В 1942 году его сын Сергей окончил среднюю школу и поступил в Тбилисский институт инженеров железнодорожного транспорта. Но уже через год молодой человек пришёл к выводу, что это не его призвание, и продолжил обучение сразу в двух творческих вузах: Тбилисской консерватории (вокальный факультет) и хореографическом училище при оперном театре.
В конце войны Параджанов переводится в Московскую консерваторию в класс профессора Нины Дорлиак. Параллельно с учёбой в консерватории он сдаёт вступительные экзамены на режиссёрский факультет ВГИКа (сначала учится в мастерской Игоря Савченко, а после его смерти — у Александра Довженко).
Во время учёбы во ВГИКе Сергей влюбился в молдавскую татарку Нигяр. Через несколько месяцев их отношения увенчались браком. Однако счастье молодых оказалось недолгим. Приехавшие в Москву братья девушки потребовали у Параджанова крупный выкуп. Денег у Сергея не было. История имела трагический конец: Нигяр погибла под колёсами электрички.
В середине 1950-х он женится на украинской красавице Светлане Щербатюк. У них родился сын Сурен. Но Параджанов был человеком непредсказуемым, странным, и многие его причуды воспринимались людьми как безумие. Светлана так и не сумела приспособиться к своеобразному характеру своего мужа и в 1961 году вместе с сыном ушла от него, сказав на прощание: «Прелестен, но невыносим».
К этому времени Параджанов поставил в Киеве фильмы «Первый парень» (1959) и «Украинская рапсодия» (1961). Следующая его работа «Цветок на камне» (1962) вызвала серьёзные нарекания со стороны руководителей украинского кинематографа, и прокат ленты был ограниченным.
В 1964 году он заканчивает картину «Тени забытых предков» по повести украинского писателя Михаила Коцюбинского. Легенда о любви гуцульских Ромео и Джульетты — Ивана и Марички — предстала на экране во всём великолепии фольклорных костюмов, обрядов, обычаев украинских горцев.
«На съёмках „Теней забытых предков“ Параджанов устроил настоящий театр, — вспоминает актриса Лариса Кадочникова. — Когда мы снимали в селе Жабье на Буковине, крестьяне без конца ходили к нему в хату, носили в дар всё, что у них было. Он тут же на что-то менял или дарил. Добр и щедр был — на удивление. Некоторые сцены выезжали переснимать по 70 раз. Доходили в своей работе до исступления. И в тоже время — до совершенства. Из пульверизатора красили деревья серебрянкой, чтобы создать соответствующую гамму красок и чувств. Параджанов мог быть и тираном, и соглашателем. Но в первую очередь он был Художником. С большой буквы».
«Огненные кони» (под таким названием лента демонстрировалась в Европе) возвестили о рождении на Украине нового поэтического кино. Картина получила премию Британской киноакадемии, удостоилась 28 призов на различных фестивалях в 21 стране мира. Режиссёр получил поздравительные телеграммы от Феллини, Антониони, Годара, Куросавы…
Окрылённый успехом, Параджанов приступает к съёмкам фильма «Киевские фрески», посвящённого событиям Великой Отечественной войны. Но проект вскоре был закрыт. Просмотрев отснятый материал, чиновники обвинили режиссёра в химерном и мистически-субъективном отношении к событиям отгремевшей войны.
В поисках работы Параджанов переехал в Ереван, но снятую им в 1969 году картину «Саят-Нова», посвящённую жизни выдающегося средневекового армянского поэта Саят-Новы, переделывали, кроили и резали около двадцати (!) комиссий…
Следующую свою картину Сергей Иосифович снимет лишь через семнадцать лет — во второй раз в своей жизни он попал в тюрьму. Впервые это случилось в 1947-м, когда его посадили в Тбилиси, без суда и следствия. Обстоятельства освобождения были столь же загадочны, сколь и обстоятельства ареста, — вроде бы Сергея попросту выкупили родственники…
В декабре 1973 года Параджанова арестовали по обвинению в гомосексуализме. Незадолго до этого в беседе с журналистом датской газеты он заявил, что его благосклонности добивались два десятка членов ЦК КПСС. Естественно, сказал это в шутку, но интервью было растиражировано по всему миру. Суд вынес суровый приговор — пять лет лишения свободы.
Он был раздавлен, сломлен, унижен. Болело сердце, мучил диабет. В колонии ему сделали операцию на лёгком. Вот несколько строк из письма Параджанова: «В Тбилиси жара, а тут уже дожди! Сыро. Кожа на ногах в плесени и волдырях. В лагере полторы тысячи человек, у всех не менее трёх судимостей. Меня окружают кровавые судьбы, многие потеряли человеческий облик. Меня бросили к ним сознательно, чтобы они меня уничтожили. Блатного языка я не знаю, чифирь не пью, наколок нет. Они меня презирали, думали — я подсадная утка, изучаю жизнь зоны, чтобы снять фильм. Но, слава Богу, поверили. Многие исповедуются».