Положение резко изменилось к осени 1979 года, когда разразился экономический кризис. В последние дни октября по ряду городов Ирана пронесся шквал народных выступлений, авангардную роль в которых играла молодежь. В этих условиях исламисты, поощряемые Хомейни, подвергли резкой критике внутреннюю и особенно внешнюю политику кабинета Базаргана как противоречащую «курсу имама».
В начале ноября студенческие демонстрации в результате призывов религиозных лидеров приобрели антиамериканскую направленность. 4 ноября наспех сколоченная Организация мусульманских студентов — последователей курса Хомейни — осуществила заранее запланированную акцию по захвату сотрудников американского посольства в Тегеране в качестве заложников впредь до выдачи Ирану бывшего шаха.
Базаргану пришлось подать в отставку, и имам принял ее. Таким образом у руля управления с этих пор безраздельно утвердилось исламское движение.
2-3 декабря 1979 года референдум утвердил «исламскую конституцию». Хомейни стал де-юре пожизненным всевластным правителем Ирана. Сразу после референдума имам разгромил остатки либеральных сил, которые после ухода в отставку Базаргана сгруппировались вокруг популярного великого аятоллы Шариат-Мадари, выступавшего против активного участия духовенства в политике. В декабре 1979-го — январе 1980 года выступления его сторонников в Иранском Азербайджане были подавлены. Сам Шариат-Мадари до своей смерти (1985) практически находился под домашним арестом. Волна репрессий коснулась и других представителей духовенства, недовольных характером устанавливающегося в стране исламского режима.
В начале января 1980 года в связи с сердечным недомоганием Хомейни переехал в Тегеран. После двухмесячного пребывания в кардиологической клинике он был поселен в уединенно расположенном особняке фешенебельного пригорода Джамаран на северной окраине иранской столицы. Теперь он реже стал появляться на людях, ограничиваясь в основном церемонным приветствием с балкона и речами по радио и телевидению.
25 января 1980 года при содействии Хомейни на пост президента страны был избран «мирской мулла» Банисадр, называвший себя «духовным сыном имама». Последний пошел на значительное расширение полномочий Банисадра, вплоть до передачи ему своих прерогатив как верховного главнокомандующего вооруженными силами страны. Одновременно при содействии имама аятолла Бехешти и его сторонники получили важные посты в судебных и военных органах, а затем и большинство мест во вновь избранном в марте — мае 1980 года парламенте, что позволило им полностью нейтрализовать президента. Политика «стабилизирующего конфликта» продолжалась.
С весны 1980 года по всей стране началась санкционированная имамом «великая исламская культурная революция». С августа клерикалы взяли в свои руки формирование кабинета министров, возглавленного преданным им светским деятелем — Мохаммедом Али Раджаи. Под их контроль перешли и все звенья исполнительной власти, тогда как президент практически оказался в положении «третьего лишнего».
22 сентября 1980 года в ответ на массированные обстрелы иранской артиллерией пограничных населенных пунктов Ирака войска Хомейни вступили на территорию Ирана.
Этот возникший на почве пограничных и территориальных столкновений и затянувшийся на восемь лет самый кровопролитный со времен Второй мировой войны вооруженный конфликт Хомейни определил как «священную войну между исламом и богохульством», он стал на первых порах новым фактором национального сплочения.
«Мы должны благодарить Аллаха за эту войну, которая объединяет нас», — говорил он в одном из выступлений.
Десятки, а то и сотни тысяч мальчишек 12–16 лет ценой своей жизни разминировали иракские минные поля, откликаясь на призыв Хомейни «пролить кровь для оплодотворения революции» и надеясь такой ценой «заработать» обещанную им «путевку» в рай. По различным подсчетам, Иран потерял в войне от 500 000 до миллиона человек убитыми и ранеными.
Разработанная Хомейни еще в эмиграции доктрина экспорта «исламской революции» стала составной частью внешнеполитической концепции Ирана. «Воинами ислама», готовыми решить проблемы Ирана и всего мира «в духе мученичества», должно было, по мысли имама, стать все население страны. Смертников-добровольцев для действий за ее пределами готовили в специальных лагерях, так же как для действий внутри Ирана в мечетях собирали членов «партии Аллаха», ставших «профессионалами манифестаций», блюстителями «порядка и законности», поборниками «исламской нравственности и морали».