Со временем пытливый студент стал задавать на лекциях вопросы, которые свидетельствовали о его сомнении в правоте Галена. Например, он спрашивает о слепой кишке, которую Гален считает самостоятельным органом, напоминающим большой мешок и служащий как бы вторым желудком. „Но ведь мы видим, что это не так“, — заявлял А. Везалий, держа в руках отсеченную слепую кишку. Он может доказать, что Га-лен ошибался, причем не раз. Да он и не мог не ошибаться, ведь вполне вероятно, что, давая описание внутреннего строения человеческого организма, знаменитый врач большей частью основывался на своих наблюдениях над животными. А. Везалий был убежден, что основой медицины является анатомия: не зная внутреннего строения человеческого организма, невозможно бороться с болезнями. И чтобы заниматься анатомированием, он использует любую возможность: если у него были деньги, договаривался с кладбищенским сторожем, и тогда в его руки попадал труп, годный для вскрытия.
Три года провел Везалий в Парижском университете, а потом из-за сложившихся обстоятельств отправился в Лувен, где тоже был достаточно известный университет. Но здесь он снял с виселицы труп казненного преступника для вскрытия, и духовенство потребовало наказать его за подобное кощунство. Везалий понял, что спорить бесполезно, и, покинув Лувен, отправился в Падую, откуда еще несколько лет назад получил официальное приглашение преподавать в университете. На медицинском факультете Падуанского университета было много молодых преподавателей, и Везалий полагал, что молодежь скорее поймет его… Получив степень доктора медицины, он стал с вдохновением читать лекции, которые всегда привлекали много студентов, и продолжал свои собственные исследования. И чем глубже молодой доктор медицины изучал внутреннее строение организма, тем больше он укреплялся в мысли, что в учении Галена немало серьезных ошибок. Да, Гален был великим врачом, но с той поры прошло много времени. Познание человеком мира ушло далеко вперед, и естественно, что целый ряд положений, соответствующих уровню знаний прежних эпох, нуждается в пересмотре.
И для Везалия начались годы напряженной работы над многотомным трудом, в котором он хотел отразить современный ему уровень медицинских знаний и внести поправки в представление о строении человеческого тела. Такое сочинение невозможно создать за письменным столом, ведь опровергнуть некоторые прежние заблуждения можно лишь с помощью фактов, а их может дать только опыт. Четыре долгих года работал Везалий над своим трудом, и в 1543 году в Базеле увидело свет его 7-томное сочинение „О строении человеческого тела“. Я. Сильвий резко выступил против своего бывшего ученика, а вскоре появился написанный им памфлет „Опровержение клевет некоего безумца на анатомию Гиппократа и Галена…“, в котором опровергались все доводы, выдвинутые Везалием. Содержались в нем и призывы самым строгим образом наказать того, кто неуважительно отнесся к великому Галену и посмел усомниться в его учении.
А. Везалий предвидел, как обернутся события после опубликования им своего труда, ведь еще раньше он писал:
Мой труд вызовет нападки со стороны тех, кто не брался за анатомию столь ревностно, как это имело место в итальянских школах, и кто уже в преклонном возрасте изнывает от зависти к правильным разоблачениям юноши.
Сочинение Везалия и памфлет Я. Сильвия вызвали целую бурю в научном мире. На головы молодых ученых, которые не желали мириться с застоем в науке, полились потоки брани. Я. Сильвий требовал расправы над ними и даже обращался к императору с призывом примерно наказать Везалия. На сторону старого профессора встало большинство именитых медиков, а вскоре сочинением Везалия заинтересовалась и церковь. Внося поправки в положения Галена, ученый вольно или невольно задевал и церковное учение, а это уже ересь. Ведь если Бог создал Еву из ребра Адама, значит, у мужчины должно быть на одно ребро меньше, чем у женщин. Везалий же, вскрыв множество трупов, увидел, что это не так… Не посчитался он и с утверждением о том, что в человеческом скелете есть неуничтожимая косточка, которая не горит в огне и т. д. В ней заложена та таинственная сила, с помощью которой человек воскреснет в день Страшного суда, чтобы предстать перед Господом. И хотя эту косточку никто не видел, ее описывали в научных трудах и в существовании ее не сомневались. А Везалий прямо заявил, что при исследовании человеческого скелета он такой косточки не обнаружил. Многие другие утверждения сочинения „О строении человеческого тела“ тоже были признаны еретическими. С каждым днем обстановка вокруг ученого накалялась. Профессора, еще так недавно относившиеся к своему молодому коллеге с почтением, стали сторониться его, даже не отвечали на поклон. Поредели ряды слушателей на лекциях Везалия, многие студенты благоразумно перешли к другим преподавателям, по городу стали распространяться самые нелепые слухи и анонимки. Везалий пытался бороться, но в одиночку ему приходилось трудно, противники же сделали все, чтобы жизнь ученого стала невыносимой. К тому же его делом всерьез занялась церковь, и Везалий понял, что надеяться ему не на что: в атмосфере травли и злобной клеветы над ним могут в любую минуту учинить расправу. Ему горько было расставаться с Падуей и университетом, не хотелось прерывать свои исследования, но другого выхода не было.