Многие исследователи кроме того считают, что семь икон современного благовещенского иконостаса («Благовещение», «Рождество Христово», «Сретение», «Крещение», «Воскрешение Лазаря», «Вход в Иерусалим» и «Преображение») также принадлежат Рублеву. По крайней мере, они написаны в той просветленной, одновременно праздничной и печальной манере, которая отличала его стиль. Особенно замечательно в этой серии «Преображение». Здесь изображено одно из центральных евангелических событий: однажды Спаситель со своими учениками удалился на гору Фаворскую, и там апостолам дано было увидеть чудо — тело учителя неожиданно просветлело перед их взором.
Об этом чудесном свете, о смысле его, а главное — о происхождении много спорили христианские теологи. Иконописцы также по-разному изображали его. Многие художники в своих иконах «Преображения» выражали в основном ту мысль, что человеческому взору трудно, почти невозможно вынести этот неизреченный свет. Так в конце XIV века для Преображенского собора в Переяславле-Залесском была написана большая икона, приписываемая кисти Феофана Грека. Холодные лучи неземного света пронизывают ее сверху донизу. Свет, просиявший в Христе, потоком низвергается на апостолов. Главная мысль произведения: драма встречи двух миров. Лишь на единое мгновение открывается человеческому взгляду иной, нездешний свет — и человек потрясен и едва выдерживает такое предстояние. В этой иконе, по-видимому, отражен традиционный взгляд на чудо Преображения. Совсем иначе трактуется эта тема у Рублева: его икона изнутри сияет легким и ровным светом. Мы не видим лучей, от которых укрылись апостолы. Они созерцают свет внутри себя. Он разлит во всем творении, просвещает тихо и почти невидимо. Лица людей обращены не на внешнее, они сосредоточены, в движениях людей больше задумчивости, нежели выражения пронзительного и потрясающего мгновения. Таинственный свет повсюду, но к нему нужно «восходить», готовиться к его приятию, и лишь тогда человек, насколько это для него возможно, им освещается. Так неожиданно выражено Рублевым приобщение человека к высшему бытию.
По окончании работ в Благовещенской церкви имя Рублева на два года исчезает из летописей. Больших художественных работ в это время не велось, и, видимо, Андрей жил в своем монастыре. Но уже под 1408 г. находим новое известие о нем: великий князь Василий Дмитриевич (сын Донского) распорядился обновить живопись в Успенском соборе во Владимире и написать заново погибшие фрески Страшного суда. Княжеский заказ выполняли два знаменитых иконописца — Даниил Черный и Андрей Рублев. Следующее известие о Рублеве встречается только под 1422 г. и относится к росписи собора в Троицком монастыре под Москвой. Можно только предполагать, где еще в Продолжение этих 14 лет трудился Андрей. Следы его пребывания между прочим находят в Звенигороде. Уже в XX веке в дровяном сарае Саввино-Сторожевского монастыря среди разной рухляди были обнаружены три совершенно потемневшие от времени доски. После реставрации под слоем старой краски открылись три великолепные иконы: «Спас», «Архангел Михаил» и «Апостол Павел». По единодушному мнению специалистов, автором этих произведений мог быть только Рублев.
Более всего известно нам о работе Рублева в знаменитой Троице-Сергиевой обители, куда его пригласил троицкий игумен Никон. Именно тогда Андрей написал свое самое великое, проникновенное и таинственное произведение — знаменитую «Троицу» — главную храмовую икону для монастырского собора и одно из самых совершенных произведений древнерусской живописи. По свидетельству «Сказания о святых иконописцах», Никон просил Рублева «образ написати пресвятые Троицы в похвалу отцу своему святому Сергию». Сюжет «Троицы» относится к ветхозаветному преданию. В книге «Бытия» рассказывается, как к старцу Аврааму явились трое прекрасных юношей и как он вместе со своей супругой Сарой угощал их под сенью дуба, втайне догадываясь, что в них воплотился Бог. Уже в древности было много толкований этого многозначительного события. Среди христиан позже утвердилась мысль, что в образе трех ангелов миру была явлена тайна троического божественного единства, то есть трех ипостасей единого Бога. Христианские художники, обращаясь к этому сюжету, писали обычно трех мужей в одеждах путников с посохами вблизи шатра гостеприимного старца. Неподалеку от них показывали жену, которая месит муку, чтобы испечь хлебы, слугуотрока, закалывающего тельца, и хозяина, подающего к столу угощение. В таком исполнении икона служила как бы иллюстрацией к описанному в Библии событию.