Продолжается Ливонская война. В начале 1563 года сам Иван с большим войском двинулся к литовской границе. Целью похода был Полоцк. Город сдался 15 февраля.
Иван провозгласил себя князем Полоцким. Всех евреев с семьями царь велел утопить в реке, а бернардинских монахов перебить. Латинские церкви были разорены. Царь возвратился в Москву столь же торжественно, как и из Казани.
В 1564 году учреждена опричнина для борьбы с предполагаемой изменой в среде знати. Опричное братство имеет черты средневекового рыцарского ордена с мрачным Уставом. Сам Иван Васильевич обычно носит мрачноватое монашеское одеяние, какое носят монахи одного из католических орденов. Своих подручных он называет братьями, а те его — братом. Приказания об убийствах и пытках отдаются игуменом в церкви.
Способы, какими Иван разделывался с неугодными боярами, говорят о его больном воображении. Своего старого конюшего Челядина Грозный обвинил в том, что тот хочет свергнуть его с престола и сам сделаться царем. Иван призвал конюшего к себе, приказал одеться в царское одеяние, посадил его на престол, сам стал кланяться ему в землю и говорить: «Здрав буди, Государь Всея Руси! Вот ты получил то, чего желал, я сам тебя сделал государем, но я имею власть и свергнуть тебя с престола». С этими словами он вонзил нож в сердце боярина и приказал бросить его тело на съедение псам. Затем убили и его престарелую жену.
Не остановившись на этом, Иван приказал казнить многих знатных лиц, обвиненных в соумышлении с конюшим.
Если выпадал мирный денек, то после многочасового стояния на молитве кутили и устраивали свальный грех, а то — на коней — и грабить, резать. Опричные жертвы еще никто не сосчитал. Счет им ведется на десятки, если не на сотни тысяч.
Обычно сжигали дотла села, наполовину опустошали и вырезали и города. Клин, Тверь, Псков, Новгород, Вышний Волочек, Торжок.
Были и специальные акции: по изведению со света двоюродного брата Иоанна князя Владимира Старицкого, по расправе с митрополитом Филиппом, с Колычевыми. В Иоанновом опричном войске состояли и иностранные наемники. Кое-кто оставил воспоминания. Вспоминают опричники Иоганн Таубе и Эларт Крузе, речь идет о разграблении Твери: «Вслед за тем <за убийством митрополита Филиппа> приказал он ограбить дотла тверского епископа, монахов и всех духовных. Граждане и купцы, ремесленники и другие стали надеяться, что грабежи не распространяться дальше.
Они были вполне уверены в этом в течение двух дней, когда он прекратил убийства и грабежи, но по прошествии этого срока приказал великий князь врываться в дома и рубить на куски всю домашнюю утварь, сосуды, бочки, дорогие товары, лен, сало, воск, шкуры, всю движимость, свести все это в кучу и сжечь, и ни одна дверь или окно не должны были остаться целыми; все двери и ворота были отмечены и изрублены. Если кто-либо из грабителей выезжал из дома и не делал этого, его наказывали как преступника. Кроме того, они вешали женщин, мужчин и детей, сжигали их на огне, мучили клещами и иными способами, чтобы узнать, где были их деньги и добро…»
Тем временем успех, сопутствовавший Ивану во внешних предприятиях, стал постепенно изменять ему. Татарский хан неожиданно появился за Окой со 120-тысячным войском. Иван бежал из Серпухова в Александровскую слободу, оттуда — в Ростов, бросив Москву на произвол судьбы. 24 мая татары подошли к столице и зажгли предместья. Сильный ветер быстро разнес огонь. В один день сгорел весь город, за исключением Кремля. Количество погибших в огне составило несколько сот тысяч. До 150 000 татары увели в плен. Летом крымский хан снова появился в русских пределах, но на этот раз был отбит.
В 70-е годы опричнина была упразднена. Опричники стали называться просто дворовыми. Исчезли ненавистные для всех символы опричнины и черные костюмы самих опричников. Наметилось ослабление террора.
В конце 1572 года Иван отправился в поход в Эстонию и осадил Витгенштейн. При штурме его погиб царский любимец Малюта Скуратов. Иван в отместку сжег на костре всех пленников-шведов и немцев, а Скуратова с большой пышностью похоронил в Волоцком монастыре.
В январе 1577 года русские с потерями отступили от Ревеля. Летом сам царь выступил в поход из Новгорода, но вместо того, чтобы идти к Ревелю, направил войско в Ливонию, где взял несколько городов. Причем в Вендене, оказавшем упорное сопротивление, русские по приказу царя изнасиловали всех женщин и девиц.