Шведы захватили Брандейс и Лейтмериц, основательно опустошив Чешское королевство. Все, что могли, они уносили с собой, а остальное уничтожали. Было сожжено более тысячи замков, местечек и деревень. Баннер совершал также рейды в Силезию, Моравию и собственно Австрию. Против него из Нидерландов шла армия Пикколомини, а из Вестфалии — армия графа Гацфельда. Верховным главнокомандующим был назначен эрцгерцог Леопольд. Ему с армией, ранее руководимой Галласом, удалось вытеснить неприятеля из Чехии.
Войско Баннера было разбито у Плауэна в Саксонии и ушло в Тюрингию. Здесь на помощь Баннеру пришли армии герцогов Люнебургских, войска из Гессена и бывшая армия герцога Бернгарда, которой теперь командовал герцог Лонгвильский. Теперь шведы, имея численный перевес над имперцами, попытались навязать им бой у Заальфельда, но Пикколомини занял столь сильную позицию, что нападение на него стало невозможным. Не удалось Баннеру разбить и направлявшуюся во Франконию баварскую армию во главе с генералом Мерси. Главные силы императорской армии пришли на помощь баварцам, и Баннеру пришлось отступить.
В феврале 1641 года Баннер вместе с французским маршалом де Гебрианом, в чьем ведении, кроме французских войск, находилась и бывшая армия Бернгарда, подступил под стены Регенсбурга, где заседал имперский сейм вместе с императором. Но началась оттепель, Дунай вскрылся, и шведы не могли перейти реку, чтобы атаковать Регенсбург. Тогда Баннер решил пойти в еще не разграбленную Моравию, но де Гебриан отказался идти с ним и вернулся к Майнцу. Французский маршал опасался, что вдали от Франции бывшая армия Бернгарда может перейти на службу к шведам, и решил не рисковать.
Баннер оказался перед лицом превосходящих имперских сил, спешивших на выручку Регенсбургу. Пожертвовав тремя полками, шведский генерал смог уйти к Цвиккау, где с ним вновь соединился де Гебриан. Шведы и французы отступили к Гальберштадту. Здесь в мае 1641 года Баннер умер, что негативно сказалось на моральном духе и боеспособности его войска. Оно, оставленное помирившимися с императором герцогами Люнебургскими и гессенцами, потерпело ряд поражений в Нижней Саксонии.
Баннера в качестве главнокомандующего шведской армией сменил генерал Бернгард Торстенсен. В 1642 году он перешел в наступление, присоединив к себе шведские войска в Силезии под командованием генерала Стальгеантшема. Шведы штурмом взяли Глогау и вынудили сдаться Швейдниц, разбив под стенами города войско герцога Франца-Альбрехта Лауэнбургского. Герцог в сражении погиб.
Затем Торстенсен взял Ольмюц в Моравии, но был вытеснен оттуда новой имперской армией, набранной Пикколомини и эрцгерцогом Леопольдом. Затем шведам пришлось покинуть и Силезию.
Торстенсен осадил Лейпциг. На выручку города бросились Пикколомини и Леопольд. На том же поле при Брейтенфельде, где 11 лет назад Густав Адольф разгромил Тилли, произошла новая битва. Левое крыло шведов во главе с генералами Стальгантшемом и Вилленбергом сокрушило правое крыло имперцев, рассеяв кавалерию противника, а потом пришло на помощь своему правому крылу, которое отступало под натиском неприятеля. Имперские войска потеряли 5 тысяч убитыми и столько же пленными, а также всю артиллерию и обоз. Потери шведов достигли 3 тысяч убитых, включая двух генералов — Шлангена и Лилиенгука.
Расстроенная имперская армия отступила в Чехию. Три недели спустя Лейпциг сдался шведам. От разграбления он откупился тремя бочками золота, а также вынужден был полностью обмундировать неприятельскую армию. В конце 1642 года Торстенсен подступил к Фрейбургу, но не смог сломить сопротивление гарнизона. На выручку Фрейбургу пришел Пикколомини, и шведам пришлось ретироваться. Зато они взяли реванш в Моравии, которую разграбили в начале 1643 года.
В это время французские и союзные им немецкие войска вели с переменным успехом войну в рейнских провинциях. В 1643 году преемник Ришелье кардинал Мазарини активизировал французские усилия в Германии. На помощь маршалу де Гебриану была двинута армия принца Конде из Нидерландов. Французы вторглись в Швабию и овладели крепостью Ротвель, где де Габриан был смертельно ранен. Вскоре у Дутлингена 24 ноября 1643 года французская армия была разбита войсками императорского полководца Гацфельда, к которому присоединились баварский генерал Мерси и герцог Лотарингский. В результате внезапного нападения французы были захвачены прямо на зимних квартирах и не оказали серьезного сопротивления. Спаслась только успевшая ускакать конница. Две тысячи французов погибло, а семь тысяч попало в плен.