Но даже в таких условиях Параджанов творил! Он собирал на тюремном дворе цветы, кору, делал из них коллажи и отсылал в письмах друзьям. На фольге от молочных бутылок гравировал портреты. Фольгу заливал смолой, и получались «талеры Параджанова» — с изображением Петра I, Хмельницкого, Пушкина, Гоголя. Своему умирающему соседу по нарам он изготовил из мешковины плащаницу с библейскими сюжетами…
Друзья не оставили Параджанова в беде. По настоянию Лилии Юрьевны Брик французский писатель-коммунист Луи Арагон во время встречи с генсеком ЦК КПСС Л. И. Брежневым попросил выпустить режиссёра на свободу. Брежнев пообещал разобраться в этом деле и своё слово сдержал. 30 декабря 1977 года Параджанова выпустили на свободу.
Параджанов написал несколько сценариев (а точнее, с 1968 по 1982 год — семнадцать). Однако ни один из них так и не был востребован. О зоне Параджанов рассказывал охотно, утверждал, что «зековский опыт надо передавать коллегам». Андрею Тарковскому посоветовал: «Тебе, чтобы стать великим, надо отсидеть хотя бы года два. Без этого нельзя стать великим русским режиссёром».
Когда уже запускался в работу сценарий о жизни сказочника Андерсена «Чудо в Оденсе», Параджанов вновь оказался под следствием по обвинению в даче взятки должностному лицу. Он действительно помог любимому племяннику поступить в институт, подарив председателю приёмной комиссии фамильное кольцо с бриллиантом. Об этом никто бы и не узнал, если бы сам Параджанов не проклинал мздоимца на каждом углу. 11 февраля 1982 года его арестовали. Через одиннадцать месяцев был вынесен приговор — пять лет тюрьмы, но условно.
Через два года на студии «Грузия-фильм» Параджанов вместе с известным актёром Додо Абашидзе создал свой третий шедевр — фильм «Легенда о Сурамской крепости». В его основу была положена старинная грузинская легенда о том, как юноша Зураб дал согласие замуровать себя в стену Сурамской крепости для того, чтобы она выстояла против натиска врага.
Премьера «Легенды…» Параджанова состоялась в марте 1985 года. Картина была удостоена призов на международных фестивалях в Трое, Ситсехе, Безансоне, Сан-Паулу.
Сергей Иосифович тяжело переживал вооружённый конфликт между армянами и азербайджанцами. Для такого знатока культуры, обычаев и традиций любые границы всегда были не более, чем условность.
Свой «Ашик-Кериб» по поэме Михаила Лермонтова он снимал с армянским оператором в Баку на киностудии «Грузия-фильм».
Эта последняя законченная картина режиссёра демонстрировалась в 1988 году на кинофестивале в Венеции. Газета «Монд» писала: «В фильме „Ашик-Кериб“ перед нами парад икон и миниатюр, одухотворённый народными традициями творчества. Рассказанные Лермонтовым приключения „странствующего трубадура“, проходящего через тысячу испытаний, чтобы найти свою возлюбленную, в переложении кинематографиста-живописца, который свою камеру уподобил кисти, превращаются в изысканные картины, божественные откровения, тайный смысл которых доступен лишь посвящённым. Как и его ленты, сам Параджанов в жизни задрапирован с ног до головы пёстрыми тканями, ювелирными украшениями. Поистине — передвижное произведение искусства…»
Параджанова тянуло к мифу, сказке, преданию, легенде. В многочисленных коллажах, рисунках, куклах, созданных им, слышатся отголоски различных культур Востока и Запада. Коллажи, сделанные из журнальных репродукций, кусочков ткани, ветоши, кожи, стекла, воска, удивительно глубоки, таинственны и выразительны.
Последний, неоконченный автобиографический фильм Параджанова «Исповедь» посвящён городу его детства, Тбилиси. Было снято всего лишь несколько кадров во дворе, где он родился, вырос и жил последние двенадцать лет.
Тяжёлая болезнь перечеркнула все планы. У Параджанова обнаружили рак лёгкого. В октябре 1989 года его привезли в Москву и сделали операцию. Друзья посоветовали лечь в известную клинику в Париже. Однако медицина была бессильна. 17 июля 1990 года он вернулся в Ереван, где спустя три дня скончался. 25 июля Сергей Иосифович Параджанов был погребён в Пантеоне гениев армянского духа.
Его вклад в мировое кино состоит прежде всего в том, что он создал уникальный кинематографический язык. Мир фильмов Параджанова — это волшебное сочетание цвета, пластики, музыки и слова. В кадрах его картин — энциклопедическое знание восточной культуры и искусства, буйство фантазии…