Народ горячо поддержал идеи Бабефа. Один из жителей Руа в апреле 1790 года назвал Бабефа самым непримиримым врагом откупщиков и их приспешников. Прямо противоположными были отзывы противников Бабефа. В постановлении директории департамента Соммы говорилось: «Бабеф является главным зачинщиком неповиновения законам и упорного сопротивления, которое жители Руа, Перонна и окружающих деревень оказывают временному восстановлению налогов». «Бабеф — вождь мятежников, зачинщик всех беспорядков и восстаний, происходивших в Руа по различным поводам», — жаловался на него мэр Руа.
Ночью 19 мая 1790 года Бабефа арестовали и препроводили в тюрьму Консьержери. Продержали его там около пятидесяти дней и освободили с оговоркой сохранения в силе приказа о взятии его под стражу. Выйти из заключения Бабефу помог Жан Поль Марат, ставший его «официальным защитником, братом и другом». 14 ноября 1790 года Бабефа избрали в генеральный совет коммуны города Руа, но через полтора месяца изгнали оттуда под предлогом, что выборы лица, против которого возбуждено судебное преследование, не могут считаться действительными. В это время Бабефу удалось осуществить свою заветную мечту — он стал редактором газеты «Пикардийский корреспондент». На ее страницах Бабеф высказывал свои взгляды по поводу действий Генеральных штатов, описывал жизнь провинции. По мере того как число подписчиков газеты увеличивалось, улучшалось и материальное положение Бабефа. Но скоро редактору пришлось столкнуться с первыми трудностями. Смелые разоблачения деятелей старого режима восстановили против него много богатых граждан провинции.
Сделали свое черное дело и доносы, клевета. Враги решили сфабриковать против Бабефа дело, обвинив его в контрреволюции. Основанием для этого послужило то, что во время революции появлялись новые названия местностей, а Бабеф, дескать, не хотел признавать новых названий и этим якобы доказывал свою приверженность старому режиму. На все эти вымышленные обвинения Бабефу пришлось отвечать. Но и в такой обстановке редактор не переставал критиковать действия нового правительства. Кары за смелые публикации долго ждать не пришлось — Бабефа снова бросили в тюрьму. Однако ходатайства друзей вновь позволили ему выйти на свободу. В сентябре 1792 года Бабефа назначили администратором департамента Соммы, и он переехал в Амьен. Это было опасное для дела революции время. Юг волновался. Европа с помощью оружия собиралась восстановить в Париже королевскую власть. Многие из подозреваемых гибли на эшафотах. Правители были заняты поиском заговорщиков, шпионов.
Не избежал влияния всеобщей подозрительности и Бабеф. С первых же дней своего вступления в должность он раскрыл крупный заговор, имевший будто бы своей целью впустить союзные войска в Перон.
Тем временем в Париже разгорелась борьба между жирондистами и якобинцами: решалась участь короля. Бабеф поддерживал якобинцев, выступавших за казнь монарха. Он организовал публичное сожжение королевских портретов и гербов. Поведения Бабефа не одобрили даже его сослуживцы. Один из многочисленных врагов обвинил его в подлоге при продаже национальных имуществ. Бабеф отправился в Амьен, чтобы объясниться, но там его схватили и посадили в тюрьму. Вскоре ему удалось обмануть бдительность стражи и бежать из тюрьмы в Париж. Так что процесс происходил без обвиняемого. 23 августа 1793 года Бабефа заочно осудили на двадцатилетнее тюремное заключение в кандалах.
В Париже Бабеф начал хлопотать о том, чтобы оправдаться от обвинения в подлоге и получить должность. С помощью писателя Сильвена Марешаля Бабеф получил сначала место в продовольственной администрации Парижа, потом в продовольственной комиссии Конвента. Сверх того он снова взялся за перо — писал брошюры, «летучие листки», в которых задевал многих влиятельных лиц.
Наказание не заставило себя долго ждать — Бабеф опять оказался в руках полиции. Содержали его в парижской тюрьме. Оттуда он писал массу прошений, жалоб, оправдательных писем. В конце концов эти хлопоты увенчались успехом. Конвент отправил дело Бабефа в кассационный суд, который, в свою очередь, передал дело для разбирательства в суд города Лана. Там было установлено, что обвинение Бабефа не имело под собой никаких оснований.
18 июня 1794 года после годичного тюремного заключения Бабеф вышел на свободу.
Ему удалось снова получить то место, которое он занимал до своего ареста. Однако вскоре, оставив службу, Бабеф занялся исключительно литературным трудом. Он начал издавать в Париже «Газету свободы печати».