К концу сентября войска короля насчитывали 5 тысяч пехоты и 2 тысячи конницы. Парламентская армия к тому времени располагала уже 20 тысячами солдат. 9 сентября ее главные силы двинулись на север через Нортсемп-тон. Карл, избегая встречи с войском Эссекса, из Шрьюсбери двинулся на Лондон. Эссекс лишь через 11 дней узнал об истинном местоположении неприятеля и бросился через Вустер вдогонку за королем.
23 октября у холма Эджхилл произошло первое крупное сражение гражданской войны. Эссекс располагал 14 тысячами солдат, у короля их было вдвое меньше. Однако королевские солдаты были лучше обучены и обладали боевым опытом, превосходя в этом отношении новобранцев парламентской армии. В начале боя конница принца Руперта опрокинула парламентскую конницу на правом фланге, но увлеклась грабежом обоза. В это время на левом фланге конница армии Эссекса одержала верх и помогла своей пехоте атаковать пехоту противника. Однако королевские пехотинцы устояли. Перестрелка длилась до вечера, когда на поле боя вернулись всадники Руперта и вынудили армию парламента отступить.
На следующий день Эссекс получил значительные подкрепления, но не решился на новое сражение, а продолжил отход. Король же начал из Оксфорда поход на Лондон. Эссекс преградил ему путь у Тэрнхем-Грин. Карл, имея вдвое меньше людей, чем неприятель, не рискнул вступить в бой и отошел к Оксфорду.
В парламентской армии предпринимались шаги по созданию новой конницы, способной противостоять коннице короля. Депутат парламента дворянин-пуританин Оливер Кромвель сформировал отряд «железнобоких», одушевленных пуританской верой. Весной 1643 года отряд Кромвеля одержал первую победу, разбив 13 мая роялистов у Грентема. Однако перелома в ходе военных действий парламентской стороне достичь все не удавалось.
Летом 1643 года 20-тысячная армия Эссекса подступила к Оксфорду, но взять его не смогла и отступила. Тем временем Руперт взял Бристоль, нанеся поражение отряду генерала Уоллера. Вскоре в руки роялистов перешел еще один порт — Эксетер. На севере парламентское войско во главе с братьями Ферфаксами оказалось разбитым и осажденным в Гулле. Королевская армия осадила также крепости Глостер и Плимут.
В сентябре 1643 года армия Эссекса смогла деблокировать Глостер. Королевские войска перерезали ей пути отхода от Ньюбери, но все атаки роялистов были отбиты. Однако преследовать королевскую армию Эссекс не мог. Лондонские ополченцы, посчитав свою задачу выполненной, возвратились в столицу. Местная милиция очень неохотно воевала вдали от родных мест.
Английскому парламенту удалось достичь союза с шотландским парламентом. 25 сентября между ними был заключен «ковенант» (соглашение) о гарантиях привилегий парламентов в обеих странах и сохранением там в качестве господствующей пресвитерианской церкви. После этого шотландские войска атаковали с севера королевскую армию. Это привело к перелому в гражданской войне в Англии в пользу парламента.
Весной 1644 года армия лорда Томаса Ферфакса осадила Йорк. Для его деблокады король перебросил на север армию Ньюкестля. Соединившись с армией Ньюкестля, принц должен был идти на помощь Йорку. Однако Ферфаксу с помощью шотландцев удалось разбить соединенные силы противника.
2 июля парламентское войско под командованием Ферфакса и Манчестера и шотландская армия во главе с Левеном заняли позиции западнее Йорка в местности Марстон-Мур. У союзников имелось 20 тысяч пехоты и 7 тысяч кавалерии при 50 орудиях. Ньюкестл располагал 7 тысячами всадников и 11 тысячами пехотинцев при 25 орудиях. На правом крыле парламентской армии находились конница Ферфакса и шотландская пехота, в центре — английская пехота Бальи, а на левом крыле — английская пехота Краффорда, английская конница Кромвеля и шотландская конница Лесли, в рядах которой было немало ветеранов-наемников Тридцатилетней войны. Правое крыло королевской армии составили 4 тысячи всадников Руперта, в центре расположилась пехота, а на левом крыле — кавалерия Горинга. Противников разделял неглубокий ров.
Бой начался с продолжительной артиллерийской перестрелки. Один из офицеров королевской армии вспоминал: «Огня было столько, что казалось, будто весь воздух превратился в огненную стихию». Вечером Кромвель внезапно атаковал конницу Руперта, потеснив ее головные эскадроны. Однако Руперт контратаковал и оттеснил неприятеля в исходное положение. Кромвель при этом был легко ранен. Положение спасла конница Лесли, охватившая правый фланг неприятеля и вынудившая Руперта отступить. Эскадроны Кромвеля ее преследовали.