Сложен был путь «папского сына» к этой цели. Без колебаний готов он перешагнуть на этой дороге через трупы самых близких к нему по крови людей. Его старший брат, Хуан, герцог Гандийский, любимец отца, получил львиную долю владений и денег от Александра за счет римской казны, подношений от иностранных государей. В душный летний вечер 14 июня 1496 года Чезаре и Хуан участвовали в шумной дружеской пирушке. По дороге домой братья расстались. Хуан, попрощавшись с Чезаре и остальными участниками компании, уехал в сопровождении слуги. Это было последнее мгновение, когда Хуана видели живым. На следующий день возникла тревога по поводу исчезновения герцога Гандийског. о А еще через сутки труп Хуана был выловлен из Тибра. На теле нашли девять ран. Александр, тяжело переживавший смерть любимого сына, приказал произвести тщательное расследование — подозревались несколько римских аристократов, принадлежавших к семьям, которые традиционно были враждебны святому престолу, особенно роду Орсини, против которых герцог Гандиа незадолго до этого довольно неудачно воевал, возглавляя папские войска. Но неожиданно папа распорядился прекратить дальнейшее следствие — не потому ли, что он узнал имя убийцы? А приказ этот он мог отдать, лишь убедившись в том, что убийцей был Чезаре. Как бы то ни было, титул главнокомандующего папскими войсками, который принадлежал Хуану, перешел к Чезаре. А командование войсками папы — ступень к достижению планов Чезаре.
Головокружительная духовная карьера, однако, не удовлетворила честолюбивого Чезаре, которому хотелось больше владеть шпагой, чем ходить с кадильницей. 17 августа папа собирает консисторию. Кардинал Валенсийский сообщает своим собратьям, что у него никогда не было духовного призвания, а выбрать духовную карьеру его принудил отец. Но теперь он хочет освободиться от своего сана и жениться, потому что именно в этом видит свое истинное предназначение. Чезаре получает младший церковный чин, поэтому легко может вернуться к мирской жизни.
В тот же самый день он встречает важного сеньора, который с пышностью въезжает в Рим через Порта Портезе — королевского камергера Луи де Вильнева, барона де Транс. Он приехал от имени своего повелителя, короля Людовика XII, пригласить Чезаре во Францию. В качестве подарка дипломат передает бывшему кардиналу Валенсийскому в Испании два графства во Франции и владение Иссуденом. Все это позволит Чезаре вознаградить себя за потерю церковных доходов.
Нуждаясь в деньгах и людях для достижения своих грандиозных целей, Чезаре пустил в ход папскую дипломатию. В это время Людовик XII нуждался в разводе с хромоногой Жанной Французской, чтобы вступить в брак с Анной Бретонской. Чезаре доставил французскому королю разводную фамоту. В благодарность за это Людовик подарил Чезаре герцогство Валентинуа и ежегодную пенсию в 20 000 ливров, а в 1499 году устроил его брак с Шарлоттой д'Альбре, сестрой короля Наварры. Вернувшись в Италию с небольшой армией в 2000 всадников и 6000 пехотинцев, завербованных во Франции, Борджиа вскоре овладел всей Романьей, затем ему покорились мелкие княжества средней Италии — Имела, Форли, Чезене, Цезаро, Римини и др, составившие владения герцога Валентинуа. Жестокий в отношении представителей отдельных родов, Чезаре Борджиа раздавал вольности горожанам, которые приветствовали его.
Завоевательная политика требовала денег, и Александр VI не жалел усилий, чтобы добыть их для Чезаре. Недаром в это время Савонарола восклицал: «В Риме все можно купить за деньги, если заплатишь — зазвонят церковные колокола». Писатель Пасквино издевался: «Александр продал ключи от храма и алтарь Христа. Что ж, он купил их — значит имеет право продать».
Когда торговля не приносила достаточного дохода, в ход пускался «яд Борджиа» — один за другим при крайне подозрительных обстоятельствах умирали кардиналы, причем самые богатые из князей церкви, и их имущество на законном основании переходило к Александру…
Среди многих тайных убийств, совершенных по приказу Чезаре, большинство имело политические причины. Большинство, но не все, и эти как будто немотивированные убийства связаны с именем родной сестры Чезаре — Лукреции Борджиа. Скандальная хроника папского двора обвиняла не только Чезаре, но и самого Александра VI в кровосмесительной связи с Лукрецией. Поэт Понтано писал, что она приходилась папе Александру VI «дочерью, женой и невесткой».