Впрочем, едва ли Ким Ир Сена в 1946-м и даже в 1949 году можно назвать правителем Кореи в точном смысле слова. Определяющее влияние на жизнь страны оказывали тогда советские военные власти и аппарат советников. Сохранилось это положение и после 1948 года, когда на севере Корейского полуострова была провозглашена Корейская Народно-Демократическая Республика. Как и большинство высших руководителей Северной Кореи, Ким Ир Сен вместе с женой и детьми поселился в центре Пхеньяна, в одном из небольших особняков, которые раньше принадлежали высокопоставленным японским офицерам и чиновникам. Однако жизнь Ким Ир Сена в этом доме в первые годы после возвращения в Корею едва ли можно было назвать счастливой, ибо она была омрачена двумя трагедиями: летом 1947 года утонул его второй сын, Шура, а в сентябре 1949 года во время родов умерла его жена Ким Чжон Сук, с которой он прожил десять самых тяжелых лет своей жизни и теплое отношение к которой он сохранил навсегда.
По решению Потсдамской конференции Корея оказалась разделенной по 38-й параллели на советскую и американскую зоны оккупации. В результате на Юге к власти пришел Ли Сын Манн. И Пхеньян, и Сеул выдвигали претензии на то, что именно их режим является единственно законной властью на полуострове. Дело явно шло к войне.
Окончательное решение начать войну было принято, по-видимому, весной 1950 года во время визита Ким Ир Сена в Москву и его бесед со Сталиным. Однако этому визиту предшествовали долгие обсуждения, которые шли как в Москве, так и в Пхеньяне.
Тем не менее Ким Ир Сен принял самое активное участие в подготовке войны с Югом, которая началась внезапным ударом северокорейских войск ранним утром 25 июня 1950 года. На следующий день, 26 июня, Ким Ир Сен выступил по радио с обращением к народу. В нем он обвинил правительство Южной Кореи в агрессии, призвал к отпору и сообщил, что северокорейские войска начали успешное контрнаступление. Ким Ир Сен с первых дней войны занял пост Верховного Главнокомандующего. Война шла с переменным успехом, и позиции, которые с весны 1951 года занимали войска противостоящих сторон, оказались в итоге почти такими же, как те, с которых они начинали войну.
К тому времени Ким Ир Сен уже, видимо, полностью освоился со своей новой ролью и постепенно превратился в опытного политика. Говоря об особенностях индивидуального политического стиля Ким Ир Сена, следует отметить неоднократно проявлявшееся им умение лавировать, использовать противоречия как противников, так и союзников. Он не раз показывал себя неплохим мастером политической интриги.
Слабости же Ким Ир Сена связаны в первую очередь с его недостаточной общей подготовкой: он не только никогда не учился в вузе, но и не имел возможности заняться самообразованием, а все основные представления о социальной и экономической жизни были почерпнуты им частично из традиционных воззрений корейских низов, частично из политзанятий в партизанских отрядах и 88-й бригаде. Однако задача, стоявшая перед Ким Ир Сеном в начале пятидесятых годов, как раз требовала именно искусства лавирования, которым он обладал в полной мере. Речь шла о ликвидации фракций, существовавших с самого основания КНДР в северокорейском руководстве. Дело в том, что в северокорейскую элиту входили четыре группировки: «советская группировка», состоявшая из советских корейцев, направленных для работы в государственных, партийных и военных органах КНДР советскими властями, «внутренняя группировка», в которую входили бывшие подпольщики, действовавшие на территории Кореи еще до Освобождения, «яньаньская группировка», членами которой были вернувшиеся из эмиграции в Китай корейские коммунисты, «партизанская группировка», в которую входил сам Ким Ир Сен и другие участники партизанского движения тридцатых годов в Маньчжурии. Группировки эти с самого начала относились друг к другу без особой симпатии, хотя в условиях жесткого советского контроля фракционная борьба открыто проявиться не могла. Единственный путь к полновластию для Ким Ир Сена лежал через уничтожение всех группировок, кроме его собственной, партизанской, и избавление от советского и китайского контроля. Решению этой задачи он и посвятил свои основные усилия в пятидесятые годы.
Первой жертвой стали бывшие подпольщики из «внутренней группировки», расправа над которыми состоялась в 1953–1955 годах при активной поддержке или благожелательном нейтралитете двух других фракций. В 1957–1958 годах удар был нанесен по яньаньцам, но они оказались более крепким орешком. Им удалось бежать в Китай, и вскоре оттуда прибыла совместная советско-китайская делегация во главе с А. И. Микояном и Пэн Дэхуаем. Эта делегация не только потребовала восстановить в партии репрессированных яньаньцев, но и пригрозила отстранить самого Ким Ир Сена от руководства страной. Корейский лидер вынужден был пойти на уступки. Но его вовсе не устраивало положение марионетки, поэтому с середины пятидесятых годов он начинает дистанцироваться от своих недавних покровителей.