В ночь на 5 октября ослабленная боями и беспрерывными переходами русская армия выступила из Глариса к хребту Паникс. Несмотря на отсутствие проводников и тяжелый путь по покрытым ледяной коркой склонам хребта Паникс, русские войска к 12 октября сосредоточились в Фельдкирхе. Во время перехода русской армии через хребет Паникс Багратион возглавлял арьергард, прикрывавший отход армии Суворова. Арьергард Багратиона у Глариса отбросил французские части, попытавшиеся преследовать русские войска. Это было последним сражением Швейцарского похода. Выполнив свою задачу, отряд Багратиона догнал армию Суворова.
С бывшим противником – французами – Петр Багратион снова встретился на полях сражений в 1805 году. И снова союзником России была Австрия. И снова ему был вверен авангард русской армии, которую теперь возглавлял М.И. Кутузов. Вследствие неудачных действий австрийцев русская армия дважды оказывалась под угрозой окружения. Особенно тяжело пришлось русским солдатам после сдачи Вены.
13 ноября войска французского маршала Мюрата вступили в Вену и, не встретив сопротивления со стороны австрийцев, захватили мост через Дунай. Получив сведения о сдаче Вены и движении войск Мюрата на Цнайм, Кутузов немедленно приказал начать отход русской армии от Кремса на Гунтерсдорф. Чтобы помешать выходу противника на путь отступления армии, Кутузов приказал выслать на дорогу от Вены на Гунтерсдорф небольшой отряд, который должен был задержать Мюрата до тех пор, пока главные силы русской армии не пройдут Цнайм. Этот отряд возглавил генерал Багратион.
Получив приказ Кутузова, Багратион, несмотря на большую усталость своих войск, быстрым маршем двинулся к Голлабрюну. Прибыв в намеченный район и осмотрев местность, Багратион принял решение отступить к деревне Шенграбен и занял здесь оборону до того, как сюда же вышли передовые части войск Мюрата. Тот, уверенный, что перед ним находятся главные силы армии Кутузова, решил подтянуть отставшие на марше войска и после этого атаковать русскую армию. Для выигрыша времени Мюрат направил к Багратиону своего парламентера с предложением заключить перемирие при условии, что русская армия возвратится к своим границам, а французские войска не будут продвигаться дальше. Багратион немедленно сообщил Кутузову о предложении французов. Кутузов согласился на заключение перемирия, рассчитывая вывести свою армию из-под удара и оторваться от неприятеля.
15 ноября после проведенных переговоров акты перемирия были направлены Кутузову и Наполеону для ратификации. Кутузов задержался с ответом более чем на 20 часов, продолжая отвод своей армии. Наполеон же, сильно раздраженный инициативой Мюрата, приказал ему немедленно разорвать перемирие и атаковать русские войска.
На следующий день французские войска перешли в наступление против отряда Багратиона. Общая численность французских войск, наступавших на русский отряд, составляла 30 тысяч человек, в то время как у Багратиона было лишь 6 тысяч. Сразу после начала атаки французскими войсками позиций русских войск приданная отряду Багратиона артиллерия обстреляла и подожгла деревню Шенграбен. Находившиеся там войска Удино были задержаны на два часа.
Но на флангах сложилась тяжелая обстановка. Правый фланг позиций русских войск был атакован корпусом Сульта, который планировал опрокинуть противостоявших ему русских гренадеров, егерей и драгун и выйти к деревне Гунтерсдорф, тем самым отрезав отряду Багратиона путь отступления. Русские гренадеры и егеря отразили две атаки корпуса Сульта и затем под прикрытием артиллерии начали организованный отход к деревне Гунтерсдорф. Оставив и там два батальона, Багратион приказал войскам своего правого фланга продолжить отход. Левое крыло войск Багратиона было атаковано одновременно с правым. Корпус Ланна отрезал от пехоты левофланговый Павлоградский гусарский полк, вынудив его покинуть поле боя. Затем французы окружили Подольский и Азовский мушкетерские полки, но мушкетеры не дрогнули и пробились из окружения, расчищая себе дорогу штыками и ружейным огнем. Войска левого крыла отряда Багратиона отступали по дороге на Цнайм, но, подойдя к деревне Грунд, они обнаружили, что эта деревня уже занята противником. И вновь сильным штыковым ударом русские батальоны проложили себе путь.
Через два дня отряд Багратиона достиг Погорлица, где находилась армия Кутузова. Кутузов выехал навстречу Багратиону и горячо обнял своего боевого друга и соратника, которого уже не чаял встретить живым. За этот подвиг Багратион был удостоен чина генерал-лейтенанта, а 6-й егерский полк – основа отряда – стал первым, кто получил в награду серебряные трубы с георгиевскими лентами.