В конце 50-х годов он вошел в число религиозных деятелей высшего ранга — аятолл. В 1963 году Хомейни открыто выступил против провозглашенной шахом «белой революции», предусматривавшей проведение аграрной реформы и предоставление избирательных прав женщинам, а затем дополненной рядом других, не менее кардинальных преобразований буржуазного типа. Его дважды арестовывали, чтобы заставить замолчать, но тщетно. Расправу предотвратило решение высшего духовенства возвести его в ранг «великого аятоллы», который носили менее десяти шиитских религиозных деятелей и который обеспечивал свободу от юрисдикции шахского режима. Новый духовный сан давал Хомейни возможность претендовать на роль руководителя шиитской общины Ирана. Выйдя на свободу, он после полугодового молчания публично осудил мошенничества на парламентских выборах, за что подвергся 8-месячному домашнему аресту.
В 1964 году Хомейни выступил против предоставления американским военным советникам в Иране статуса дипломатической неприкосновенности и вскоре был выслан в Турцию. Спустя 11 месяцев он переехал в Ирак.
Хомейни нашел убежище в священном для шиитов городе Неджефе, где рассчитывал обрести благоприятные условия для религиозно-политической деятельности. Он читал лекции в религиозном учебном заведении и продолжил разработку своей концепции «подлинного толкования» ислама и роли исламского лидера. Ислам, по мнению аятоллы, должен был возродиться в качестве идеологии «исламской революции». «Вера — это форма убежденности, заставляющей действовать», «я действую — значит я верую», — любил повторять Хомейни. Следовательно, главный смысл человеческой жизни — нести в себе веру, быть готовым защищать ее и даже умереть за нее. Много внимания Хомейни уделял и разработке концепции нового, «исламского правления». Хомейни исходил из того, что абсолютная власть шахского режима — это порождение сатаны, способствующее только разложению, разврату и коррупции, это форма идолопоклонничества, греховное отрицание идеи божественного единства — единства мнения, единства слово-выражения, единства действия. Никакие компромиссы с этим режимом невозможны: единственный выход — замена монархии «исламской республикой». Главное в такой республике — верховная власть священного Закона, предписанного Кораном, пророком Мохаммедом и имамом Али. Верховным же толкователем священного Закона, высшим координатором деятельности всех органов управления, духовным вождем, осуществляющим практическую власть, является правитель из числа самых авторитетных религиозных деятелей — факих. Неджефский изгнанник, он тайно переправлял в Иран свои послания, которые переписывались и распространялись в мечетях. В одной из особенно зажигательных проповедей аятолла критиковал шаха за устроенные осенью 1971 года пышные торжества по случаю 2500-летия иранской монархии, обошедшиеся стране в миллионы долларов. Хомейни гневно обличал «императорский пир» над «грудой истлевших костей» древнеперсидских царей и призывал к восстанию против деспота. В 1977 году он призвал иранскую армию избавить родину от «шахской чумы». Это послание было размножено в сотнях тысяч экземпляров и широко распространено.
Мохаммед Реза-шах продолжал тем временем развивать идеи «белой революции»: совершить при жизни одного поколения «прыжок через столетия», перевести Иран «из средневековья в ядерный век». Но упоенный амбициозными планами, монарх не замечал как шаг за шагом подрывает основы своей власти.
Опубликованная 7 января 1978 года официозной газетой «Эттелаат» статья о Хомейни, которую шиитское духовенство сочло вредной и клеветнической, стала искрой, вызвавшей в Иране взрыв антишахского и антиимпериалистического движения, принявшего к осени всенародный характер. Безуспешно испробовав самые разные средства борьбы с революцией, Мохаммед Реза в октябре разрешил Хомейни вернуться на родину, но тот отказался возвращаться до тех пор, пока шах остается у власти.
Хомейни переезжает в пригород Парижа Нофль-ле-Шато. Магнитофонные кассеты с записью посланий аятоллы прокручиваются в десятках тысяч мечетей и на бесчисленных городских базарах Ирана. Массы верующих в мечетях требуют прямого вмешательства в управление государством духовенства, в котором видели единственную силу, способную сохранить контакт с народом и действовать во имя его интересов. Все это не могло не прибавить адептам религии уверенности в том, что именно они способны осуществить чаяния народа.