Но в центре и на левом крыле войска парламента терпели поражение. Пехота Краффорда использовала успех собственной конницы и форсировала ров. Вслед за ней двинулись и главные силы пехоты под командованием Бальи, но были остановлены артиллерийским и мушкетным огнем. Конница Ферфакса была атакована первой линией конницы Горинга и, отступив, расстроила ряды шотландской пехоты. Последнюю обратила в бегство пехота Ньюкестля. Однако роялистская кавалерия увлеклась преследованием и покинула поле боя. Этим воспользовался Кромвель. Его «железнобокие» атаковали во фланг вторую линию конницы Горинга, а затем и ее основные силы, возвращавшиеся после преследования. Опрокинув неприятельскую кавалерию, Кромвель совместно с Бальи атаковал пехоту и обратил ее в бегство. Парламентская армия не преследовала противника. Роялисты потеряли 6 тысяч убитыми и ранеными и 1,5 тысячи пленными, сторонники парламента — 1,5 тысячи убитыми и ранеными. В качестве трофеев победителям достались 6 тысяч мушкетов и 25 орудий.
Поражение при Марстон-Муре до некоторой степени была компенсировано успехом королевских войск на подступах к Оксфорду. Здесь почти вся пехота армии Эссекса попала в плен, а другая парламентская армия, которой командовал Уоллер, взбунтовалась и вернулась в Лондон, требуя выплаты жалованья. Осенью 1644 года войска Карла начали новое наступление на столицу. К главным силам должна была присоединиться переброшенная с севера конница Руперта. Армия Манчестера постаралась не допустить соединения вражеских войск и дала бой королевской армии у Ньюбери. Роялисты уступали противнику почти вдвое — 10 тысяч против 19, и потерпели поражение, но смогли отступить в Оксфорд со всей своей артиллерией.
В 1645 году армия Карла попыталась овладеть севером страны. 14 июня у деревни Нэзби произошло решающее сражение. Королевские войска насчитывали 3,5 тысячи пехоты и 4 тысячи конницы. Армия Ферфакса имела двойное превосходство, располагая 6,5 тысячи всадников и 8,5 тысячи пехотинцев. В начале боя конница Руперта опрокинула конницу Айртона, но увлеклась преследованием и не оказала помощи собственной пехоте. В это время на другом фланге конница Кромвеля разбила небольшой конный отряд роялистов и обрушилась на неприятельскую пехоту. Спастись удалось только королю вместе с конницей Руперта, вернувшейся на поле сражения для того, чтобы спасти жалкие остатки роялистов. Парламентская армия захватила 5 тысяч пленных, всю артиллерию и даже личную канцелярию короля. После этого в течение примерно года парламентская армия очйстила территорию Англии от отрядов роялистов, заняв в 1646 году их цитадель Оксфорд.
Парламент, опиравшийся на гораздо более богатые и населенные графства юга и востока страны, мог выставить значительно более многочисленную армию. Его поддерживала торговая и мануфактурная буржуазия Лондона Я Других городов, а также «новое дворянство», хозяйствовавшее в условиях рынка. В западных же и северных графствах, ставших опорой Карла, преобладало феодальное натуральное хозяйство и полупатриархальные отношения между дворянами и крестьянами, многие из которых стали под королевские знамена. Поэтому победа парламента была предопределена, но благодаря более высокой боевой подготовки роялистской армии, в которой оказалось большинство профессиональных солдат, борьба затянулась на несколько лет.
В 1642–1646 годах, в первый период гражданской войны, стороны придерживались наступательной стратегии и мало заботились об обороне. Писатель Даниэль Дефо утверждал в «Мемуарах роялиста»: «Мы никогда не сооружали укрепленных лагерей и не окапывались… не занимали позиций под прикрытием рек или дефиле. Основным девизом войны было: — Где противник? Вперед, в бой!» Парламентская армия рассчитывала разбить противника, используя свой численный перевес. В свою очередь, роялисты, сознавая свою слабость, надеялись компенсировать численное превосходство противника за счет наступательных действий против отдельных отрядов неприятеля.
Остатки королевской армии нашли убежище в Шотландии. Местные протестанты, опасаясь, что армия парламента оккупирует теперь шотландские земли, отказались от союза с Лондоном и поддержали короля Король, находившийся после падения Оксфорда в плену, обещал шотландцам в обмен на поддержку сделать протестантство государственной религией. В ноябре 1647 года Карлу удалось бежать на остров Уайт, но через несколько месяцев сторонники парламента вновь схватили короля.