В 1741 году Малыгин был назначен командиром Штурманской роты.
Заботясь о подготовке специалистов-штурманов в единственном в то время учебном заведении, выпускавшем штурманов для флота, Малыгин ввел в систему обучения ряд улучшении и нововведений.
В 1750 году Малыгина назначили цейхмейстером,[13] а в 1751 году — командиром корабля «Рафаил».
К этому времени Степан Гаврилович Малыгин прослужил во флоте уже около 35 лет Здоровье его заметно пошатнулось, подошла старость. В 1751 году он обратился в Адмиралтейств-коллегию с просьбой предоставить ему вакантное место «капитана над Рижским портом», то есть службу на берегу. Уйти в отставку он, по-видимому, не мог, так как никакого состояния своей бескорыстной службой не нажил и вынужден был служить до последних дней своей жизни. Однако Адмиралтейств-коллегия не сразу удовлетворила его просьбу. Только через два года ему было предоставлено это место, и он вступил в исполнение обязанностей «капитана над Рижским портом». Начавшаяся в 1756 году Семилетняя война, в которой Россия совместно с Австрией выступила против агрессивной Пруссии, застала Малыгина на этом посту. Как хороший организатор и администратор, он решительно и энергично действовал при отправке войск, снаряжения и продовольствия в район действий, а также при подготовке кораблей к различным операциям.
В 1762 году Малыгин получил чин капитан-командора и одновременно был назначен начальником адмиралтейской конторы в Казани.
Здесь, вдали от моря, оторванный от любимого морского дела, 1 августа 1764 года Малыгин скончался.
Российские моряки и ученые высоко ценят выдающиеся заслуги замечательного русского мореплавателя и полярного исследователя Степана Гавриловича Малыгина, всю свою жизнь отдавшего служению отечеству и флоту. Его имя было присвоено ледоколу, вписавшему немало замечательных страниц в историю арктического мореплавания. Имя Малыгина носят пролив, отделяющий остров Белый от полуострова Ямал, самый северный мыс полуострова Ямал, течение и якорная стоянка на северном побережье полуострова Ямал.
Эти названия надолго сохранят в памяти человечества замечательные примеры мужества и выносливости офицеров и матросов молодого русского флота, ярким представителем которого был Степан Гаврилович Малыгин.
Иван Фёдоров и Михаил Гвоздев
Летом 1732 года из Большерецкого острога на поиски «Большой земли», находящейся, как предполагали, к востоку от устья Анадыря, был отправлен бот «Святой Гавриил», переданный охотским властям экспедицией Беринга. Временным командиром бота был назначен тяжело больной цингой подштурман Иван Федоров. Из числа людей, знакомых с морским путем от Камчатки к Чукотскому полуострову, в состав команды «Святого Гавриила» был включен спутник Беринга Кондратий Мошков. Для руководства картографией берегов был назначен геодезист Михаил Спиридонович Гвоздев.
23 июля 1732 года «Святой Гавриил», имея на борту тридцать девять человек, вышел из устья реки Большой и 3 августа оказался у «Анадырского Носа» (теперь мыс Чукотский). Оттуда Федоров, руководясь указаниями Мошкова, отправился в первую очередь к тому из островов Диомида, который был открыт экспедицией Беринга в 1728 году. После многодневных поисков моряки 17 августа подошли, наконец, к небольшому острову из группы Диомида, — вероятно, к ближайшему (теперь остров Ратманова), где вели переговоры с «зубатыми чукчами», то есть с местными эскимосами. С северной оконечности острова мореплаватели видели на востоке «Большую землю» — несомненно, возвышенности северо-западного побережья Америки.
Судя по карте, составленной в 1743 году М. П. Шпанбергом по журналу Федорова и по материалам, представленным Гвоздевым, «Святой Гавриил» подошел сначала к северному берегу американского полуострова, а затем обогнул его западную оконечность (теперь мыс Принца Уэльского, крайняя западная точка американского материка, 65°35 северной широты, 168°05 западной долготы).
На воспроизведенной в книге А. В. Ефимова детали карты Федорова — Гвоздева — Шпанберга отчетливо видна западная часть полуострова Сьюард, кончающаяся мысом Принца Уэльского, и американскому берегу приданы очертания, очень сходные с истинными. Только островов Диомида (в русской литературе их часто называют островами Гвоздева), показано не два, а три — вероятно, по ошибке Шпанберга.