Так прожил Серафим около 15 лет, постепенно увеличивая тяжесть своего подвига. По примеру древних столпников он нашел в глубине леса высокий гранитный камень и стал проводить на нем в молитве большую часть времени.
В келий он тоже молился на небольшом камне и доводил себя этим до полного изнурения. Следствием этого стала тяжелая болезнь ног, поэтому из-за телесной немощи Серафим должен был на третий год отказаться от столпничества. Но во всем остальном его жизнь оставалась до крайности суровой.
Сначала он питался сухим черствым хлебом, который приносил себе из обители, но потом научился обходиться без него и летом ел только то, что выращивал на своем огороде, а в зимние месяцы пил отвар из сушеной травы снити. На протяжении многих лет это была его единственная пища. Чтобы никто посторонний не мешал его уединению, Серафим завалил тропинку к своей келий колодами и сучьями деревьев. К несчастью, таким образом он отгородился лишь от назойливых посетителей. От нечистой силы и лихих людей могли его спасти только собственная твердость да заступничество Божие. Бесы постоянно донимали старца своими искушениями, кознями и ужасными видениями. Потом в его келию явились трое грабителей и избили святого до полусмерти, требуя денег. Они перевернули всю келию, но ничего не найдя, ушли. С пробитой головой, с переломанными ребрами, покрытый многими ранами, Серафим едва смог добраться до обители. Врач, которого перепуганные монахи вызвали к постели больного, считал, что тот неминуемо должен умереть. Но, как уже бывало два раза, Богородица явилась к постели своего мученика, и после этого здоровье стало быстро возвращаться к нему.
Через пять месяцев Серафим смог уже вернуться к своей прежней жизни.
Вскоре разбойников, совершивших это ужасное злодейство, поймали, однако Серафим запретил накладывать на них какое-либо наказание, и по его мольбе их простили.
Около 1806 г. Серафим возложил на себя подвиг молчальничества. Он совершенно перестал выходить к посетителям, а если встречал кого-то в лесу то падал ниц на землю и до тех пор не поднимал глаз, пока встретившийся не проходил мимо. В таком безмолвии он прожил около трех лет. В 1810 г., недуги не позволили ему больше вести прежнюю отшельническую жизнь, Серафим вновь переселился в Саровскую обитель, но жил и здесь совершенно уединенно в полном затворничестве. В келий его не было ничего, кроме иконы Божьей Матери и обрубка пня, заменявшего стул. Огня он не употреблял.
Под рубашкой Серафим носил на веревках большой пятивершковый железный крест для умерщвления плоти, но вериг и власяницы не надевал никогда.
Пил он одну воду, а в пищу употреблял лишь толокно да квашеную капусту.
Воду и пищу монахи приносили к дверям его келий, а Серафим, накрывшись большим полотнищем, чтобы его никто не видел, стоя на коленях, брал блюдо и затем уносил его к себе. Единственным занятием его были молитвенные подвиги и чтение Нового завета (каждую неделю он прочитывал его от начала до конца, употребляя первые четыре дня на чтение Евангелия, а следующие три — на Деяния апостольские и послания). Иногда во время молитвы он впадал в особого рода состояние, когда не слышал и не видел ничего вокруг себя. Где была в это время его душа — неизвестно. Незадолго до смерти Серафим признался одному иноку, что Господь несколько раз раскрывал перед ним свое царство и переносил его в свои небесные обители. Там он не раз вкушал небесную сладость и блаженство.
За всеми этими подвигами святого совершенно миновали внешние бури, потрясавшие в то время мир (в том числе и война 1812 г.). Пробыв в строгом затворе около пяти лет, он потом несколько ослабил его — по утрам его видели гуляющим по кладбищу, дверь келий он больше не запирал, и каждый желающий мог видеть его, однако, продолжая хранить обет молчания, он поначалу не отвечал ни на какие вопросы. Затем Серафим стал постепенно вступать в разговоры с приходившими к нему иноками, а потом и с посторонними мирскими посетителями, специально приезжавшими в Саровскую обитель для свидания с ним. Наконец он стал принимать всех желающих, никому не отказывая в благословении и кратком наставлении. Слава об удивительном старце быстро распространилась по всем окружающим губерниям. К Серафиму потянулись люди всех возрастов и званий, и каждый искренне и чистосердечно раскрывал перед ним свой ум и сердце, свои духовные печали и свои грехи.