Государственная власть на острове приобретала более цивилизованный вид. Были образованы Конфедерация трудящихся Кубы и Национальная крестьянская федерация.
6 декабря 1939 года Батиста, уйдя в отставку с поста начальника штаба армии, выставил свою кандидатуру в президенты. Оппозиционный блок назвал кандидатом Грау Сан-Мартина. Предвыборная платформа Батисты включала почти все пункты выдвинутого им еще в 1937 году, но затем отложенного 3-летнего плана и обещала различные социальные реформы, укрепление суверенитета страны. «Капитал, — заявил он, — не должен бояться какого-либо уничтожения собственности, но если он не желает уважать права и требования народа, результатом этого явятся беспорядки, которые нанесут ущерб ему же».
На состоявшихся в июле 1940 года выборах Батиста одержал победу, а 10 октября принес присягу в качестве президента. В тот же день вступила всилу принятая 1 июля 1940 года наиболее прогрессивная в то время во всем Западном полушарии конституция Кубы Она предусматривала ограничение латифундизма и засилия монополий и иностранного капитала в стране. За государством сохранялись все права на недра; право на конфискацию собственности, не приносящей пользы обществу; предусматривалось равное избирательное право для всех граждан республики — мужчин и женщин старше двадцати лет.
Созыв Учредительного собрания и принятие демократической конституции, закреплявшей завоевания трудящихся, стали крупным поражением реакции и победой народа.
7 декабря 1941 года, после нападения японцев на Перл-Харбор, США вступили во Вторую мировую войну, и 9 декабря Куба объявила войну Японии, а 11 декабря — Германии и Италии. Островная экономика в годы войны переживала подъем. В несколько раз выросла добыча никелевой, марганцевой и хромовой руд, вывозимых в США, увеличился и спрос на кубинский сахар, причем система импортных квот на него в США была отменена. Созданное Батистой коалиционное правительство соблюдало элементарные буржуазно-демократические свободы, проводило либеральную политику, приняло ряд законов в развитие статей конституции о правах трудящихся и более прогрессивное положение о выборах. В стране окрепло профсоюзное и в целом демократическое движение, коммунисты получили посты вице-премьера и министра без портфеля.
Попытка реакционных, профашистских элементов организовать военный переворот и свергнуть коалиционное правительство была подавлена Батистой. В то же время он не стеснялся использовать свое положение для обогащения и сам произвел себя в генералы. Это припомнила ему в политической борьбе оппозиция, и прежде всего возглавляемая Грау Кубинская революционная партия (КРП). В месяцы подготовки к выборам 1944 года она возглавила оппозиционный блок. Кандидатом от правительственного блока в президенты был премьер-министр Карлос Саладригас.
Батиста согласно конституции 1940 года мог выдвинуть свою кандидатуру в президенты лишь спустя 8 лет. Он предпочел покинуть Кубу, обосновавшись во Флориде с новой супругой.
На выборах 1 июня 1944 года оппозиционный блок получил большинство голосов. Грау Сан-Мартина избрали президентом. Американская пресса объявила выборы 1944 года самыми честными в истории Кубы и открыто писала, что это целиком заслуга Батисты, «уважающего волю народа и выполнившего свое обещание не вмешиваться в ход выборов».
Правительство Грау в 1945 году приняло ряд декретов, отвечавших интересам трудящихся. Но с началом «холодной войны» правительство КРП резко поправело и развернуло репрессии против демократических сил. В результате накануне президентских и парламентских выборов летом 1948 года произошел раскол КРП: ее левое крыло — «ортодоксы» во главе с Э. Чибасом — основало Партию кубинского народа (ПКН). Тем не менее президентом стал кандидат от КРП К. Прио Сокаррас. По списку либеральной партии в сенат был избран Батиста, а его брата Панчина избрали губернатором провинции Гавана.
Ранее Грау Сан-Мартин делал буквально все, чтобы помешать Батисте вернуться на Кубу, и пытался даже возбудить уголовное дело против него.
Теперь, став сенатором, Батиста смог вернуться и начал активную деятельность, восстановил старые связи и вскоре основал партию Объединенное прогрессивное действие (ОПД). Он объявил себя сторонником движения в защиту мира и даже заявил члену Всемирного совета мира П. Неруде о тяжелых обидах, нанесенных ему, о личных оскорблениях со стороны власть имущих североамериканцев.