Важным направлением внешней политики Филиппа являлись отношения с австрийскими Габсбургами. Четвертый брак Филиппа в 1570 году с дочерью императора Максимилиана II, Анной Австрийской, прежде всего должен был гарантировать, что при наследовании владения в Испании и Империи останутся в руках Габсбургов, так как у Филиппа все еще не было наследников. Поэтому с 1564 по 1571 год король воспитывал при своем дворе двух сыновей Максимилиана II — Эрнста и будущего императора Рудольфа II. Однако за десять лет брака Анна родила пять детей; сначала одна за другой появились на свет четыре девочки и только потом — столь долгожданный для Филиппа наследник.
Выдающимся историческим событием стала победа Филиппа в союзе с папой и Венецией над турками в морской битве у Лепанто в 1571 году, которая, впрочем, не ликвидировала османскую угрозу. При поддержке императора Рудольфа II Филиппу удалось добиться важного успеха в Империи, когда его войска вмешались в спор об архиепископстве Кельнском и тем самым в 1583 году окончательно обеспечили закрепление на этом важном фланге Нидерландов католиков Виттельсбахов. Величайшим внешнеполитическим успехом Филиппа было вступление в 1580 году на португальский трон. Тесные, бесконфликтные отношения с Португалией лежали в основе имперской политики Карла V и Филиппа II. Этому служили оба брака с португальскими принцессами. После смерти в 1578 году короля Себастьяна Португальского семейные связи послужили законной основой для испанских притязаний на наследование престола в этой стране, в скором времени удовлетворенные Филиппом силой оружия. Теперь он стал королем всего Иберийского полуострова, но, что еще важнее, — обширных португальских владений, прежде всего в Африке, а также в Азии и Южной Америке. Таким образом 53-летний Филипп поднялся на вершину своего могущества.
Но внешнеполитические успехи Филиппа с середины шестидесятых годов стали блекнуть в результате бунта в Нидерландах.
Реформаторская политика Филиппа ограничивала местные свободы и в первую очередь дворянские привилегии, чем вызвала в шестидесятых годах волнения, провоцируемые поначалу дворянством. В начале семидесятых, когда испанский наместник герцог Альба попытался осуществить цели Филиппа с провокационно чрезмерной строгостью ввел 10-процентный налог с торговых сделок, алькабалу, чтобы финансировать расходы на военные операции в Нидерландах за счет самой страны, страну вновь всколыхнула волна недовольства.
В 1576 году, после того как взбунтовавшиеся испанские войска, не получившие из-за острого финансового кризиса в Испании жалованье, выразили свое недовольство, в частности разграблением Антверпена, восстание получи-ло поддержку нидерландских католиков. Несмотря на огромные финансовые и военные затраты, на драконовские меры герцога Альбы и военные успехи присланного в восьмидесятые годы наместником Алессандро Фарнезе, Филипп не смог долго сдерживать восстание в Нидерландах. В конце концов в 1581 году с помощью Франции и Англии северные провинции обрели независимость. Казалось, военному конфликту не будет конца.
Неудача Филиппа в Нидерландах тесно переплетается с провалами его английской политики и, не в последнюю очередь, с войной против Франции 1590 года. После смерти английской супруги, Марии Тюдор, Филипп тщетно пытался устроить свой брак с ее сводной сестрой, новой королевой Англии, Елизаветой. После 1559 года при Елизавете Англия окончательно стала протестантской. В 1570 году Папа Пий V отлучил английскую королеву от церкви. Поэтому Филипп чувствовал себя обязанным вернуть Англию к старой вере. После поражения в шестидесятые годы поддержанного им католического повстанческого движения в Англии и открытых столкновений между Испанией и Англией в последующие годы, за океаном и в Нидерландах, Филипп решился на вторжение на остров. Был отправлен испанский флот, Армада, которая, однако, в 1588 году была разбита у британского побережья.
Несмотря на поражение и связанные с подобными мероприятиями огромные расходы, спустя два года Филипп предпринимает военную интервенцию против Франции. Прежде всего он опасался, что после вымирания королевского дома Валуа, там утвердится гугенотское королевство Генриха IV Наваррского, и выдвинул притязания на французский трон от имени своей дочери от брака с Изабеллой Валуа. Почти до самого конца жизни вел Филипп войну во Франции, которая, разумеется, заключила мощные союзы с Англией и восставшими Нидерландами. Вервенский мир 1598 года лишь восстановил статус-кво 1559 года; об осуществлении притязаний на трон говорить не приходилось.