На собственные средства Огиньский сформировал конный егерский полк и стал его командиром. Во главе полка он принял участие в нескольких сражениях и заслужил благодарность революционного правительства. В то же время им было написано несколько революционных песен и маршей. Позднее, в «Письмах о музыке» он писал: «Я сочинил марш для моего отряда стрелков со словами, и с тех пор этот марш исполнялся во многих полках. Я писал также военные и патриотические песни, которые пользовались большим успехом, так как возбуждали храбрость, энергию и энтузиазм моих товарищей по оружию». Предположительно, именно Огиньский был автором музыки боевой песни «Еще Польша не погибла», ставшая национальным гимном страны.
Восстание 1794 года было подавлено. Костюшко попал в плен, многие повстанцы погибли в сражениях, другие сдались преследовавшей их русской армии. Огиньский с группой патриотов сумел добраться до Вены, а в середине декабря 1794 года он перебрался в Венецию, где находилась значительная часть польских эмигрантов.
Встав во главе тех, кто желал продолжить борьбу за независимость Польши, Огиньский начал искать союзников. Он наладил связь с польским эмиграционным центром в Париже, поддерживал контакты с Варшавой, искал и встречался с теми, кто был враждебно настроен к России.
Огиньский побывал во многих итальянских городах – Риме, Падуе, Флоренции, и везде налаживал контакты с польскими эмигрантами. Центр польских повстанческих сил находился в Париже. Вскоре было принято решение о создании в некоторых крупных городах сети тайных агентов, и Михал Клеофас в качестве такого агента был направлен центром в Турцию. В Константинополе он провел более полугода. Он вел переговоры с властями, надеясь на то, что Турция начнет войну с Россией и Австрией, что поможет Польше снова стать свободной, но убедился, что никакой надежды на успех нет.
В самой Польше к тому времени возникли внутренние разногласия, и Огиньский был туда направлен центром. Живя на родине под вымышленным именем (он выдавал себя за композитора Рачиньского), Михал Клеофас посетил Львов и Краков и провел переговоры от имени комитета итальянских патриотов. В феврале 1797 года он прибыл в Париж, где вошел в состав группы «Польской депутации», ведущей переговоры с революционным правительством Франции.
Огиньский искренне верил в успех освободительного движения. Польские легионеры с гордостью носили трехцветную французскую кокарду с надписью «Свободные люди – братья». Но мечтам патриотов, в том числе и Огиньского, не суждено было сбыться. Уже в октябре 1797 года был заключен мир между Францией и Австрией, и легионеры вернулись в Италию.
Весть о кончине императрицы Екатерины II, об освобождении Костюшко и помиловании Павлом I польских эмигрантов привела многих бывших легионеров на русскую службу, но многие остались за границей. Огиньский тоже обратился к новому императору с просьбой о возвращении на родину, но дважды получал отказ. Вернуться ему удалось лишь при воцарении Александра I.
В 1802 году он поселился в одном из своих поместий недалеко от Вильно. Здесь он был избран почетным членом Виленского университета и вошел в состав его совета.
Александр I благосклонно отнесся к Огиньскому, вернул ему значительную часть имений, назначил сенатором Российской империи и присвоил ему чин тайного советника. Он много беседовал с Огиньским о возрождении Польши, и тот снова поверил императору.
Михал Клеофас часто бывал во Франции, где уже громко говорили о военных приготовлениях к войне против России. Он не разделял мнения польских патриотов, которые видели в Наполеоне путь к освобождению своей страны. Оставшись частью Великой армии Наполеона, они гибли в сражениях, веря, что сражаются и умирают за родину. Огиньский верил Александру I. И когда накануне Отечественной войны российский император прибыл в Вильно, то на фронтоне дворца Огиньского пылал транспарант «Доверие и благодарность».
В 1811 году Огиньский добивается аудиенции у императора, и после разговора о политической ситуации в Европе, о Наполеоне, им была затронута польская тема. Огиньский предложил Александру I проект образования из литовских и белорусских губерний великого герцогства литовского во главе с великой княгиней Екатериной Павловной, российский император должен был стать королем польским. Император предложил Огиньскому представить ему на рассмотрение этот проект письменно. В октябре проект был представлен и одобрен императором, который даже предложил Огиньскому указать ряд лиц из числа соотечественников, коим можно было бы доверить и поручить разработку детального плана по проведению проекта в жизнь. Правда, Александр I не забыл сказать, что внешнеполитическая ситуация (то есть война с Наполеоном) может на некоторое время задержать реализацию проекта.