15 августа 1799 года у Нови произошло кровопролитное сражение между 51-тысячной русско-австрийской армией под командованием Суворова и 35-тысячной французской армией, которую возглавлял Жубер. Главный удар наносили войска Багратиона и наступавшие позади них войска Милорадовича. Сражение началось атакой австрийскими войсками левого фланга французской армии. Генерал Жубер, прибывший в район боев, был убит, и командование принял на себя генерал Моро.
Авангард Багратиона, тесня неприятеля, подошел к городу Нови, обнесенному высокой стеной, но был вынужден остановиться. Тем временем французы открыли сильный артиллерийский огонь из батарей, находившихся за городом. Из Нови была сделана вылазка против правого фронта войск Багратиона, но подошедшие войска Милорадовича сумели отбросить неприятеля. Исход сражения решили войска Багратиона. Решительным ударом они выбили противника из Нови, а затем атаковали французские укрепления, расположенные на высотах за городом. Французы были выбиты со своих позиций и отступили. Общие потери противника составили 17 тысяч человек, потери союзных войск – в два раза меньше.
За участие в Итальянском походе фельдмаршал Суворов подарил Багратиону свою шпагу, с которой тот не расставался до конца жизни.
Суворов намеревался преследовать противника вплоть до его полного уничтожения, но вместо того получил приказ направиться в Швейцарию на соединение с находившимся там корпусом генерала Римского-Корсакова.
В легендарном Швейцарском походе через Альпы Багратиону был поручен авангард армии. Он прокладывал путь войскам в горах и первым принимал на себя удары противника.
Суворов избрал для русской армии самый тяжелый и опасный, но зато и самый короткий путь из Италии в Швейцарию. Войска, выступив из Алессандрии, должны были двигаться через Таверно, перевал Сен-Готард, долиной реки Рейсы, вдоль берега Люцернского озера и далее к Швицу, заходя во фланг и тыл основной группировке французской армии.
21 сентября русская армия покинула Таверно и направилась к Сен-Готарду, ставшему первой серьезной преградой на пути русских войск. Оборонял перевал французский генерал Лекурба. Авангард Багратиона столкнулся с противником 24 сентября. Войска по приказу князя с ходу нанесли сильный удар по правому флангу неприятеля. Противник, не принимая боя, отступил. Багратион часть сил направил на преследование противника, а другую часть по приказу Суворова двинул вправо через горы с целью обхода левого фланга укрепленной позиции противника, проходившей по Сен-Готардскому перевалу.
Войска Багратиона, преследуя противника, попытались атаковать Сен-Готардскую позицию в лоб, но успеха не достигли. Вскоре подошли главные силы армии Суворова, но и они не смогли сбить неприятеля с перевала.
Войска Багратиона, карабкаясь по горным кручам, смогли обойти французские позиции и атаковали их с фланга одновременно с фронтальным ударом главных сил Суворова. Противник, обнаружив русские войска чуть ли не у себя в тылу, отступил к Чертовому мосту.
Дорога, по которой двигались войска Суворова, входила в туннель Урнер-Лох, имевший 80 шагов длины и 4 шага ширины, далее она проходила (400 шагов) по берегу реки Рейсы и сворачивала на узкий Чертов мост.
Отступивший от Сен-Готарда генерал Лекурб часть сил оставил для прикрытия выхода из туннеля, а два пехотных батальона расположил за Чертовым мостом. Позиции, занятые французами, считались неприступными, но войска Суворова смогли обойти их и овладеть туннелем Урнер-Лох и Чертовым мостом. 26 сентября русская армия заняла Альтдорф и убедилась, что никаких дорог по берегам Люцернского озера, о которых ему сообщали австрийцы, не существует. Не было возможности переправиться и водным путем, так как французы увели все суда. Тогда Суворов решил преодолеть горный хребет Росшток и выйти в Муттенскую долину, а откуда к Швицу.
Переход русской армии через хребет Росшток начался утром 27 сентября. Впереди шел авангард Багратиона, прокладывая дорогу остальным войскам. К вечеру того же дня авангард русской армии достиг Муттенской долины.
В деревне Муттен Багратион захватил отряд французов – 150 человек, чтобы те не смогли никому сообщить о появлении русской армии в Муттенской долине.
Тем временем французы разбили корпус Римского-Корсакова и решили окружить и уничтожить армию Суворова. Окруженный со всех сторон, фельдмаршал 29 сентября созвал военный совет, на котором было принято решение под прикрытием 7-тысячного авангарда пробиваться через гору Брагель на северо-восток к Гларису. Во главе авангарда вновь был поставлен Багратион. На следующий день его части выступили из Муттенской долины. За ним двинулись и главные силы. В ходе двухдневных боев авангард разгромил противника – путь на Гларис стал свободен. К 4 октября там сосредоточились все силы русской армии.