В апреле 1939 года Албанию оккупировали войска Муссолини. По решению Исполкома Коминтерна Ходжу переправили в Албанию вместе с двумя помощниками из ЦК ВКП(б), которые обеспечивали связь со Сталиным.
Итальянский оккупационный суд заочно приговорил Ходжу к смерти. Но несмотря на это он активно занимался антифашистской деятельностью: писал прокламации и статьи, организовывал, работая на нефтепромыслах, лесоразработках, в морских портах, профсоюзах, участвовал в акциях протеста против итальянских оккупантов.
Одновременно с этим он старался добиться руководящего положения в создававшейся тогда компартии Албании.
В Албании участились диверсии и другие акты саботажа против итальянцев.
Партизанские отряды все чаще вступали в бои с оккупантами и коллаборационистами. Наиболее активным партизанское движение было в южной Албании, его уководителями являлись Ходжа, Шеху, Банлуку, Леши, Пеза. Подпольная конференция коммунистов Албании, созванная в Тиране 7 ноября 1941 года, провозгласила создание Компартии Албании. Ее первым секретарем был избран соперник Ходжи К. Дзодзе. Заместителем Дзодзе стал Энвер. Он же был утвержден в качестве главнокомандующего партизанскими формированиями.
В 1942 году Ходжа женился на 20-летней Неджимие Руфи, дочери рабочего нефтепромысла из города Кучова. Она стала единомышленником мужа во всех его начинаниях. Была членом политбюро, секретарем ЦК, председателем Демократического фронта Албании (так с 1946 года стал называться созданный в 1943 году Национально-освободительный фронт).
Осенью 1942 года Ходжа приехал в Москву, где встретился со Сталиным, Молотовым, Ждановым, Маленковым, Микояном и Димитровым. Он заверил своих старших товарищей в неотвратимости разгрома фашистов и их пособников, в намерении построить социализм в Албании на основе учения Ленина — Сталина. В конце пребывания Ходжи в Москве СССР выступил с заявлением (декабрь 1942 года), в котором подчеркивалась необходимость восстановления независимости Албании и отвергались территориальные претензии Италии и Греции к этой стране. Данное заявление явилось ударом по планам Черчилля, который не исключал возможности раздела после войны Албании между Италией, Грецией и Югославией.
После разгрома нацистов под Сталинградом и Курском и успешных операций Албанской народно-освободительной армии (АНОА) стратегическая инициатива в Албании полностью перешла к коммунистам.
В 1944 году немецкие войска в Албании были разгромлены, их остатки ушли в Югославию, АНОА участвовала в освобождении северо-западной Греции, а также Черногории, Македонии и Косово. С октября 1944 года Э. Ходжа стал премьер-министром и одновременно министром иностранных дел во вновь сформированном правительстве. Верховным главнокомандующим Энвер Ходжа оставался вплоть до своей кончины.
На Потсдамской конференции (1945) Сталин предостерег Черчилля от реализации планов раздела Албании. О своей поддержке новой Албании Сталин заявил Ходже также лично в период его визита в СССР в июне 1945 года. Ходжа присутствовал на Параде Победы, побывал в Сталинграде, получил заверения в советской технической и научной помощи. Уже в августе 1945 года в Албанию прибыли первые советские пароходы с продовольствием, оборудованием, машинами, медикаментами. В страну стали приезжать из СССР геологи, нефтяники, конструкторы, преподаватели, врачи. Сотни албанских студентов начали обучаться в советских вузах. В том же году Ходжа заявил, что Албания пойдет по пути СССР, ей предстоит индустриализация, коллективизация, «культурное перевоспитание народа».
Сразу после войны возник конфликт между Ходжей и Тито. Тито, Джилас и Кардель уговаривали Энвера поддержать идею образования конфедерации и вхождения Албании в состав Югославии. Но Ходжа был непреклонен. Он убеждал Политбюро ЦК ВКП(б) в опасности политики Тито, предупреждал, что Белград обманывает сталинское руководство.
Ходжа и его сторонники, поддерживаемые Москвой, в 1947 году совершили переворот в партии. Энвер стал первым секретарем ЦК, а М. Шеху — его первым заместителем. Позднее, в 1954 году, Шеху был назначен премьер-министром.
Летом 1947 года Ходжа вновь приехал в СССР. Сталин вручил ему орден Суворова, который Энвер всегда надевал во время официальных церемоний. Албании был предоставлен льготный кредит на закупку разнообразных советских товаров. Ходжа заявил на обеде в Кремле, что «Сталин и Советский Союз — наши спасители и товарищи. Мы, албанцы, клянемся вам в вечной дружбе и преданности». В 1950 году Албания вступила в СЭВ, а в 1955 году — в Варшавский Договор.