С 9 по 12 сентября 3 из 4?х групп оперативного соединения быстроходных авианосцев нанесли удары по Филиппинам и полностью истребили пытавшуюся противодействовать японскую авиацию. 13 сентября 1944 года Хэлси предложил отказаться от высадки на острова Палау, обойти остров Яп, а освободившиеся силы использовать для высадки на остров Лейте. После согласования с Макартуром решили не отказываться от подготовленной атаки на Палау, но на Яп не высаживаться. В результате высадка на остров Лейте, ранее назначенная на 20 сентября, была перенесена на 20 октября.
В сентябре 38?е оперативное соединение нанесло удары по Маниле и другим пунктам на Филиппинских островах. На земле было разбито почти 3000 самолетов, потоплено много судов и кораблей. В октябре авианосцы занялись истреблением неприятельских сил, которые японцы могли использовать с ближайших баз против американских войск при высадке в заливе Лейте. 12–16 октября разгорелось сражение американских кораблей с японской базовой авиацией на острове Формоза.
От ударов противника получили повреждения американские крейсера. Услышав сообщение токийского радио о том, что почти весь американский флот потоплен, Хэлси решил выманить неприятельские корабли из Внутреннего моря. Он приказал организовать «1?ю дивизию поврежденных кораблей» из 2?х пострадавших тяжелых крейсеров и их эскорта. Была пущена в ход радиодезинформация с целью показать, что весь флот сильно пострадал. Однако японскому флоту, вышедшему в море, было приказано вернуться, ибо летчики видели слишком много кораблей.
К началу высадки на Филиппинах 3?й флот включал 12 быстроходных авианосцев и 6 новых линкоров с охранением из крейсеров и эсминцев. Непосредственную поддержку высадки должен был осуществлять 7?й флот. Несмотря на то что в конце сентября Хэлси три дня вел переговоры с Макартуром и Кинкейдом о согласований действий, общего командования 2 флотами не создали, что сказалось в ходе сражения.
17 октября передовой отряд флота вторжения овладел островками при входе в залив Лейте. 20 октября после артиллерийской подготовки войска высадились на берег острова Лейте. На острове и в воздухе завязались тяжелые бои. Японцы были вынуждены послать почти весь флот против американских сил, осуществляющих высадку на Филиппины. Артиллерийским кораблям вице?адмирала Курита следовало прорваться в залив Лейте с юга через проливы Сан?Бернардино и Суригао и истребить силы вторжения; авианосным силам вице?адмирала Одзава предстояло стать приманкой для кораблей Хэлси.
По плану Хэлси из 38?го оперативного соединения следовало на случай генерального сражения выделить все быстроходные линкоры и одну авианосную группу в 34?е оперативное соединение. Не имея сведений о действиях противника, флагман 22 октября отправил одну авианосную группу на Улити для отдыха и пополнения запасов. Остальные группы 23 октября приняли топливо и вернулись на позицию. Только 24 октября стало известно о приближении японских надводных сил к заливу Лейте. Однако 2 отряда надводных кораблей были приняты за один и Кинкейд полагал, что справится с ним без поддержки авиации, а Хэлси сосредоточил все усилия против центральных сил.
Сначала центральное соединение Куриты успешно атаковали 2 подводные лодки, затем — самолеты Хэлси. Однако адмирал опасался контрудара японских авианосцев и выслал много поисковых групп для разведки. Когда же появились неприятельские атакующие самолеты, пришлось поднимать в воздух все истребители и отложить удар по противнику. Американцам удалось сбить большое количество самолетов, действовавших с Лусона. Был потерян лишь авианосец «Принстон». Американцы атаковали центральное соединение и добились попадания торпед и бомб в линкор «Мусаси», который затонул, и в другие корабли. Однако в 12 часов 45 минут радиолокация обнаружила группу неприятельских самолетов, выпущенных с авианосцев Одзавы. Отбив атаки, американцы через 4 часа обнаружили японские авианосцы.
Американские надводные корабли 7?го флота при помощи авиации эскортных авианосцев 24 октября в течение дня почти полностью истребили два соединения, направлявшихся в залив Лейте с юга. Однако оставшиеся в строю корабли центрального соединения во главе с «Ямато» прорвались к заливу Сан?Бернардино, где стояли эскортные авианосцы.
Это произошло потому, что Хэлси отказался от мысли выделить линкоры и крейсеры из 2 оперативных групп в 34?е оперативное соединение, чтобы истребить корабли Куриты при выходе из пролива Сан?Бернардино. Он посчитал важнейшей задачей уничтожение авианосцев Одзавы и направился со всеми силами к северу, не оставив у пролива ни одного корабля и не предупредив Кинкейда. Таким образом, ловушка сработала, и Курита смог пробиться в район высадки. Однако он промедлил, не сразу оценив обстановку, и позволил 7?му флоту принять контрмеры. Курита, когда победа была уже близка и его огонь мог уничтожить все эскортные авианосцы, а затем и транспорты, в последний момент не решился продолжать движение вперед и отступил. На отходе его корабли получили дополнительные повреждения от ударов оперативной группы авианосцев, которую выслал Хэлси.