В противоположность Карлу V он управлял всей своей державой, по сути, из одной постоянной резиденции; за время своего правления он только два года провел в Португалии, после того как в 1580 году ему удалось вступить на португальский трон. В отличие от отца он также не участвовал в военных походах, предоставив это своим генералам. В 1561 году Филипп избрал своей резиденцией Мадрид, вблизи которого по его распоряжению в период с 1563 по 1586 годы был возведен Эскориал — символический центр его владычества, сочетавший в себе королевскую резиденцию, монастырь и династическую усыпальницу. С этого момента Мадрид стал превращаться в испанскую столицу.
Стиль правления Филиппа был авторитарным и бюрократическим. Следуя советам отца, он следил за тем, чтобы не попасть в зависимость к отдельным советникам. Только немногих представителей высшей испанской аристократии, например герцога Альбу, привлекал Филипп в центральные органы управления для решения внешнеполитических и военных вопросов. На грандов же он возлагал обязанности вице-королей и послов при европейских дворах, удаляя их, впрочем, от центров власти. Главными помощниками Филиппа в Испании были в основном ученые правоведы, часто духовного звания, получившие образование в ведущих университетах и коллежах Кастилии, в первуюочередь в Саламанке и Алькала де Энарес. При выборах в Советы и в особенности при назначении ответственных чиновников король принимал решение после тщательных консультаций и всегда лично.
Принцип работы Филиппа при общении с совещательными органами, секретарями и прочими ответственными чиновниками, работавшими на него, — «разделяй и властвуй». Король относился к своим чиновникам подозрительно и был заинтересован в поддержании напряженности между ними. Ежедневно Филипп просматривал кипы документов; его заметки на полях и поныне служат тому убедительным доказательством. Он требовал, чтобы его постоянно держали в курсе всех событий во всех частях державы.
Все важные решения он желал выносить лично и только после тщательной обработки всей поступившей информации. Король был в высшей степени суверенным центром вынесения решений.
Если кто-либо из его окружения пренебрегал своими административными и служебными обязанностями, использовал свое положение для личного обогащения, препятствовал осуществлению высших политических, династических или религиозных целей короля, то Филипп без колебаний лишал его должности и удалял от двора, подчас показательно. Так, своего тогда единственного наследника, дона Карлоса, который был психически тяжело болен и попал под подозрение в сотрудничестве с нидерландскими повстанцами в 1568 году, Филипп в конце концов изгнал. Вскоре после этого дон Карлос скончался, что спасло Филиппа и Испанию от назревавшего глубокого внутри внешнеполитического кризиса.
Внимательно следил монарх и за развитием духовенства и церкви в Испании, призывая или принуждая их к реформам. Король обладал правом выдвигать кандидатов на епископство и тем самым мог оказывать существенное влияние на церковь, нередко конфликтуя на этой почве с папой. Филипп реформировал испанскую структуру епископств, разделив Кастилию на 5 архиепископств и 30 епископств, а Арагон соответственно — на 3 архиепископства и 15 епископств. В незатронутой Реформацией Испании, вызвавшейся распространить христианство в Новом Свете, а также укрепить католическую реформу и Контрреформацию в Европе, духовенство, поддерживаемое королем Филиппом, излучало мощные импульсы к созданию мировой католической церкви.
Испанские богословы в большинстве своем положительно восприняли Триентский собор 1564 года, ставший предвестником церковного обновления. Как следствие. Филипп претворил в жизнь его решения в своем королевстве, опираясь на испанский клир, объединявший в своих рядах приблизительно 90 000 представителей белого и черного духовенства. Мотивируя свою имперскую политику служением Богу и церкви, королю к тому же удалось использовать финансовые ресурсы испанской церкви, требуя от нее все более крупных пожертвований. Принцип «государственной церковности» не оставлял никаких сомнений в главенстве светской власти и государства над церковью в Испании, которое Филипп отстаивал, даже противодействуя интересам папы.
Империя Филиппа могла добиться впечатляющего превосходства, если надо было сконцентрировать ресурсы ее широких просторов против одного врага, но мощи Испании явно не хватало, если против Филиппа одновременно направляли свои силы несколько врагов, таких как Англия, Франция, восставшие Нидерланды, протестанты в Германии и турки. Поэтому для его внешнейполитики характерным было стремление как можно дальше развести потенциальных противников и зоны конфликтов. Отчасти это Филиппу II удавалось: в 1557 году он одержал важную военную победу над Францией, заключил в 1559 году Като-Камбресийский мир и на долгое время избавился от серьезного соперника, которого в последующие десятилетия к тому же лихорадили внутренние кризисы. Так Испания Филиппа смогла подняться до положения гегемона в Европе, которое утратила лишь в ходе Тридцатилетней войны. Мир 1559 года был скреплен третьим браком Филиппа — с Изабеллой Валуа Французской.