Став лидером партии, Ходжа назвал своим именем первый в Албании автомеханический комбинат, построенный в Тиране в 1946 году с помощью СССР. Впоследствии имя Ходжи было присвоено несметному количеству заводов, колхозов, улиц, школ, горных вершин, а также столичному университету. I съезд Албанской компартии (вскоре переименованной в партию труда), состоявшийся в 1948 году, декларировал приверженность опыту СССР и ВКП(б), солидаризировался с Коминформбюро и призвал албанцев выполнять «сталинские пятилетки». На этом съезде присутствовал и выступил Шепилов. В 1948–1951 годах в стране и партии бушевала кампания «борьбы с врагами народа и агентурой Тито». Все прежнее руководство ЦК во главе с К. Дзодзе было расстреляно. Родственники «изменников» также подлежали репрессиям.
Согласно уголовному кодексу Албании (1948) максимальный срок ссылки или тюремного заключения составлял 30 лет. А за анекдоты про Ходжу или Сталина грозила высшая мера.
II съезд Албанской партии труда (1952) объявил о завершении восстановления страны и ее планомерном развитии. Первый 5-летний план Албании был разработан в советском Госплане. Сталин и Ходжа внесли в этот план ряд корректив, после чего его направили в Албанию, где разворачивались коллективизация сельского хозяйства, строительство электростанций и предприятий, перерабатывавших разнообразное албанское сырье. Начали развиваться связи Албании с Китаем, Вьетнамом, ГДР и другими странами «народной демократии». В начале 50-х годов в Тиране и Дурресе были сооружены заводы-дубликаты ЗИС и ЗИМ — подарок Сталина Албании. С помощью СССР строились железные дороги и школы, новые города и поселки, оснащалась албанская армия.
Речь Ходжи на XIX съезде КПСС изобиловала панегириками Сталину, СССР, проклятиями в адрес США, Запада и Тито. Еще будучи в Москве, Ходжа одобрил очередную «чистку» в Албании, которая продолжалась до 1955 года. Вернувшись в Тирану в январе 1953 года, он чуть позже узнал о кончине Сталина.
Ходжа понял, что теперь остался один. Он стал более осторожным с новыми лидерами в Москве и более жестким в своей собственной стране. В течение двух недель траура Энвер Ходжа никого не принимал, нигде не появлялся. 5 марта 1953 года он под предлогом внезапной болезни не поехал на похороны Сталина. Не присутствовал в те дни в Москве и Мао Цзэдун. И Ходжа и Мао подозревали окружение Сталина в заговоре против «хозяина».
Внешне ничего не менялось: Ходжу, как и прежде, в советской прессе называли другом и союзником, а Албанию — братской страной. Но подспудно противоречия нарастали. Ходжа был не согласен с политикой либерализации жизни СССР, проводимой Хрущевым. На XX съезде КПСС, когда Хрущев выступил с закрытым докладом о «культе личности» Сталина, Ходжа и Чжоу Энлай в знак протеста покинули съезд, не дождавшись его закрытия.
Вскоре состоялся III съезд АПТ (1956), на котором многие делегаты, под влиянием хрущевского доклада в Москве, подвергли резкой критике Ходжу и Шеху. Предполагают, что эта акция была подготовлена с помощью хрущевского Политбюро. Ходже пришлось признать свои «ошибки», он пообещал их не повторять.
Однако в том же году в Албании началась новая кампания борьбы с «реставраторами капитализма», в ходе которой были репрессированы сотни оппонентов Ходжи и члены их семей. Руководство Албании (вместе с лидерами КНР) отказалось от десталинизации географических названий и страны в целом. Более того, в канун 80-летия Сталина Э. Ходжа учредил орден Сталина. Советско-албанские отношения ухудшились и через несколько лет были прерваны на долгие годы. Одновременно с этим албанские лидеры сблизились с Китаем. Руководство КНР в 1957 году заверило Ходжу в политической и экономической поддержке.
Летом 1959 года Хрущев приехал в Албанию, надеясь заставить ее лидеров изменить политику, и пригрозил прекратить помощь Тиране. Разногласия урегулировать не удалось.
В условиях конфронтации с другими соцстранами Восточной Европы Ходжа призывал «жить, работать и бороться как в окружении», исходя из тезиса «строительства коммунизма в окружении ревизионистов и империалистов». На вооружение были взяты советские лозунги и методы тридцатых-сороковых годов.
В 1962 году Албания вышла из СЭВ, а в 1963 году заявила, что не намерена выплачивать долги СССР и его союзникам.
Ходжа переориентировался на Китай и буквально «закрыл» страну для всего остального мира. В шестидесятые-семидесятые годы Албания не могла не сотрудничать с Китаем, ибо его экономическая и техническая помощь была ей необходима. Располагая разнообразными природными ресурсами, страна остро нуждалась в перерабатывающих отраслях промышленности, коммуникациях, в инвестициях и квалифицированных кадрах. Оборонный потенциал Албании тоже поддерживался в те годы за счет импорта. Поэтому Ходжа, несмотря на идеологическую «несовместимость» с маоистами, всячески содействовал албано-китайскому сотрудничеству.