После выхода в свет книги «Об ошибках Троицы» Сервет вынужден был покинуть Испанию. В 1532 году под именем Михаила Вилланова он появился в парижском колледже Кальви. Но, изменив имя, Сервет не изменил своим убеждениям. В Париже он сосредоточил свои интересы на изучении естественных наук, математики и медицины; не пропускал ни одной лекции знаменитых профессоров, изучал труды древних мыслителей и современных ему естествоиспытателей, участвовал в ученых диспутах. Но нужда не давала ему возможности всерьез заняться наукой, и тогда он решил найти работу, чтобы сносно существовать и заняться любимым делом.
Работа нашлась в Лионе, где Сервета приняли корректором в типографию, издававшую самые различные научные труды. Читая корректуры этих изданий, он познакомился с произведениями древних и современных ему авторов; случалось, что ему поручали составить комментарии к научным изданиям, и тогда он получал возможность высказать собственные мысли и блеснуть своими знаниями. Так, например, к изданию трудов Птолемея он составил примечания, которые поразили читателей глубиной и последовательностью научного анализа.
Через год после первого трактата Сервет издал сочинение «Два диалога о природе и четыре главы о справедливости царства Христова», которое отличается от его предыдущей книги. Не отходя от своих принципиальных позиций, ученый делает значительный шаг в сторону пантеизма: в этом труде образ христианского Бога-Отца у него постепенно расплывается, превращается в нечто бесконечное, неведомое и непознаваемое. Произнося при сотворении мира слова «Да будет!», Бог произвел как бы дуновение, и только с этим дуновением явился Дух Божий, но не прежде. Слово (или Сын) — есть образ, в котором мы постигаем Бога: первый раз слово явилось в творении, второй раз воплотилось в Иисусе Христе.
Сервет даже не предполагал, какой переполох вызовут его сочинения в среде духовенства. Подумать только! Дерзкий юнец осмелился замахнуться на догмат о Святой Троице и поднял свой голос против троичности Бога! Трактат возмутил и католиков, и протестантов, и кальвинистов, и они потребовали, чтобы нечестивца подвергли самому суровому наказанию. Книги Сервета были преданы огню, вольнодумца шельмовали на диспутах, а потом и вовсе отлучили от церкви.
В Лионе Сервет серьезно увлекся медициной, и интерес к этой науке зашел у него так далеко, что он снова решил перебраться в Париж с его богатейшими библиотеками. Теперь он мог себе это позволить, так как скопил достаточно денег, чтобы некоторое время заниматься тем, чем желал, и не думать каждый день о куске хлеба.
Свои занятия Сервет начал в ломбардской коллегии университета, усиленно занимался анатомией, встречался с А. Везалием — известным ученым эпохи Возрождения, и за короткое время достиг таких успехов, что знаменитый в то время профессор Винтер предложил ему стать его ассистентом. Через несколько лет учебы в университете М. Вилланову были присуждены сразу две степени — доктора медицины и магистра искусств. Старейшие профессора поздравляли своего нового коллегу, а он думал лишь о том, что наконец-то обретет независимость и будет читать лекции, заниматься собственными исследованиями и писать.
Однако в действительности перспективы оказались не такими радужными. Сервет стал читать лекции по географии, математике и астрономии, но стоило ему отойти от установленных традиций и высказать собственные представления по тому или иному вопросу, как это вызвало резкое недовольство университетского начальства. Сервету предложили оставить подобные вольности и излагать учение, одобренное церковью. От магистра и доктора ждали смирения, а он выпустил язвительный памфлет, в котором обрушился на невежд в науке, назвав их «заразой мира». Парижский парламент потребовал изъять памфлет М. Виллановы, а от него самого — публично извиниться за свое дерзкое сочинение. Но Сервет не стал извиняться, и потому ему пришлось покинуть Париж.
Он поселился в небольшом городке Шалье, расположенном неподалеку от Лиона, а потом перебрался во Вьенн, где ему была предоставлена частная практика. В этом городе Сервет прожил 12 лет, и десять из них были отданы работе над сочинением «Восстановление христианства», в котором он развил идеи своего юношеского трактата «Об ошибках учения о Троице». Он категорически отрицал учение о Святой Троице, обличал протестантов, которые оправдывали веру, не связанную с добрыми делами; славил «милосердие, поднимающее человека до божества — вечное по своему характеру и способствующее достижению будущего века». Что же касается споров между католиками и протестантами, то они беспочвенны, так как заблуждаются и те, и другие. Надо говорить о такой религии, которая не совершала бы насилия над разумом, не сковывала бы творческие силы человека, давала бы ученым возможность свободно изучать природу[16] [В «Восстановлении христианства» Сервет впервые описал и малый круг кровообращения. Однако приоритет этого открытия неоднократно оспаривался различными исследователями, которые считали автором его совсем других людей].