площадях города воздвигались пирамиды из произведений Д. Боккаччо, Петрарки и других великих писателей; летели в костер бюсты, статуи и картины известнейших художников. Но происходило это не потому, что праведный монах ненавидел искусство, просто он считал святотатством изображать Богородицу с обнаженной грудью и приказывал сжигать именно такие картины, объявив их сатанинским соблазном и пагубной роскошью. В суровости своей Савонарола не умел примирить жизнь с религией, искусство с политикой; не умел понять, что во многих христианских обрядах присутствуют черты древних верований. Он хотел повторить дело папы Григория VII, но Европа была уже другой, и попытка неукротимого монаха оказалась несовременной.
Из жизни Флоренции почти полностью исчезли светские праздники, шумные карнавалы уступили место религиозным шествиям, на улицах города дежурили «стражи нравов» — отряды подростков и юношей, которые останавливали прохожих, одетых, с их точки зрения, нескромно, женщин легкого поведения, праздных гуляк и советовали им чаще молиться и во всем брать пример с преподобного фра Савонаролы. А между тем дела во Флоренции шли плохо. Многие богачи, купцы и хозяева мастерских бежали из города; крестьяне плодородной Тосканы стали реже привозить на городские рынки свою продукцию, ведь товар у них взять могут, а денег не заплатят… Из Флоренции уезжали знаменитые художники, не находя больше в городе прежней щедрой поддержки. А. Микеланджело и Леонардо да Винчи переселились в Рим, где встретили самый радушный прием. Суровой, мрачной, насупившейся стала Флоренция. Жизнь без игр, праздников и забав горожанам скоро надоела, и про Савонаролу стали распространяться слухи один хуже другого. Говорили, например, что ретивый монах на самом деле является слугой сатаны и все его проповеди — от лукавого. Врагов Савонаролы подстрекали римский папа, миланский герцог и семейство Медичи, и вскоре, как только монах появлялся на улицах, его стали открыто осыпать насмешками и бранью. Правда, за ним еще стояли тысячи сторонников, но в большинстве своем это были люди обездоленные.