Между тем борьба в высших звеньях власти Исламской Республики с начала 1981 года приняла еще более ожесточенный характер. Хомейни, выступая в своей обычной роли арбитра, внешне держался в стороне от нее. Отказываясь принять сторону какой-либо из фракций, он от случая к случаю критиковал то одну, то другую и постоянно призывал к единству.
10 июня 1981 года Хомейни, уступая требованиям аятоллы Бехешти, второго «сильного человека» режима, освободил президента от обязанностей верховного главнокомандующего. Спустя десять дней имам позволил клерикалам поставить в меджлисе вопрос о «политической компетентности» Банисадра. Обвиненный в развале экономики, просчетах в ведении военных действий и вообще в отходе от «курса имама», президент был смещен со своего поста. Вскоре он тайно бежал из страны.
Волна террора, захлестнувшего страну в результате противоборства режима и леворадикальной оппозицией, унесла жизнь многих близких имаму деятелей — аятоллы Бехешти, премьер-министра Раджаи и других. Но недостатка в людях, готовых содействовать переходу к прямому правлению духовенства, не было. В сентябре 1981 года президентом Исламской Республики стал представитель среднего звена духовных лидеров — ходжат-оль-эслам Али Хосейни-Хаменеи. Все другие руководящие посты также заняли либо религиозные, либо преданные им светские деятели. Впервые взяв на себя непосредственное руководство государственным управлением, духовенство тем самым поставило себя в положение, в котором ранее находились Базарган и Банисадр.
В поисках новых приемов мобилизации масс для борьбы с вооруженной оппозицией Хомейни поставил вопрос о превращении всего населения страны в добровольных осведомителей органов безопасности. Из его тщательно охраняемой резиденции, окруженной зенитными орудиями и средствами наземной защиты, периодически раздавались призывы к созданию по всей стране сети взаимной слежки и всеобщей подозрительности. Доносы родителей на детей, детей — на родителей, братьев и сестер, а всех вместе — на знакомых, соседей, друзей возводились в ранг национального и религиозного долга. С течением времени имам смог решить главную свою задачу: вооруженной оппозиции не удалось перейти от политических убийств к уличным боям, и к концу 1982 года размах и результативность ее деятельности значительно ослабли.
Это позволило Хомейни и руководимым им исламским властям с начала 1983 года развернуть наступление на левые силы, в основном на коммунистов в лице Народной партии Ирана и близкие к ней организации. В стране практически не осталось организованных политических сил, способных составить реальную альтернативу исламскому режиму. С политической арены были устранены не только бывшие союзники по антишахской коалиции, но и многие ближайшие сподвижники и доверенные лица Хомейни. В сентябре 1982 года был казнен Готбзаде, еще недавно являвшийся правой рукой Хомейни. Репрессиям подверглось и большое число религиозных деятелей среднего звена, считавших установившиеся в стране формы тоталитарного режима противоречащими демократическим традициям шиизма. Да и имам постепенно перестал апеллировать к народу. Место трудящихся масс, ранее периодически выводимых на городские площади и улицы на «демонстрации единства народа и имама», заняли созданные духовенством военизированные организации и подкармливаемые в мечетях «профессионалы манифестаций» из «партии Аллаха».
В последующие годы Хомейни, согласно все шире распространявшимся слухам, из-за состояния здоровья посвящал государственным делам не более одного-двух часов в день, а время от времени позволял себе длившиеся до трех недель (а иногда и месяц) «периоды затворничества». Отрезанный от народа волной репрессий (по данным оппозиции, насчитывалось 50 000 казненных и 140 000 политзаключенных), имам был озабочен главным образом проблемой обеспечения преемственности власти.
С декабря 1982 года имам стал открыто говорить о начале периода «стабильности и строительства», «мира и безопасности», о необходимости положить конец «произвольным арестам и незаконным конфискациям», строгособлюдать «священный ринцип» частной собственности и другие «свободь личности».
За этими словами, как правило, следовали и реальные меры по удовлетворению требований крупного капитала С течением времени с согласия имама многие из национализированных ранее промышленных и других предприятий, а также земельных владений были возвращены прежним их собственникам.