В 1787 г. началась вторая русско-турецкая война. В том же году 1 октября турки попытались захватить Кинбурн и начали высаживать большой десант на Кинбурнской косе в двух верстах от крепости. На тревожные донесения своих подчиненных Суворов отвечал: «Пусть все вылезут», а сам пошел к обедне.
Когда на косе окопалось до 5 тысяч турок, Суворов вывел против них свои войска. Бой был жестоким. Русские выбили врага из десяти траншей, но затем попали под сильный огонь с кораблей и смешались. Сам Суворов был ранен картечью. Когда стемнело, он вновь повел солдат в атаку, которая на этот раз закончилась полной победой — турки были выбиты из всех окопов, отброшены на край косы и почти полностью перебиты. Не более семисот из них успели переправиться на свои суда. Такое славное начало войны сразу подняло настроение и боевой дух русской армии и чрезвычайно обрадовало императрицу. 1788 г. прошел для Суворова в трудах по обороне Крыма и наблюдении за Очаковым, который обложила Екатеринославская армия Потемкина. В 1789 г.
Потемкин реорганизовал действующую армию: две армии объединились в одну, на которую возложена была задача овладеть Бессарабией. Союзниками россиян в этой кампании стали австрийцы. Специально для связи между главными силами русской армии и австрийцами была выделена 3-я дивизия Суворова В начале июля, находясь в Бырладу, он узнал, что турки готовят поход на Аджут, где стоял австрийский корпус принца Кобурга. Обеспокоенный принц предложил Суворову нанести опережающий удар и напасть на формирующуюся турецкую армию у Фокшан. Суворов согласился. 18 июля, пройдя за день около 50 верст, он прибыл в Аджут. Русских было около 5 тысяч человек, австрийцев — около 12 тысяч. Им противостояла 36-тысячная армия Осман паши, располагавшаяся за рекой Путиной у Фокшан. Суворов предложил Кобургу с ходу форсировать реку и двумя группами напасть на вражеский стан.
Принц согласился. 20 июля Суворов начал переправу. Турки трижды атаковали его полки, но русские каждый раз отбивали их. Наведя понтонный мост, они к вечеру перешли реку. На следующий день переправились австрийцы. 21 июля Суворов и Кобург под прикрытием артиллерийского огня построили свои войска в каре и решительно атаковали турецкий лагерь. Турки не выдержали удара и, бросив укрепления, отступили в Фокшанский замок. После артиллерийского обстрела был взят и он. Враги в беспорядке бежали, потеряв до полутора тысяч убитыми.
Завершив этой блестящей победой свой короткий поход, Суворов 25 июля вернулся в Бырлад. Осенью стало известно, что турки собирают 100-тысячное войско у Браилова и Галаца. Кобург срочно послал к Суворову за помощью. Удостоверившись, что тревога поднята не напрасно, Суворов написал в ответ лишь одно слово «Иду!» и в полночь поднял свои войска по тревоге.
За два дня его дивизия прошла 70 км, форсировав при этом две реки. Утром 10 сентября Суворов объединил свои силы с Кобургом. Вместе у союзников было около 25 тысяч человек. Турки, стоявшие лагерями между реками Рымник и Рымна, имели вчетверо больше войск. Кобург предлагал выждать, Суворов — немедленно наступать, а в случае несогласия пригрозил, что начнет атаку один. Австрийскому полководцу пришлось принять его план действий. Турецкие силы были рассредоточены по четырем лагерям, расположенным на достаточно большом расстоянии друг от друга. Не ожидая нападения, турки не успели приготовиться к сражению — окопы, да и те не до конца, были вырыты только вокруг главного лагеря у леса Крынгу-Мейлор.
Суворов принял решение бить противника по частям. Наступление союзников началось ночью 11 сентября. Скрытно переправившись через Рымник, Суворов с ходу ударил на первый турецкий лагерь у деревни Тырго-Кукули.
Турки пытались контратаковать, но не выдержали штыкового удара и бежали к Рымнику. Не преследуя врага, русские подступили к главному лагерю у Крынгу-Мейлор, куда уже подошли австрийцы. Несмотря на сильный огонь турок конница союзников стремительно атаковала лагерь, проскочила неглубокие окопы и врубилась во вражескую пехоту. Штыковой удар довершил дело. Турки в беспорядке отступили к лагерю у деревни Мартинешти, однако не задержались здесь и бежали за Рымник. Не оказал сопротивления и четвертый лагерь у деревни Одоя. Бросив его, турки искали спасения в Браилове и Рущуке. Их офомное войско рассеялось. Всего они потеряли до семи тысяч человек.
Победа при Рымнике, за которую Суворов получил титул графа Рымникского, изменила всю стратегическую обстановку в пользу союзников. Вся Молдавия оказалась в руках русских. В 1790 г. военные действия переместились к Дунаю, где оплотом турок была мощная крепость Измаил с тридцатитысячным гарнизоном. С востока, севера и запада ее окружал 12-километровый вал с семью бастионами; перед валом — ров, заполненный водой. Потемкин выделил для осады крепости 31 тысячу солдат при 500 орудиях и Дунайскую флотилию. Недолгое время осада была безуспешной. Все попытки штурма не давали результатов. Наступила зима. Среди осаждавших начались болезни.